一九四零年秋，由于国民党军统局谍报人员侯坤的变节与叛变，军统局上海谍报站遭到了日军的血洗。侯坤带着日本人去抓军统上海站的副站长万木林，光哥收到了组织上的消息要除掉近日即将抵达上海的大汉奸邹博庵，光哥看到了之后问那个送情报的人他们都跟组织上失去联系这么长时间了，这情报是哪里来的。

这时候光哥发现了有两个人发现了他的伪装一直在跟踪着他，随后他让那个人坐下来要给他拔牙假戏真做。汉奸看光哥真的是个拔牙的大夫不像是共产党之后就走了。万木林在被抓捕逃跑的时候崴了脚刚好遇见了骑自行车经过的光哥，光哥让他坐上了自行车带着他逃走了。

佐藤带着人没有抓到万木林回去之后收到了将军的严厉责骂，他限佐藤三日之内一定要抓住万木林。万木林给军统局发电报说了侯坤变节的事情，请求火速支援重组上海站，顾雪峰被任命为军统上海站站长，李凤凰，周海萍，欧阳琴和齐玉环这四个人也被调到上海。他们要组建军统站在上海的十三钗队伍，启动僵尸计划，激活那些长期潜伏的僵尸，继续执行蒋委员长下达的铁血锄奸计划。

邹博庵抵达上海火车站之后欧阳琴率先开了枪准备刺杀，李凤凰带着周海萍和齐玉环掩护撤退的时候李凤凰被光哥救了一下。武田将军回到六国宾馆跟邹博庵见了面，说让他受惊了。李凤凰回去之后问欧阳琴为什么要提前开枪，她说现在不是冲动意气用事的时候，一定要以大局为重。

随后李凤凰给她们三个人制定了计划，晚上的时候她们四个人去教堂跟万木林见了面，万木林说她们是军统特工不是江湖女侠，她们这次已经打草惊蛇，会影响下一步的行动计划。李凤凰晚上暗杀了日本行动队长佐藤，武田将军任命宫野为日军特工行动队的队长。

宫野让侯坤去赌博准备引出军统暗杀他的人趁机一网打尽，光哥在赌博的时候遇见了李凤凰，光哥告诉自己妹妹叮当说一会儿让她早点回家等着自己。随后光哥走到了李凤凰身边说了一句人生何处不相逢。光哥又救了李凤凰一次，晚上光哥在回家的时候被李凤凰给绑了回去。

万木林先是踢了光哥几脚掀开了他头上的麻袋之后发现时光哥，万木林一下子慌了神，光哥劈头盖脸的骂了万木林一顿。随后万木林给李凤凰说这光哥是他的救命恩人，晚上万木林跟光哥喝醉了酒结为了兄弟。第二天光哥把万木林他们带到了自己租的地方让他们落脚安身。

李凤凰她们还是要决心除掉侯坤，晚上的时候他们去歌舞厅准备杀了侯坤，这时候宫野带着日本宪兵赶来包围了她们。这时候李凤凰压着侯坤出来说给他们一辆车，宫野说将军有命要全歼军统站的人。这时候光哥看李凤凰她们四个人有危险就冲了出去，万木林没有拦住他。

李凤凰他们撤到了舞厅里面之后被一个卖艺的女孩子给救了，他们从后门出来之后被汉奸给包围了。李凤凰说光哥就是个扫门兴，遇见他就倒霉，那汉奸胡三宝要他们投降，这时候顾雪峰开着车来救走了他们。回去之后顾雪峰说大家辛苦了，还强调了一下纪律，随后就走了。顾雪峰临走的时候让李凤凰激活将是计划，并且调查光哥。

光哥给那个受伤的女孩子取出了子弹，随后光哥个李凤凰说现在不能去买药品，日本人肯定有埋伏，他决定去郊区买点草药。这个女的叫麻翠花，是武田安插在十三钗里面的内应，她弟弟被抓住威胁，麻翠花没有办法才这么做的。武田回去之后告诉宫野说现在一定要抓住顾雪峰，他不是一个简单的人物。

李凤凰在家里面给大家说现在敌人的力量十分的强大，这万木林副站长又是个脓包，这段时间他们都不要出门，静等着金钗一号过来下达命令。光哥听了之后说那他和叮当能做些什么，李凤凰说他是成事不足败事有余，遇见他就会一直倒霉。

武田将军经常去找一个叫徐子宴的中国女人下棋，他告诉宫野说中国文化博大精深，要是想不战而屈人之兵就要好好的学习中国的文化，这样就会更好的统治他们。万木林给大家开会说李凤凰怎么能随便的把无关的人麻翠花给带到组织里面来，李凤凰跟万木林吵了起来，他说光哥还是无关人员怎么也就进来了。

李凤凰生气的出来说从今天开始任何人不准随便出来，要是有什么事情必须要给自己请假，欧阳琴有点看不惯李凤凰的作风，对她说的话总是嗤之以鼻。

有八个军统女行动员接到了僵尸行动的计划之后过来李凤凰他们住的地方报道，一个女的是青楼的头牌叫月娥，另一个女的叫顾亚楠伸手十分敏捷是个神偷，带上李凤凰刚好是十二个，还差一个一号金钗刚好是十三个人。她们当中最小的只有十七岁，李凤凰说在一号金钗没有现身之前由自己二号金钗来代替主持工作。

光哥被李凤凰和欧阳琴的飞刀吓得不轻，麻翠花给李凤凰请假说自己想出来走走，李凤凰说不行，从现在开始她就是十三钗的编外队员，杀日本人有的是时候。李凤凰晚上的时候一个人跑出来杀了四个日本人还有一个大汉奸，随后她早上在大家吃饭的时候他拿着汉奸的人头放在了万木林的面前。

万木林只好宣布在一号金钗出现之前由二号金钗李凤凰担任队长，李凤凰开始注意到了徐子宴，她去了徐子宴的房间拿枪顶住了徐子宴的头，徐子宴说自己不是汉奸，她究竟想要干什么。李凤凰说现在她只有两条路可以选择，一个是自己的朋友，另一个是自己的敌人。

这时候顾雪峰出来了，原来顾雪峰跟徐子宴是有过一段故事的人，顾雪峰想让徐子宴加入他们军统锄奸报国。徐子宴让顾雪峰和李凤凰走吧，这时候武田过来找徐子宴，他们俩赶紧藏了起来。武田进到了徐子宴的房间之后和她一起说话，他给徐子宴送了一串自己亲手在日本捞上来的珍珠，表明了自己的心意。

宫野在徐子宴家附近发现了一辆可疑的汽车，武田让宫野盯住那辆汽车，徐子宴跟武田出来了之后李凤凰说他们错过了一个杀掉武田最好的机会。顾雪峰说徐子宴对他们绝对有用，他可能就是一颗让武田满盘皆输的棋子，没有自己的命令不让李凤凰擅自动徐子宴。

宫野在顾雪峰和李凤凰坐的汽车上面放了炸弹，李凤凰无意间发现了这个炸弹，她才和顾雪峰在危急关头跳车逃过了一劫。武田带着徐子宴去见了上海的张会长，张会长被武田将军授意可以做鸦片的生意，他对武田将军是感恩戴德。晚上的时候李凤凰带着顾雪峰回到了住的地方。

顾雪峰给大家开会说让她们十三钗打出自己的威风出来，随后顾雪峰安排了第二天的任务，他让李凤凰第二天跟着他去上海饭店执行任务，其他的人一律不准外出。第二天顾雪峰带着李凤凰去了上海饭店见了戴局长派来的人，那个叫骆驼的传达了上峰的命令说让他带领十三钗诛杀大汉奸邹博庵。

武田接到了骆驼的行踪消息，随后让宫野带着集合队伍准备去抓捕骆驼。随后骆驼又传达了日本人的蒲公英计划，日本人准备在江中地区建立一个培训日本杀手的基地，要是这个计划成功之后对他们的党政机关都是一个很大的威胁，上峰的命令是让他们组织破坏这个计划。

武田带着人包围了上海饭店准备抓捕骆驼，顾雪峰发现了之后说现在他们只有突围了，这时候宫野带着人开始搜查了饭店的房间。

顾雪峰和李凤凰把床单撕成了条然后捆成了绳子准备带着骆驼一起撤离，他们逃到了三楼之后骆驼让他们俩记住任务随后自己留下来掩护。顾雪峰和李凤凰跳楼逃跑了之后骆驼背活捉了。随后骆驼瞅准了机会英勇的跳楼自杀了，武田看了之后说自己敬佩这样的勇士，还说骆驼的死和这个秘密的任务不简单。

晚上的时候万木林跟光哥在一起喝酒，万木林说以后自己要是有口吃的就有光哥吃的，光哥喝不惯这么贵的洋酒。万木林说杀敌除奸的事情是顾雪峰干的，他们俩就好好的喝酒找乐子就行了。李凤凰回去之后说重庆方面肯定有了日本人的间谍，他让齐玉环给重庆方面致电一定要除掉特使。

李凤凰集合大家开会的时候万木林喝醉了酒逛了窑子姗姗来迟，李凤凰看不惯万木林这熊包样子治了治他，万木林是吃了瘪又掉了面子。事后万木林告诉光哥说让他帮自己盯好李凤凰这个男人婆，光哥说这万木林就是老管不住自己的乌鸦嘴，还想让别人给他烧高香。

李凤凰中午的时候亲自下厨给大家做饭吃，她蒸了包子还炒了菜，大家都高兴地吃着。光哥过来看了之后也吃了起来，还连连夸好吃问是谁做的，光哥在大街上看报纸知道了上海成立了一个团结促进会，张玉林担任会长，光哥让地瓜带着他的黄包车兄弟打听清楚看看都是谁在卖国求荣。

李凤凰在家里面把光哥的东西都给扔了出来，叮当为什么要扔光哥的东西，这时候光哥也过来问李凤凰为什么要仍自己的东西。李凤凰说自己愿意，随后光哥跟李凤凰打了起来，李凤凰也发了火狠狠地打起了光哥，这时候叮当也上来要帮光哥。光哥说自己好男不跟女斗，自己让着李凤凰呢，李凤凰说自己就是想让他滚蛋。

光哥随后说了自己还有兄弟能搞到情报，这样李凤凰就能多杀几个汉奸，还说自己可以被当成马使唤，肯定会有用武之地的。宫野从日本本土找来了五个身手敏捷的女特工，武田让他们专门对付十三钗。光哥第二天让地瓜带着他去了一个药店是他跟组织接头的地方。

光哥进到了那个药店之后就被李凤凰给跟踪了，光哥上了药店的二楼之后被人拿枪给指住了押到了房间里面。李凤凰看情况有些不对就绕到了后面准备看看情况，光哥进了房间之后跟那些人打了起来，随后李凤凰和海萍赶了过来，救了光哥一命，光哥受了刀伤随后就昏了过去。

李凤凰把光哥带回了住处，他醒了之后李凤凰问光哥到底是谁，他为什么要去那个药店。光哥说那个药店的老板是卖情报的，随后还拿出了和平促进会的人员名单，光哥说自己去药店就是为了买情报的。李凤凰抢走了光哥手上的情报说这算是自己救她命的情报。

这时候亚男吐了起来，翠花赶紧说自己去给亚男买药，她出来了之后做了个黄包车去了东亚广场。李凤凰知道翠花出来了之后猜想事情有点不妙赶紧出来去找翠花。翠花到了地方之后心理面犹豫着要不要把自己知道的告诉日本人来换回自己的弟弟，翠花一步一步的走到了一个客栈里面上了二楼。

欧阳跟小颖发现了翠花进了客栈之后就跟了上去，翠花跟那个接头的邱先生见了面说自己这段时间实在是被看得太紧了。欧阳跟小颖上了二楼听到了翠花跟小颖的说话，随后欧阳出来开枪打了死了那个邱先生，欧阳说李凤凰怎么救了她这样一只白眼狼。这时候没有死透的那个汉奸开枪打死了欧阳和小颖，李凤凰去了现场之后也难受的不行。

李凤凰把欧阳的尸体背了回去，翠花哭了起来，李凤凰说欧阳和小颖都是为了找翠花才死的。李凤凰随后说不管凶手是谁就算是把上海滩挖地三尺也要给找出来，叮当想要参加十三钗，李凤凰答应了，她说从现在开始叮当就顶替欧阳。晚上的时候李凤凰坐在院里面烧纸，光哥也出来跟李凤凰说话。

翠花晚上睡觉的时候天天做噩梦，李凤凰带着大家把欧阳的尸体给安葬了，参加葬礼的时候万木林也过来了。忙完了之后万木林跟光哥在一起喝酒，万木林说他没有必要跟离凤凰似的每次出来都拼命，他们兄弟以后的好日子还长着呢。光哥突然灵光一闪想到了十三钗里面由内奸，同时想到的还有李凤凰。李凤凰给齐玉环还有海萍分析说现在最有嫌疑的是翠花。

随后李凤凰制定出了一个引蛇出洞的计策，光哥上大街见了地瓜，他给地瓜说组织上联络的那个药店已经暴露了，现在跟组织上联系不上他们都不要担心，先安心的潜伏下来，随后又给了地瓜一些钱。李凤凰去找了翠花谈心，她告诉翠花说要是有什么困难可以说出来，自己可以帮她抗。

翠花没事的时候就在院子里面做鞋，他一直心神不宁的想着自己的弟弟还在日本人那里当人质，她担心着他弟弟的安全。翠花也是个命苦的孩子，从小就没了父母带着她弟弟相依为命，她只有弟弟这么一个亲人，她的内心里面也是矛盾着纠结着。

李凤凰一个人在屋子里面想起了一些事情，随后她通知所有的十三钗开会，她大家开会说今天晚上她接到了命令要烧掉吴淞口的粮库，还说了粮库的具体细节和行动安排。随后她把大家分成了三组，然后光哥问他的情报是那里面来的，李凤凰没有说。

李凤凰随后又悄悄地给光哥说了一个任务，让他去日侨俱乐部等着自己，马翠花跟李凤凰一组，李凤凰一直盯着麻翠花看看她是不是要通风报信。麻翠花在执行任务的时候找机会上了一个厕所，李凤凰故意给她一个传递情报的机会在一边盯着她，凤凰看出了麻翠花就是潜伏在他们中间的内奸。

武田猜出了李凤凰可能是醉翁之意不在酒，她真正要袭击的是日侨俱乐部，随后他让宫野跟自己带着人去俱乐部，让胡三宝带着人去抄了李凤凰他们的老窝。李凤凰带着人又去了日侨俱乐部，这时候宫野也带着人赶了过来，武田下命令说要瓮中捉鳖。

李凤凰他们给武田交上了火之后就撤退了，回到了新的落脚点之后麻翠花被李凤凰给绑了起来，大家知道麻翠花是内奸之后都气愤的不行，都要杀了麻翠花。光哥组织了大家说让麻翠花给大家一个解释，麻翠花说自己是被逼的，她说出了原因。李凤凰给麻翠花说了一番话。

顾雪峰知道了李凤凰带着人私自袭击了日侨俱乐部之后说李凤凰胆子真是太大了，竟然敢假传圣旨。李凤凰说了自己要擅自行动的原因，而万木林在一边添油加醋的说着，这时候麻翠花站起来说自己对不起大家，她说自己知道已经没有机会再跟她们一起生活下去了。

麻翠花说欧阳和小颖都是跟自己接头的邱先生打死了，要不是因为自己他们都不会死，这时候麻翠花拿着刀要自杀，李凤凰夺下了麻翠花的刀，随后她说让麻翠花走，从此以后她和十三钗该不相欠不相往来。这时候万木林出来说这不和军统的规矩，顾雪峰想了想也说麻翠花是叛徒不管是什么原因都要杀了他。

随后顾雪峰下了命令要杀了麻翠花，李凤凰执意不肯，顾雪峰说既然她想抗命那就跟麻翠花一起去死吧。这时候光哥说出来说他要是想杀李凤凰就杀了自己，还说李凤凰是自己老婆，随后顾雪峰满意地说麻翠花可以不死，但是必须要离开十三钗的队伍，十三钗的队伍有情有义自己也就放心了。