唐高宗为完成先皇遗愿，在泰山光明顶及山脚下大兴土木，建成方圆二坛，用以祭祀之事，皇帝李治非常看重这件事情，他在朝堂上让大臣商讨相关事宜，皇帝问许敬宗事情进行的怎么样了，许敬宗对皇帝上奏了天坛地坛的事情。

狄仁杰已经到了成家立业的年纪了，他的父亲要为他娶一个侍郎的女儿，虽然长得不好看但是诗词歌赋样样精通，并且出身名门，但是狄仁杰不愿意，就推脱说一切都等父亲从长安回来以后再说。

在地下有一个神秘的组织，他们似乎在进行着一个屠龙计划，他们到底有着什么样的身份而任务呢？

狄仁杰在父亲动身去长安的那一刻开始，就也开始动身前往长安，就在一家客栈里，狄仁杰偶遇一个身着紫衣服的女人，她菩萨心肠每隔一段时间就会前来就诊，她虽然蒙着面但是狄仁杰还是看呆了，好像有什么情愫在两个人之间蔓延着。

就在这时候童梦瑶赶到了，她抓着小虎不放手，狄仁杰真没想到童梦瑶会跟过来，童梦瑶大吵大闹，童梦瑶就是一个母老虎，那个紫衣女子看见这一幕淡淡的笑了。

趁着月色，一堆武功高强的神秘人出现杀了很多侍卫，并且火烧了祭坛，那么长时间建立的祭坛就这样灰飞烟灭了，李治大发雷霆，因为奏折上所说是天火，李治不相信，但是大臣们都说顷刻之间天坛地坛夷为平地，侍卫无一生还，并且残骸摆成昏遣二字，这引起当地居民的混乱说这是天谴。李治很是郁闷，借酒消愁，只想着媚娘一人。

此时的媚娘出家在感业寺，她看着琵琶若有所思，可是她心里明白，她明白李治的心思，可是她又能怎么办，纵使情深似海，也终将抵不过万里浮云。夜深人静，一张纸条突然出现，约媚娘午夜相见，媚娘魄力不减当年，原来是王大人千里迢迢来找媚娘，他希望可以助媚娘一臂之力重回昔日生活，王大人想借媚娘之手除掉徐朝媛。王大人告诉媚娘，皇帝要来感业寺，她要好好利用这次机会，媚娘何其聪明，她同时也借用王大人让自己摆脱这种困境。

同一时间李治也收到了媚娘的信笺，他自认辜负了媚娘心里很是不好受，正好顺水推舟他决定前去感业寺。

狄仁杰和童梦瑶新结识了京城四少，元芳作为京城四少之一，对他们似乎很感兴趣，不过最让他感兴趣的就是女扮男装的童梦瑶，元芳觉得童梦瑶似乎很有意思。可是奇怪的是在看戏过程中，戏主突然全身着火，虽然狄仁杰尽快解救但无奈火势太大戏主还是死了。

元芳作为京城四少破过了很多案件，但是在查案中还错过了些重要的情节，他本来想借助菜油来找出凶手，可是奇怪的是，凶手并未中计，在元芳也束手无策之下，狄仁杰从细节中发现竹筠姑娘神态中露出的马脚，狄仁杰从竹筠姑娘的神情怀疑她，再从点点滴滴中发现了竹筠姑娘的破绽。

戏主对竹筠姑娘动手动脚让竹筠姑娘实在是无法忍受出此下策。竹筠姑娘万般无奈之下才下此毒手。狄仁杰对元芳说如果他能说上话就为竹筠美言几句，其实竹筠姑娘她也很无奈。

屠龙堂中，这些神秘的人都带着面具密谋着什么，不过他们也有所忌惮，他们也顾忌着长孙无忌他们，不过他们后面要动手的时候就是在李治去感业寺的时候了。

原来，王元芳的父亲和狄仁杰的父亲是至交，他们虽然怀疑到李治去感业寺有人故意而为之，并且狄大人怀疑祭台就是被人毁掉的，但是狄大人不知道的是这个他面前的王大人就是唆使李治去感业寺的幕后之人。

狄怀英和王元芳初相识，但是两个年轻人谁都不服谁，而且年轻气盛，就想要比试一下，经过激烈的比试两个人打的难分胜负，但是王元芳坚持要分出胜负。在千钧一发之际，狄怀英觉得胜负并非重要而救了王元芳，但是狄怀英并不在乎。

李治还是不顾大臣劝阻来到了感业寺，慧园师太亲自来迎接，可是李治从进门开始就寻找媚娘的身影，看到媚娘就在眼前。

他久久不能挪步，若不是花开花落如梦一场，他们怎么会是现在的结局，曾经的回忆点点滴滴涌上心头，他们纵有千般依恋和爱慕，但在这么多人面前他也只能把她当做一个陌生的小尼姑，心痛的泪水在眼眶中打转。

不知道为什么从中突然冲出来一个疯婆子出来妖言惑众，不过皇帝并没有把她放在心上，皇帝为国运祈福，武媚娘也虔诚的为国运而祈祷。

狄仁杰觉得很没意思在后花园转的时候碰到了没带丝巾的李婉青。一下子被她的气质所吸引，但是童梦瑶吃醋了，还没等狄仁杰和李婉青好好认识就被童梦瑶搅乱了。

就在皇上要离开的时候，突降喜雨，今晚皇帝就要留宿感业寺。这时候有匹马受惊了，元芳前去制止，但是一个人力量有限，狄仁杰也出手一起制服了惊马。

就在这个晚上，朝思梦想的两个人终于见面，两个人握着曾经交换的玉佩，念着两个人的定情诗，两个人对彼此情牵万分却无语凝噎。

这时候赵将军惨死在屋中，惊扰了皇帝，元芳毛遂自荐拉上狄仁杰，两个人开始着手调查此次案件。

在调查过程中，狄仁杰和李婉青有了交集，两个人总算是相识了，狄仁杰也记住了她就是山下行医姑娘。

她警告狄仁杰离她远一些，狄仁杰男少轻狂，最起码经过这一夜他们熟识了不少。这时候童梦瑶又来捣乱恰好元芳也在，元芳提醒他们凶手不止一个人让他们一定要小心。

李治和媚娘醒来后，事隔这么久，媚娘能再次给李治梳头，可这时候接受禀报，说是所有马匹都被下了巴豆不能启程。狄仁杰很是想念李婉青，可惜的是童梦瑶总是捣乱，让他们没有机会好好相处。

狄仁杰无意间发现随从二宝在吃野味，他本来也想吃点，可是无意间发现了些奇怪的东西和死去的野鸽子。狄仁杰来到案发现场，元芳也在，元芳提议两个人再比较一番，狄仁杰根本就不在乎输赢就笑着离开了。

欧阳将军他们觉得这件事非比寻常，他们想到这件事会不会和二十年前的那件事有关，欧阳将军警告所有人不要说出去，否则下场很惨。

狄仁杰问李婉青关于鸽子的事情，李婉青说本来有20只信鸽，但是自从他们来了以后就只剩下十只不到的鸽子。狄仁杰和元芳商讨案情，他说赵将军身上并没有伤痕，而且张金鹏并不会武功，狄仁杰说那要不要再比试一次，元芳问他对尸体推断是从谁那学来的，狄仁杰笑着回答童梦瑶，元芳对童梦瑶越来越感兴趣。狄仁杰夜晚收飞鸽传书约他一见，元芳来找童梦瑶请教尸检问题。

原来，约见狄仁杰的是张大人，无意间他撞见了明空和某个人在交谈，狄仁杰问询明空神像流血泪的事情，明空跟他说了些，最后明空对狄仁杰说无论他做什么都不会伤害皇上的。

张大人被杀，王大人怀疑出现在案发现场的李婉青是凶手，李婉青辩解自己不是凶手，狄仁杰用现场分析的手法帮助李婉青解围，证明了李婉青并非凶手，但是狄仁杰还是希望王大人给他点时间抓住凶手。狄仁杰来到柴房，他从门缝看到李婉青被关押，武媚娘路过时帮他见到李婉青，李婉青回忆起凶手的模样，对狄仁杰说她判断是个男人。狄仁杰见武媚娘抱了一个空弦的琵琶，问道为什么没有琴弦，明空认为可能是小尼姑在搞恶作剧，但狄仁杰觉得没这么简单。

元芳在张大人的身上发现了一首藏头诗，狄仁杰和元芳看到后虽然不能立马解出来但是觉得这首诗没那么简单，在综合他听到的话，他觉得很有可能跟二十多年前的秘密有关系。

经过元芳和狄仁杰他们双剑合璧彻夜调查，狄仁杰和元芳几乎同时发现了线索解开了谜底，他们叫来了所有的人，重现了案发经过，经过很多人的求情皇帝开恩放了李婉青。元芳这时候拿出那首藏头诗，证明了凶手就是欧阳昊天。皇帝也下令抓捕欧阳昊天，可是没想到的是欧阳昊天上吊自尽或许是他杀。

一切线索又断了，似乎他们离秘密越来越近，但是同时付出的代价也很惨重。狄仁杰和元芳发现桌子上的书信，表面显示是自杀，但是狄仁杰觉得没有那么简单，不像是自杀。狄仁杰在房间中搜查线索佛龛前拿起杯子，他相信房间里有第二个人存在，而种种证据显示了周道的嫌疑。经过元芳和狄仁杰的双剑合璧，他们抓住了周道找出证据，周道也说出了当年杀人分钱的事情，但是秘密似乎并未解开，狄仁杰想要知道天王殿下面埋葬的妃子的身份，周道劝狄仁杰还是不知道的好，究竟还有什么样的秘密被埋葬着。

狄仁杰想要把天王下的遗体挖出查明真相，同时李婉青也想要狄仁杰帮忙跟皇帝说把妃子挖出让他们入土为安，狄仁杰很是开心觉得他们想到一起去了，可是他们不知道的是暗处一直有双眼睛盯着他们。

元芳看到元宝拿回来的神像很奇怪，他无意间把两个神像合并起来，这一下提醒了狄仁杰，在加上元宝说的话，狄仁杰觉得这件案子的幕后真凶还没出现，他和元芳从头梳理案情，可是狄仁杰还是觉得要想知道全部真相只有揭开二十年前的谜团才能真相大白。

狄仁杰拜托李婉青陪同他一起去寻找那个疯婆婆，狄仁杰认为现在只有那个疯婆婆才能知道二十年前究竟发生了什么，他们两个人去山洞找到了疯婆婆，狄仁杰刚要问什么的时候，疯婆婆被蒙面人袭击毙命，李婉青也受伤晕倒，黑衣人趁乱逃走。

狄仁杰赶紧把李婉青抱回来医治，可是不知道为什么呼吸都很平稳但是却一直没有清醒，狄仁杰觉得是自己害的李婉青受伤很是自责，他主动请求元芳合作一起破案。

元芳觉得周道可能会遇害，他们赶紧去柴房，但是他们还是晚了一步，周道已经死于柴房，狄仁杰向王大人问询赵将军的身世，王大人对他们说了玄武门兵变之事，狄仁杰若有所思。狄仁杰回去后，重新梳理案情，他终于发现这次的案件与当年的玄武门兵变有关。

狄仁杰多亏了明空师太推出了事实真相，真正的凶手就是一直假装自己腿脚不便的慧园师太，大家都难以相信，但是在狄仁杰举出的种种证据下证明了事情真相。