侍卫赛威、赛虎将刺客小燕子五花大绑，带到皇后的景仁宫问罪，皇后终于抓到小燕子犯错的把柄，见猎心喜，让容嬷嬷教训小燕子，小燕子全身被捆绑得像粽子一般，无力还击，被容嬷嬷左右开弓，打了好多耳光。顿时大喊︰皇阿玛救命……皇后得意的看着她冷笑，好整以暇的说道︰进了景仁宫，皇上救不了你的命了！

同时，漱芳斋的四个小太监，都豁出去，不顾一切，飞奔到延禧宫，跪地磕头，哭喊着求乾隆赶快去景仁宫，救救被抓走的格格……乾隆被惊醒，大惊之下，立刻赶到景仁宫，见到已经被打到面颊红肿，五花大绑的小燕子，顿时对皇后大为不满。但，皇后振振有词，乾隆知道小燕子翻墙，又是心痛，又是头痛，只得先把小燕子带回延禧宫问个清楚。

小燕子被带回延禧宫，看到乾隆心痛的眼神，听到乾隆温和的询问，小燕子感动莫名，真情流露的向乾隆哀诉自己的委屈，并恳求出宫探望友人的心愿，但乾隆却和小燕子交换读书的条件，令小燕子无可奈何！

闹了一夜翻墙挨打的小燕子，在御花园叽哩咕噜，喃喃自语，烦恼乾隆居然还要她读，不知何时才能出宫？正在低头急走时，却不慎撞到了拿着画架的班杰明，这班杰明只要碰到小燕子就会出状况，这次也难免，在一连串的状况下，班杰明竟然被小燕子一撞，又撞进了池塘里……

小燕子巧遇永琪和尔泰，恳求永琪能帮助她出宫，以便探望她的结拜姊妹夏紫薇。当小燕子说出紫薇的名字时，尔泰心中也证实了小燕子是位「假格格」，情势让尔泰为小燕子的前景感到担忧，但永琪却忧虑小燕子与皇后为敌的处境，小燕子突然感觉自己进入了四面楚歌的危险状态。

居住在福家的紫薇，伤势渐渐康复，也渐渐显露了她自身的才情，更让尔康对紫薇一往情深和心疼。两人几度交心，情愫逐渐加深。但是，紫薇的操守和人品，使尔康不敢冒犯……

小燕子为保住自己的脑袋，决定勇闯如意馆，以便毁掉在班杰明手上的那张街头画像——会砍脑袋的证据。小燕子经过白天的地形勘查，趁着宁静的深夜，轻巧的跃入如意馆，在画室里东翻西找，就是找不到那张把柄，但却被埋伏在如意馆的班杰明吓得狼狈奔逃，班杰明伸手，利落的抓住了她……

小燕子被班杰明逮到，知道逃不掉了，觉得人人可以要她的脑袋，她又逃不出皇宫，不禁悲从中来，在班杰明面前落泪了。这样的小燕子让班杰明眩惑，经过一场交心之后，两人在宫外的误会冰释，班杰明也向小燕子保证会全力保住她的脑袋。两人从此成为哥们。

尔康为解除紫薇心中许多谜团，决定要让紫薇和小燕子会面。隔日尔泰毅然的告诉小燕子，紫薇就在学士府，小燕子震惊后崩溃的大哭，并诚实的说出自己一路病得迷糊，一路沉醉在父爱怀抱的震撼历程，小燕子对紫薇深感歉意，急于脱身却不得章法懊恼至极，永琪知道真相后无比的震撼。

小燕子处境堪虑但却对皇宫充满好奇。一日，跟踪永琪、尔泰来到射击场，被射击场禁卫军的英武气势所吸引，在那儿叽哩咕噜大吹牛。殊不知乾隆已经来到她的身后，听到她自封为神射手，十分好笑，也十分好奇。竟然破例的让小燕子进了女人禁区的射击场。和永琪、尔康、尔泰、班杰明等人比赛了一场非常有趣的射击，乾隆更一时兴起，亲自表演了令人刮目相看的射击神技。这一幕，皇后亲眼目睹，见小燕子屡享特权，逐渐掳获乾隆的欢心更是愤愤不已。

小燕子渐渐得到乾隆的欢心，这让真假格格的骗局更显危机，永琪决定先到福家一探紫薇。当永琪和紫薇兄妹相见之后，百感交集，他已不知不觉喜欢了小燕子，只能请求紫薇顾及小燕子的安危三思而行。

在宫中的小燕子，天天活在对紫薇的歉疚中，而唯一可以分摊小燕子心事的唯有班杰明。一日，班杰明发现小燕子在皇宫一隅看落日，不由自主陪着她聊天。四个太监在一旁偷看，小凳子最迷西游记，悄悄告诉其它太监，班杰明黄头发，黄寒毛，一定是孙悟空变来保护格格的。其它太监说那有这么大只的孙猴子？几个叽叽咕咕，争论不休。

一旁看落日的小燕子忽然发现，班杰明的小名是班杰，跟斑鸠谐音，不觉大喜。认为斑鸠和小燕子是同宗，都是鸟类家族。班杰明迷惑在小燕子的笑语中，欣然接受斑鸠这个称呼。但是，小燕子悄悄对他说︰以后不可以随便翻跟斗！他问为什么，小燕子调皮的说道︰因为中国有句俏皮话，斑鸠翻跟斗，是卖弄花屁股！班杰明不禁又好笑又好气。但是，从此，小燕子就喊班杰明为斑鸠。两人的情谊，也更进了一步。

班杰明这才明白小燕子在捉弄自己，最后默然了"斑鸠"这称号，但不许她在别人面前卖弄，这时五阿哥来找小燕子说有话和她说，班杰明识趣的离开了，五阿哥和小燕子谈起了紫薇，说她有深度有涵养，对于这件事很伤心。

小燕子回到漱芳斋要给紫薇写信，却怎么也写不好，扔了满地废弃的纸。最后还搞了个大花脸，最后去找班杰明，告诉了他紫薇才是皇上的女儿，她才是真格格，但是自己却辜负了她，自己成了格格，她就是想办法把格格还给她。请求班杰明给自己画幅画。

小燕子把信托永琪带给紫薇，原来大字不识几个的小燕子托人带来的是画不是信，正当众人猜不透小燕子画中之意时，紫薇竟将小燕子的画用诗表达出来，令众人对紫薇的才情佩服不已，尤其是尔康。

紫薇从画中得知小燕子乃是身受重伤才得以入宫，又知道乾隆仍未忘了自己的母亲。在深思之下，紫薇决定放弃认亲之事，将此秘密永藏心中。

五阿哥回到宫中告诉小燕子紫薇原谅了她，小燕子高兴的大嚷大叫，但是还是想把格格还给紫薇，小燕子庆幸皇后不是五阿哥的娘亲，承认了班杰明知道她所有的秘密，五阿哥很为她担忧，让她不要东说西说的。

乾隆为调教小燕子，命令小燕子和众阿哥等人一同上课，班杰明也来听纪晓岚的课，课堂上纪晓岚考察还珠格格，永琪和尔泰的帮忙但是她还是回答的一塌糊涂但也为平静的课堂带来了笑声及活力。堂下几个人都一起恭维小燕子诗做的很好，会打得更精彩。

回到漱芳斋几个人给小燕子上课讲解四大才子，谁想她居然把四个太监做四大才子，明月彩霞叫两大美女，逼迫他们以后都这么称呼自己，又招来几人的一阵笑。

小燕子兴致勃勃的介绍了漱芳斋的侍者所有的特长。

五阿哥耐心的给小燕子讲道理，让她好好读书，班杰明看出永琪对小燕子很用心。

紫薇决定要离开福家，正当紫薇打算向福大人福晋道别的时候尔康来了听到了她的决定，紫薇告诉了他自己决定要回济南了，尔康带紫薇去了一个很美丽的地方，紫薇特别高兴，尔康为留住紫薇，忍不住地向紫薇告白了，尔康此举令紫薇震慑不已，居然点头答应留下，也不再掩藏彼此之间早已滋长的情愫。

皇后和几个小阿哥小格格玩的很开心，被路过的皇后看见自己的儿子也在，过来责备他不好好读书跑到这里，小燕子变戏法甩出的东西让皇后摔了一跤，皇后非常生气，小燕子百般辩解，永琪和班杰明过来替小燕子解围，说如意馆她的画像快要完工了，让她去看，皇后这才拉着自己的儿子离开。小燕子言谈中说起了自己很想念大杂院的孩子们。

晚上小燕子再次假扮太监混在四个太监中来到了如意馆，并打听到了班杰明和郎画师最近的行踪，就溜进吓唬班杰明，正在对着小燕子画像拉小提琴的班杰明被吓得小提琴丢在了地上，小燕子要看自己的画像班杰明却盖了起来告诉他没画完的像是忌讳给别人看的，小燕子这才知道他上次喊皇后看画像是为了救她，她给班杰明一些金元宝让她带出宫给大杂院的老老小小，正要把自己托付他的话告诉他的时候皇上顺巧来看班杰明，要他陪自己下西洋棋，班杰明急忙把小燕子藏了起来。躲在里面的小燕子暗中郁闷，他们到底要下到什么时候。外面的几个小太监也急坏了，学起了鸟叫。

班杰明一直输给皇上，皇上很纳闷，因为之前班杰明几乎没输过。这时皇上也听到了，班杰明乘机让皇上出去看看，但是皇上却不出去，还要让班杰明继续陪自己下棋，藏在画架下的小燕子苦不堪言。

几个太监商量了一下，大喊失火了，想借机救还珠格格，皇上听到了被进来的禁卫军接走了，四个太监急忙跑进去找还珠格格，宫内的人听到失火忙做一团，连皇后也被惊动了，皇后嘴巴恶毒，说不定这没事，令妃那里着火了，皇上急忙赶到令妃那里看到她安然无恙，永琪这时想起了漱芳斋没检查，一帮人急忙赶到漱芳斋，看到小燕子披着衣服在门口，看到皇上就说自己听到失火了就忙起来了，吓坏了。

小燕子糊弄过了皇上，经过半夜的折腾，皇上也累坏了让众人散了赶紧回去休息，小燕子得知是“四大才子”出的注意，大大的夸奖他们。

紫薇和尔康回到了大杂院，紫薇对柳青道歉，说自己有难言之隐，总有一天会告诉他所有的事情，刘青心里其实已经才猜出了事情经过，原谅了紫微，班杰明这是也过来了，替小燕子给他们送钱，但是刘青不分青红皂白和他打了起来，柳红也起哄，打完了居然说这是欢迎仪式，院子里欢腾一片，班杰明也觉得小燕子说得对，这些孩子比宫里的格格阿哥们快乐多了。

皇后向皇上道歉，皇上说她本是个温柔善良的人，怎么一年一年脾气变成了这样，皇后表示自己以后会好好克制自己，但还是告了小燕子的状，说小燕子用弹弓打了自己，皇上很生气，决定把小燕子交给皇后调教。

尔康向紫薇倾诉了此生不变的情谊，以及两人之间所需面对的重重困难。紫薇惊讶，不敢也不愿承受这一切，使得两人之间的恋情，面临了严重的考验。

小燕子和漱芳斋的奴婢们一起聚众赌博，玩的正起兴时皇上和皇后来了，看到小燕子居然和几个小人赌博，更加生气，告诉她让皇后和容嬷嬷教她学规矩，小燕子恳求皇上但是他已经决定了，皇后还叫了赛虎，赛豹两个协助她。小燕子看到他们两个的武功表演很佩服他们。

容嬷嬷教小燕子学磕头，没完没了的让她磕头，小燕子非常生气却也毫无办法，只得一直磕。

磕头终于结束了又要学拜祭礼，还是要磕头，三拜九叩，端第二盘的祭品时故意弄掉了一地，祭酒时又泼了容嬷嬷一脸。

尔康和紫微来到草原上，两个人在这大自然的美景中感情愈加浓烈，相互吟诗对句，其乐融融。

紫薇觉得小燕子进宫，让她们相遇是上苍赐予他们之间的缘分。

小燕子的礼仪学到说话时，故意骂容嬷嬷，但是容嬷嬷却不急不躁，说自己有的是时间等到她说对为止，最后教到吃饭的时候她实在受不了了，扔了格格的行头大嚷自己不干了，正在大嚷大叫时皇上和皇后来了，皇后责备容嬷嬷不好好教格格，小燕子对皇上说自己不干这个格格了，要头一颗，要命一条，皇上派人把她抓了起来打二十大板，五阿哥和尔康、令妃都替她求情，小燕子却说自己最大的错就是当这个格格，皇上震怒让人重重的打小燕子，但是小燕子依然不肯认错，班杰明和五阿哥都为小燕子求情，最后皇上终于答应不再打她并请胡太医为她医治，私下嘱咐令妃给小燕子讲道理。小燕子趴在床上伤心不已，不愿意医治，令妃一直在旁劝慰她，但她依然如故，打翻了药碗。从床上爬起来要回家，却晕倒了。

太医要求看伤口，被令妃拒绝了，太医建议用常太医的丹药，令妃让他们到外面候着，明月彩霞协助自己给小燕子换身衣服顺便看看她的伤口。

班杰明跑来了求丹药，但是常太医却让他背诵医术，班杰明好不容易背了出来，常太医终于答应给了他丹药，他拿着马上跑了。

五阿哥跑来问小燕子的情况，明月彩霞却说不好，小燕子晕了过去，五阿哥担心班杰明不能对付常太医，自己跑去问常太医要，央求带胁迫。

正在众人焦急时，班杰明送来了药，没一会五阿哥也带着药给小燕子送来了，众人拿着两份药跑了进去，两人有点尴尬，都坐在凉亭上，这时传来了小燕子大嚷不吃药，五阿哥建议两人赶紧离开，要不被皇后的眼线看到传出去不好，就一同离开了。

令妃对皇上说了小燕子的情况，皇上心里很担心小燕子，就让令妃带自己去看望他，来到时正看到小燕子哭泣着摔了碗依旧不肯吃药，皇上安慰她，说她当着那么多人不肯认错让自己下不了台，小燕子依旧气鼓鼓的，说自己以后可以做哑巴再不说话。