爱德和阿尔从利奥鲁街突然消失。陷入追捕成为[贤哲之石]的阿尔的军部和人造人的危机中，爱德和阿尔向利森布尔继续逃亡。

潜入利森布尔的爱德和阿尔面前出现了一个意外的人物。那就是两个人数十年前丢下家族行踪不明的父亲 霍恩海姆。

在中央的旧街区地下宽阔的巨大都市遗迹的一角。相遇了的光之霍恩海姆和但丁。永远缠绕他们的因缘。那就是400年前，从他们相遇的那一天开始。

决定和人造人战斗的爱德为了得到拉斯的弱点拜访了泉美。另一方面，留下的阿尔为了知道贤哲之石的使用方法来到了休.塔卡的隐居地…

爱德和司洛斯围绕着成为贤哲之石的阿尔对峙。阿尔还在为司洛斯有母亲的容貌所迷惑。触犯的罪孽。自己解决犯下的罪孽才是真正的赎罪。爱德决心消灭司洛斯。

爱德把司洛斯的构成物质重新构筑为乙醇。逃避自己犯下罪孽的这条路是走不通的。另一方面，前往北方的部队中，传来了一股不详的气息。