NSS要员金贤俊死亡后，因参与IRIS的间谍活动而被捕的前NSS局长白山被监禁在孤立的岛屿上。由张赫所饰演的郑有健原是一名警察，因参与一项剿匪活动立功，被NSS相中，继而成为NSS要员。在训练了一年后，有健成为了训练教官，负责训练池秀妍（李多海饰）、徐贤宇（尹斗俊饰）等其他要员。另一边厢，柳中元（李凡秀饰）原是北韩特务，如今生活于柬埔寨。金妍华（林秀香饰）是IRIS要员，力邀柳中元帮她，一起合作完成一个任务。柳中元起初不为所动，最后勉强答应了。NSS，郑有健如今的职务为TF-A队长。NSS新来的副局长崔敏（吴妍秀饰），外表精明能干。IRIS要员RAY与其手下霸占了一架NSS的直升机，降落在囚困白山的荒岛上，并成功的把白山了出来。但是白山却在半空中选择跳海离开IRIS。NSS接到通知指白山被劫走了后，立即派TF-A队到该荒岛去救援。白山跳海离开直升机后上了岸，劫持秀妍威胁有健不得伤害他的人身安全。有健当机立断让狙击手贤宇除掉白山，但是却打中了秀妍的肩膀。NSS最终把白山抓回了NSS总部，并拷问他。NSS决定由TF-A队把白山移去郊区的基地KC。白山要求NSS每天都提供报纸。由RAY带领的IRIS要员包括了妍华闯进了基地KC。朴室长和有健护送白山的离去。最后，因为朴室长的牺牲而得以保全有健和白山的性命。

秀妍在医院疗伤，崔敏去探望她，让她好好休息。柳健劝秀妍退出NSS，秀妍认为自己负荷得来。秀妍归队NSS。崔敏和郑柳健开始对NSS内部存有奸细产生怀疑。秀妍开导因失误打中秀妍而内疚不已的贤宇，最终贤宇得以原谅自己。白山要求见柳健。因柳健拼死救了白山的性命，白山决定透露IRIS的情报当作报答柳健的救命之恩。即将在匈牙利举行的南北韩高层会谈将会发生大事，即IRIS将发动攻击，但不知目标是南韩、北韩，或两者皆是，让有健留意。匈牙利，几乎全NSS倾巢而出，为了保护南韩代表团。另一方面，妍华和中元也都抵达匈牙利。贤宇在街道上闲逛时发现了RAY的踪影，于是贤宇跟踪他。

贤宇、有健和秀妍趁空档到镇上咖啡店喝咖啡。贤宇先行离去，无意间发现RAY的踪影，便跟踪他，最后却意外跟丢了。有健和秀妍则到处溜达。晚上回到酒店时，贤宇向有健表达了自己看到RAY的担忧。南北韩正式会谈终于开始了。另一方面，南北韩共同举办了晚宴，崔敏盛装打扮。金妍华除掉了服务员MEI，并以MEI的身份混入晚宴会场。妍华在会场上故意泼了些酒在北韩代表权衡泰身上，并以此为借口，帮权衡泰清洗衬衫后，亲自送到他的房间。贤宇骇进酒店服务员名单，发现名单上的MEI和在会场上的MEI不是同一人。权衡泰的警卫官朴哲荣接到消息指MEI在权衡泰房间里时，认为不妥，并赶到权衡泰的房间。然而当他抵达时，权衡泰已被妍华掐死了。朴哲荣下令无条件得抓到妍华。权衡泰房间里发生的枪战惊动了NSS，有健追捕妍华。妍华逃脱后，驾车离开酒店，却被当地警察追捕，好不容易摆脱那些警察后，却又被另一些警察缠上，最终被警察包围到一条桥上。妍华看似要投降，其实是在等待柳中元的救援。柳中元驾驶一条船，刚好接到从桥上一跃而下的妍华，两人成功逃脱。两人上岸后躲到一栋建筑物内，在后紧追不舍的有健和秀妍也追到此地。一番恶斗后，秀妍抓到了妍华。有健把妍华交给朴哲荣让他处理。中元试图营救妍华不果。有健突然想起白山的话"目标可能是南韩、北韩、或两者皆是"，意识到南韩代表赵明浩可能也身处险境，立即赶回去保护赵明浩。不料，IRIS果真对赵明浩发动攻击。混乱中，秀妍与赵明浩均中弹。秀妍不死心，拿起身边的长枪对敌人开枪，打中了敌人的眼睛。

在与IRIS的枪战中，赵明浩代表受伤。有健及时出手救下秀妍。青瓦台内总统与崔敏三人开会，提及白山事前的警告，NSS局长在此时建议将NSS的技能融入国情局。有健与白山会面，两人达成交易。在有健将离开时白山提醒小心Ray。崔敏告诉有健因为匈牙利事件，局长或许会选择有健进行处罚。妍华在北边遭受酷刑。柳钟元回到柬埔寨。秀妍思及匈牙利枪战一幕内心难安，崔敏用亲身经历安慰。有健遭停职带秀妍去海边散心。贤宇被派至柬埔寨要求带回柳钟元，一番周折后贤宇将柳钟元抓获关在酒店内，却在第二日大意被柳钟元逃脱，还丢失了电脑硬盘，逃脱后的柳钟元又遇朴哲荣被带回北韩。崔敏欲与白山联手遭拒，白山忆起过往，博士对贤俊表达了对崔敏的看法，觉得她身上有原来白山的影子。有健将戒指放入套娃中交给秀妍，开心的秀妍不曾打开放置家中便随有健出游。两人在海边快乐散心，夜晚酒店内两人关系更进一步。两人回到有健的老家探望有健妈妈和鹤京大叔，有健在探望鹤京的路上遇见了Ray，又是一番遭遇战，鹤京大叔被杀害，有健找到一本日记，意外发现鹤京大叔写下的关于白山的话。疑女秘书是NSS内部奸细。柳钟元被带到遭受拷打的妍华面前，苦劝执迷不悟的妍华。有健母子将鹤京大叔的骨灰放置骨灰龛，有健复职。秀妍感觉持枪的右手出了问题。有健以找出内鬼的理由得到了崔敏的保安密码借此查看了白山的档案，却在查看中与另一人不期而遇，他遇见的会是谁呢？

柳建在主服务器室里遇到了局长的秘书李秀珍室长，柳建以替副局长办事为由才进入服务器室，李秀珍室长说为局长办事。贤宇发现秀妍的右手连笔都拿不好了。柳建跟白山见面问询他在NSS里和IRIS接触的过程，白山说在那个过程中失去了最爱的女人，很奇怪跟别人不会说的话都能跟柳建说，但是柳建却觉得是白山杀害了自己的父亲柳尚俊，白山回忆起来以前在做任务是无意遇到的女孩成为了恋人。柳建和崔敏商量准备用白山作为诱饵引IRIS上钩，他们俩瞒过所有人，连局长也不告诉。柳建向白山打听河在龙，白山却早就知道那个人已经死了，柳建说如果自己早点到也许会阻止他的死亡，但是白山说只要成为IRIS消除的对象，他的人生就已经结束了。李秀珍室长偷了局长的钱夹复制出了局长的工作证件。妍华想要硬拼出去，却被钟元给劝下。NSS派了两个专员尹时赫和宋钟斌保护赵明浩，崔敏不仅不阻拦赵明浩的意愿，还支持赵明浩的选择。崔敏向柳建讲述了自己为什么一定要追查IRIS的原因，原来是自己最爱的人都是因为IRIS而离开自己的。妍华向钟元讲述了自己的家人如何离世的，所以自己才想要脱北加入IRIS而报仇的。贤宇帮助秀妍射击，秀妍终于成功克制住了手抖射击成功了，两人高兴地抱在一起。开始转移白山的行动，为了诱惑IRIS，真正的白山被掉包，NSS分成两路运输假的白山来引出IRIS，但是却被李秀珍室长用复制的局长证件潜入到主服务器室追踪到了柳建的位置。在与IRIS的正面枪战中，柳建脑中枪，而尸体却被IRIS的头目RAY带走。钟元告诉朴哲荣誉IRIS练习是要在各种报纸上面找寻暗号的，刘哲荣方面也收到了柳建失踪的消息。秀妍一直失魂的站在柳建消失的地方，崔敏来到现场，察觉秀妍的不对劲，询问贤宇秀妍和柳建不仅仅是同事的关系？贤宇承认。A组觉得肯定是内部有内鬼才找到了柳建他们的正确位置，在找寻内鬼的同事一直在追查带走柳建的车辆。一方面在逃亡的飞机上RAY正在命人全力抢救柳建……

A组查到在作战期间追查过柳建的人是局长，决定先报告给副局长。尸检采集了现场的遗留物品判定柳建当场已经死亡。秀妍到柳建家发现了留言正在查白山和父亲的事情，觉得肯定有自己不知道的事情。尹时赫和宋钟斌到酒吧查到了局长和李秀珍室长当天在一起的视频，A组发现是李秀珍复制了局长的证件。决定先逮捕李秀珍。RAY已经命李秀珍删除电脑已经电话信息，李秀珍跟RAY打听了柳建已经死亡的消息，NSS抓获了李秀珍，但是李秀珍却什么都不说，秀妍来到审问时问李秀珍柳建的情况，而且气急的用枪打了李秀珍的腿，李秀珍告诉秀妍郑柳建已经死了。妍华决定帮助北边在报纸上刊登暗号，等待IRIS的回复。秀妍去见白山，白山说柳建肯定还活着，IRIS既然带走了柳建就肯定会让他活着。崔敏因为此次事件抓住了局长的把柄，使得局长不得不和自己一伙，崔敏决定NSS要正面面对IRIS，并且命池秀妍代替柳建成为A组队长。白山告诉崔敏IRIS要找到他的理由是因为他知道首尔周边藏起来的五个核武器的地点。白山想起了自己年轻的时候因为自己心爱的女人和孩子离世，从此自己改了名字成为了白山开始新生活。但是白山却不知道原来自己的女人和孩子都活着，但是却以为他死了，孩子也随了母亲的姓，原来白山就是郑柳建死去的父亲柳尚俊。秀妍决定搬到柳建家去住。9个月后，秀妍不顾自己的安全拼命的执行任务，大家都觉得秀妍现在像个怪物一样在工作。秀妍自己在喝酒，贤宇来陪秀妍，两人聊起了柳建，贤宇问他柳建最后跟他通话的时候没有说什么特别的话吗？秀妍想起来柳建让她打开套娃的话，回到家后打开套娃看到戒指和柳建写着我爱你的字条，泪流满面。在日本秋天，柳建原来被IRIS抢救过来成为了帮助IRIS做事的人，柳建失去了所有的记忆，生活在一户人家里过的很愉快。但是杀完人柳建老是做恶梦。RAY来日本找柳建一起喝酒聊天。IRIS终于给妍华回信。秀妍在柳建妈妈家发现了河在龙留下的日记本。