明朝宦官当道，大都恶贯满盈，国家饱经宦官摧残。掌舵东厂的都督王安与锦衣卫指挥使牛国栋表面上彼此尊重，实际则针锋相对。世袭锦衣卫的赵正目睹民间之惨况，决心为民请命。 内阁首辅叶向高之女儿叶敏因误会结识赵正，二人却情牵一线。嗜赌如命之魏进忠欠债逃亡，无意中助救太子，并得东厂都督王安赏识，自阉入宫为太监。 边境战况危急，瓦剌兵犯境，皇上却只派赵正率朱大典及张震三人作援军，三人带备工部尚书李友设计之『鹰之翼』、『火弩』、『连环弩』、『刺?甲』、『潜望镜』等新武器上阵。

赵正、朱大典及张震智勇兼备，凯旋归来，一战成名，皇上赐名『锦衣三剑侠』。皇上突然患上怪病，叶向高心感奇怪，加上黄太医离奇死亡，与对医药颇有学问之女儿商议后更觉事有蹊跷。叶藉调查此事，借意亲近赵正。 年幼的太子喜欢新奇事物，对李友设计之玩意甚感兴趣。一日偷走出宫时竟遇见叶敏，惊为天人。

赵正一干人等发现黄太医原是被人毒杀，调查中发现厂卫遗下的腰牌，上司牛国栋令三剑侠暗中查究，赵等人便由王安方便着手调查。 太子心系叶敏，终日闷闷不乐，魏进忠为讨太子欢心，介绍不同民间玩意。魏在宫中遇上容氏，百感交集。原来二人本为夫妇，惜当日魏为避债而拋妻舍子，现在容氏已为上司之妻，心感悔意。 调查皇上怪病一事苦无头绪，赵正怀疑事件与郑妃有关。神秘高手三番四次出现阻挠，原来是毒王霍星，赵正更被毒暗器所伤，幸得牛国栋及时相救。

赵正受伤，叶敏悉心照料，二人感情迈进一步。皇上怪病一事喜得线索，赵正从王安口中得悉事件与郑妃有关。 原来魏超勾结郑妃一伙，密谋毒杀皇帝，欲挟太子，垂帘听政。现在唯一没结党而可信赖之人便只有魏进忠。王安令魏进忠接近魏超调查真相，魏进忠得立功机会，亦欲与容氏发展地下情，欣然答允。 调查中，魏发现惊人秘密，原来幕后主脑正是锦衣卫指挥使牛国栋。朱大典、张震追捕之。 皇帝驾崩，太子与容氏被郑妃挟持于慈宁宫密室内，赵正前往营救。

大殿之上，皇太后以『国不可一日无君』为由，欲立郑妃之子继承皇位，叶向高等忠臣极力反对。太后定下两日时限，如未能找得太子回来登基，便依太后之决定。 牛国栋得悉事败，夺走武器仓库之『连环弩』及『百花匣』等犀利武器，决与赵正拼命。魏进忠虽相助，但赵不敌且形势危急。朱大典、张震赶至，成功营救太子及身受重伤之赵正。魏进忠乘混乱救出容氏。 两日时限已至，太后欲宣布郑妃之子登基时三剑侠及时赶至，叶向高立时义正严词地宣布太后及郑妃判国之罪。郑妃被捕，霍星突然出现，纠缠间霍星反中自己的毒器，后逃去无踪。

太子终于在赵正等人合力扶持下得以顺利登基，赵正与魏进忠护驾功劳最大，赵正并取代牛国栋之位，擢升为锦衣卫指挥使。张震及朱大典亦升为左右副指挥使。 魏进忠顺理成章取代魏超之位，升任为承运监。魏冒险救容氏，容氏深受感动，更由皇帝亲自下旨，与容氏结合为合法之对食夫妻。 皇帝年幼，朝中每日烦锁之国事，令他苦不堪言。相反却喜爱研究土木工程，决定亲自建造一游乐场，名为怡乐园。国事则交由各大臣处理。 皇帝在怡乐园中巧遇心上人叶敏，叶敏以为他是一般木匠，对其手艺大加赞赏，皇帝自觉才华终获别人欣赏，自此对叶敏梦萦魂绕。 魏进忠意气风发，衣锦还乡，一日途经“忘忧馆”邂逅老板娘如心，留下深刻印象。途中再遇毒王霍星，原来霍星当日反中己毒，须自断双腿存命。霍恳求魏救其爱人郑妃，魏一心留霍为己用而答应。魏亦于途中收养一身材魁梧之弱智青年为义子，起名为魏存孝。