在第五研究所获知了贤者之石的真相。不过，爱德华与阿尔决定另寻他法来恢复原本拥有的身体。二人为了追求那个可能性，而决定离开中央市。另一方面，持续调查第五研究所与贤者之石的休斯，最后发现到了某件事实。

爱德华、阿尔以及温莉三人来到了机械铠圣地拉修巴雷。面对街上一排排的机械铠工作室，温莉显得极为兴奋。三人在拉修巴雷特有的机械铠腕力大赛中，遇到了右手腕与双足都是机械铠的少女帕妮娘。

爱德华与阿尔两人在拉修巴雷被他们最害怕的人－炼金术师父：伊兹米给逮到。爱德华成为「军方的走狗」国家炼金术师一事令伊兹米气得怒火攻心，于是将两人拉往达普利斯。另一方面，东方司令部的马斯坦古这边，收到了调往中央市的正式公文。

「现在的他们所需要的是…偶尔停下来好好思考。」伊兹米再次将爱德华与阿尔两人带到约克岛。那里是，二人年幼时期为了修行所待过的地方。岛上还残留着好几处当时所留下的痕迹，二人一边回忆着过去一边重新检视自己。

爱德华与阿尔在约克岛一边回忆往事，一边忏悔自己犯下的过错，并下定决心为了挽回一切，要继续前进。此时，照理说应该没有任何人在的森林里，出现了一名使用炼金术的神秘少年。

伊兹米从约克岛带回的少年。少年的右肩上有道旧伤痕，那道伤痕和爱德华幼年在约克岛修行时所受的伤痕非常相似。少年在爱德华的逼问下逃走。另一方面，休斯的继任者－法兰克中校陪伴阿姆斯特朗少校搜索着爱德华等人的下落，来到了达普利斯。