林一中与宋刚阻止了为周玉林申冤的老百姓与官兵的冲突。《清流报》关注报道午门事件引起慈禧太后的不满，为此，林一中顶撞了慈禧，也让十三格格和林一中发生争吵，林一中认为十三格格不理解自己，十分苦闷，和玛丽在酒馆和闷酒，玛丽想乘机把林一中从十三格格身边夺走。

午门事件使李莲英和七贝勒更加记恨林一中，他们秘密印刷辱骂李莲英和慈禧的小海报来嫁祸林一中，十三格格知道此事，劝说林一中不要再参与政治。林一中、宋刚等人在茶楼议论朝政，被人跟踪遭到伏击，林一中被打中胸口生命垂危。十三格格准备给光绪与皇后结婚照，结果隆裕被照相机吓晕，十三格格只好换率真的珍妃与光绪来拍。

隆裕皇后把珍妃与光绪皇帝的洋装婚纱照交给慈禧太后，慈禧大怒，让李莲英严惩珍妃，危急关头幸得十三格格解救。林一中卷入政治漩涡挨枪的事让十三格格与林一中发生争吵，产生了隔阂。皇上登基执政的日子快到了，李莲英为了支持慈禧继续垂帘听政，怂恿七贝勒游说大臣们在劝进书上签名。七贝勒也劝说十三格格签名，十三格格不同意。

为了躲避朝廷的追杀，林一中建议宋刚男扮女装随洋医生进入颐和园。慈禧腰痛打了几针都不见好，便要求由宋刚假扮的女护士为她按摩，宋刚的按摩使慈禧解除了病痛，慈禧大喜，要将宋刚留在宫中，危难之时老杨带着戏班子进入颐和园利用变戏法将宋刚救出宫。

慈禧得知林一中是太平天国将领的后代，要满门抄斩林家，十三格格为了救林一中，只好违心与林一中解除婚约，与七贝勒结婚。新婚之夜，十三格格出逃去见林一中，七贝勒赶到，发现两人在一起，怒不可遏，发誓要与林一中决一死斗，以男人的方式解决三人之间的感情问题。

决斗场上林一中中枪身亡，十三格格听到枪响从马上跌落，她来到决斗场上看到林一中倒在血泊中，悲痛欲绝。七贝勒见十三格格无法再原谅自己，主动请缨去边关打仗。林一中的死使十三格格万念俱灰，从此隐居不再过问世事，慈禧失去了左膀右臂，大清国危在旦夕。