明朝中叶，东南沿海倭寇猖獗。胡俞戚率军抗倭，却因粮草不周，大军陷入困境。江南总督许慎有心相助，却被告知浙江藩司仓廪尽空，无粮周济。与此同时，浙江布政使刘兆良却在深夜起运了百万担漕粮、漕银。刘兆良自以为行事周密，料不知，暗地里早有不同的人在跟踪监视。

而此时，地处偏僻的汇泽县也爆出一桩大案，汇泽侯府五十万两白银神秘被盗，县太爷闻讯急传女牢狱卒铁飞花前往勘验。铁飞花是臬司府捕头铁苍龙之女，天资聪慧，精通医术，自创一套依据痕迹描摹现场的查案方法，并能通过脉相和经络判断人言语的真伪。

铁飞花受命赶到汇泽侯府勘察，不料，却遭到侯府管家的奚落，铁飞花一怒之下命丫鬟柳儿掌掴管家以示惩戒，铁飞花的言行作派让众人乍舌……

威风扫地的侯府管家带领铁飞花勘察了银库和侯府四境。

十五日后，刘兆良趁六十寿诞携眷潜逃。七十万石漕粮也在途中神秘失踪。

杭州知府赵鸿道称刘兆良向杭州府征税是奉了圣旨。经核查，圣旨竟是假冒的……

为百姓免遭重征赋税之苦，铁苍龙恳请陈清明下令追查漕粮、漕银下落。陈清明要等候亲差到来处置，并阻止铁苍龙私下查案。

在将事情的经过加以陈述后，铁飞花信心满满的声言，盗贼已然查出，是内贼所为，众人闻听均感差异……

按察司陈清明不查漕案却与浙江巡按御史道宁中则联名上奏纠劾藩司违制之举。一时间，江南众官员人人自危。

为了百姓， 铁苍龙求自己的好友老迷糊帮他搜集线索。

侯府盗案告破，铁飞花却意外发现了一具兵士的尸体，她推断名兵士的身份为漕船上的兵士，并主动请命将尸体送往杭州禀报上宪。

铁飞花精准的判断，得到总督府参正知事吕中的赞赏，并暗示她有望成为一名真正的捕快。遇到了伯乐铁飞花欣喜不已，孰不知吕中正是漕案的幕后操控者……

赵鸿道请铁苍龙前去勘验护送漕粮的兵士尸体，却遭到吕中派去的死士的狙击，随着漕案的调查展开，铁苍龙感到漕案复杂。

铁飞花还在满心憧憬着她的捕快生涯时，料不知，危险已悄然临近……吕中命属下虞风带人在途中拦劫铁苍龙，延误他前往查验尸体；再由另一名属下欧阳蛟潜入府衙刑房毁尸灭迹。当铁苍龙赶到刑房时，兵士尸体的面目已被毁坏无法辨认了。吕中和赵鸿道认为线索已断，铁飞花不顾父亲的阻拦，道出自己的看法：断言刘兆良有同谋，毁尸即是破绽，听完铁飞花的推断分析，吕中惊惧不已，也由此更坚定了他灭杀铁氏父女打算……

老迷糊无意中得到刘兆良参与谋反的信札，不料，却被一直跟踪他的快意堂好汉劫走。吕中发现可藉机要挟刘兆良的书信丢失，唯恐落入铁飞花手中。便设计掌控铁飞花。

铁飞花无意卷入漕案，并想介入案件的调查，铁苍龙深感案情庞杂，不想铁飞花卷入，送她出城返回汇泽，铁飞花也隐隐感到漕案另有隐情，临行前嘱咐爹爹要万分小心……

吕中别有图谋，借口铁飞花办案方式神奇，又在泽汇县屡破陈案积案，向许慎举荐铁飞花参与漕案的勘察。

谋反书信之事，让铁苍龙怀疑胁迫刘兆良的人就是吕中，却苦于证据已失，陷于骑虎难下之势。为保全无意卷入的铁飞花，只得同意老迷糊继续偷盗，造成普通盗案的假象，使吕中不加怀疑。

铁飞花失望地返回汇泽，汇泽县令却接到总督手谕，许慎接受吕中的举荐，特铨铁飞花为臬司衙门捕快，追查刘兆良与漕粮、漕银的下落。

漕粮丢失为百姓平添疾苦，途中所见所闻让铁飞花感到追回漕粮势在必得。

大树之上落下一具兵士的尸体，让铁飞花大感意外，在勘验的过程中，尸体却死而复活。

陈清明以令律条款为由，拒不接纳铁飞花，许慎一改平素的慎独善忍，怒斥陈清明拖延查案，居心叵测，大堂之上改任铁飞花为总督府捕房捕快。在铁飞花欣喜自己的梦想得以实现时，衙门上下对她的各种猜忌也随之接踵而来……

铁飞花在捕房见到了捕头装束的杨小檐，原来他正是那日在路道上试她们的小兵。

铁飞花因得罪了总督府捕房捕头司徒寿而无法领牌当差，便和柳儿请命即刻前往南京追查刘兆良下落，各方人马闻讯，也都派出手下赶往南京。称刘兆良在南京原是一计，铁飞花途中与汇泽县两名捕快更换装束，请二人去南京代为查找线索，自已却带柳儿潜回杭州暗查。

总督府捕头司徒寿表面不动声色，却早已派弟子暗中查访。大弟子查实刘兆良的藏身之处，奔回杭州复命。擦身而过间，铁飞花发觉他的装束、神色有异，便尾随他找到了司徒寿……虽然铁飞花曾出言顶撞过司徒寿，但老辣的司徒寿恰恰由此试探出她在总督府没有根基、背景，愿意与她合作共查漕案。铁飞花依司徒寿之托请总督手谕调派弓兵。谁料她们行动已被吕中查得一清二楚。吕中下令剪除司徒寿，斩断线索；暗杀铁苍龙，扰乱铁飞花心智，令其无法追查下去。

铁飞花调弓兵，遇各衙门迁延未果，突然醒悟如此大动举措会走露风声，急忙去追司徒寿。

老迷糊告诉铁苍龙，快意堂抢走书信，目的是要挟他盗取明泽侯的免死铁券，否则就要将他“飞天神盗”的身份公之于众。谈话间，有杀手前来行刺，被两人联手击退。

司徒寿被杀手围攻，身负重伤，铁飞花和柳儿赶到，杀退了杀手。

根据欧阳蛟的描述，吕中断定铁苍龙与飞天神盗有关联，于是，一个新的圈套开始布局。

司徒寿告诉铁飞花，刘兆良在吉安求邵道人庇护，身边死士众多。漕案背后有无数双眼睛在盯着。她们正要起身前往吉安，埋伏在两侧的弓弩手同时发射，司徒寿背心中箭，临死前将自己的腰牌交给铁飞花，让她到吉祥客栈找刘升……

正准备沿着线索追查漕案的铁飞花，被杨小檐告知，司狱司让她返回杭州捉拿“飞天神盗”，铁飞花只得听从司狱的安排，在谈话间，铁飞花无意间又发现了新的疑点和线索……

深谙官场的杨小檐提醒铁飞花官场之中要处处留神小心，大人们的脸是说变就变的。铁飞花感其好意，对杨小檐也顿生好感……

捕快仇九向陈清明禀报，“飞天神盗”将在当夜子时于一条挂有红带的渔船上分赃，陈清明命铁苍龙实施抓捕。铁苍龙情知有诈，却只能缄口领命。铁苍龙告诉女儿真正的“飞天神盗”就是她的三师父老迷糊，渔船捉拿盗贼是个圈套。并说出对吕中的怀疑，铁飞花却认为吕中为人坦荡，可能被人陷害，倒是司狱的言行颇值得怀疑。于是，父女二人定下一计……

码头上，铁飞花刚一上船便遭一黑影袭击，柳儿出剑刺中对方跌落江中，衙门捕快们证实，那个黑影正是铁苍龙，柳儿失手轼主，已吓傻了。

铁飞花刀逼着杨小檐带她去找下令的司狱。