进入学院： 来自不同阶层家庭的乱太郎、新兵卫、阿丸进入了一所忍者学院学习忍术，他们很快成了好朋友，在这里他们认识了女学生阿美、阿香、阿茂。在男女生联欢会上，由于没有经验，他们遭到了女生的戏弄，挨了顿教训。

奇怪的忍者： 乱太郎他们遇到一个迷路的忍者，他丢失了要送的密函。经反复回忆，原来他把密函当厕纸用了。 院长出主意，在土井老师的教导下他们学习忍者的多种课程。吃尽苦头的乱太郎三人想办法用点心贿赂院长，结果适得其反。

消失的新兵卫： 蜘蛛子城和贺之潮城正在开战。新兵卫在训练中迷路，与贺之潮城的公子一同被抓到蜘蛛子城。乱太郎、阿丸、土并老师和山田老师乔装改扮前往营救。他们遇到不明身份的忍者宇奈仲，双方一场大战之后，发现宇奈仲是山田老师的学生。新兵卫会否得救？

快乐的黄金周： 在“黄金周”，忍者学院的学员都可以回家休息。山田老师开始给他们送作业的旅行。乱太郎为逃避作业，说有家务要做；阿丸拉着土井老师在打零工挣钱。山田老师的作业单是送不出去了。他们来到新兵卫家，发现新兵卫被其父怀疑是贼……

剑术名家花房木之介： 忍术学院遇到“浩劫”——剑术名家花房木之介前往挑战。大家推剑术高手户部老师前往迎战，结果令人啼笑皆非。 忍术学院最了不起的是谁？是女强人食堂大娘，还是院长或老师们？告诉你，最了不起的是院长的那只狗黑木黑木，它的塑像矗立在学院最显眼的地方。

潜入九之一教室： 新兵卫、乱太郎、阿丸玩球。不小心球飞到隔壁女学员的花园，砸破了山田老师喜欢的盆景。新兵卫取球时被擒。众男学员用“鬼怪术”潜入九之一教室，欲营救新兵卫和皮球。球取回了，可新兵卫又失踪了……