于恬恬跑到林子阳家里，抱住林子阳哭着求他不要走，林子阳想起了作为一个军人的天职，听着窗外同事们的宣誓，林子阳决定留下和同事战友们一起抗击非典病毒，他打电话退了飞机票。
林子阳跟着于恬恬回到医院里，大家正忙碌地准备着迎接第一批非典病人的到来。
陈海峰带着小雨到了医院外观望，小雨看见妈妈在里面宣誓，大叫着叫着妈妈就要冲进去，被门外的警察挡在外面，陈海峰看见冷玉萱即将用面临生死的威胁，心情格外紧张和担忧。
冷玉萱遇见林子阳，林子阳告诉他自己又决定留下了，冷玉萱告诉他这是很危险的，一定要想好了再做决定。
院长打电话给刘主任，告诉他林子阳又回来了。没等院长开口，刘主任抢先说出这个危机时刻主任还是由我来担任吧。院长同意了刘主任的请求，同时嘱咐刘主任一定要把林子阳保护好，要他活着回来，医院的后期建设还要靠他，刘主任虽说心里不痛快，还是满口保证会保护林子阳的安全。
刘主任召开战前第一次全体会议，宣布自己任主任负责病区内的治疗工作，由冷玉萱配合他的工作；林子阳为副主任在病区外负责内勤工作，林子阳提出异议，刘主任告诉他军人的天职就是服从命令，林子阳无奈只得听从刘主任的分配。
陈海峰把小雨接到别墅去住，看见杨娜小雨质问陈海峰她为什么住咱们家。陈海峰回答说杨娜阿姨家被隔离了没有地方住，暂时住在家里。小雨不高兴的走进了别墅，陈海峰叮嘱杨娜千万不能在孩子面前说漏了他和冷玉萱离婚的事情。
这场特殊的战役终于打响了第一枪，第一批病人终于在大家的焦急等待中送到了蓝天医院。大家争先恐后上前抢救病人，林子阳也想冲上去帮助救治病人，被刘主任推了回来。
林子阳趁刘主任消毒的机会向刘主任申请上战斗第一线为病人做手术，刘主任为保护他回绝了他的请求。
刘主任累的坐着就睡着了，林子阳关切的问刘主任想吃什么为他去准备，刘主任告诉他只想睡觉，两个小时后叫醒他。林子阳见刘主任累成这样，心里深深的为刘主任感动。
于恬恬每天看着抢救无效的病人一个个被抬出去，心里压力越来越大。她跑到林子阳面前，哭着向林子阳诉说了心里的恐惧，林子阳安慰她，并告诉她如果她染上病毒了，自己一定会陪着她。于恬恬开心的笑了。
病魔疯狂的夺走了一条又一条鲜活的生命，身边的同志也一个个倒下了，甚至牺牲。面对死亡，冷玉萱给大家做了一次生动的心里工作。
刘主任终于累倒了，林子阳临时顶上作为主任带领大家继续作战。
冷玉萱动员大家不要害怕，不要恐惧，要勇敢面对。林子阳表示前段时间想过要离开，因为累和危险，但是这一刻他想留下来，并肩和同志们战斗在一起。感受着死亡的威胁，他也鼓励大家不要害怕，不要气馁。同志们拥抱在一起，喊着口号发誓都要活着出去。