卓不凡赶到杀了陆二爷。丹丹为了保护秦照被刘瑾的人杀死。上官要秦照去杀掉燕追云。上官和卓不凡再次相逼麦玉阶交出藏宝图，麦玉阶答应等他斋戒熏沐，上告祖先后交给他们。

燕追云偷偷赶到，麦玉阶将藏宝图交给燕追云，希望他能将宝藏取出大济天下，自己则服毒自杀。

上官、卓不凡追杀燕追云、凤儿。上官中了凤儿的埋伏，深受剧毒，被秦照所救。秦照得知上官的身世，劝上官与燕追云相认，不要再助纣为虐。上官在与秦照的相处和不断冲突中，互相了解，也有所改变，开始渐渐认同自己的身世。

小乔屡次劝卓不凡放弃杀戮不果，只有自杀。

上官开始怀疑刘瑾所灌输给他的世界观，不断提出疑问。刘瑾很不高兴，下决心要尽早行动。上官与燕追云相遇，追问自己的身世，燕追云觉得她就是燕无双。在燕追云、凤儿找寻宝藏的路途中，上官屡次要杀他们，但每回都下不了手，她在上官灵灵和燕无双的身份中挣扎徘徊。

江湖上的人士得知燕追云有藏宝图，又大举追杀。燕追云、凤儿看清了他们的丑恶嘴脸，决定赈济灾民后，就退隐江湖。

不断有江湖义士刺杀刘瑾，虽都不成功，但更让刘瑾觉得要及时反叛，更要找机会除掉卓不凡。江湖人士及卓不凡围追燕追云、凤儿。少林寺方丈古生大师将它们藏入少林。

少林为善出头，帮助燕追云。卓不凡把矛头转向少林，逼少林交出燕追云，双方对峙，卓不凡更借东厂力量，强逼少林寺搬到南海，否则火烧少林。

小倩死里逃生后巧遇燕追云，此时凤七要卓不凡交出《七杀经》，而卓则要凤七遵守曾经的承诺。小倩假冒仇万恶要杀尽天下伪善人，遭到燕追云的斥责，燕追云要小倩退隐江湖。 小倩不听，秦照设计抓住了她。

秦照告诉小倩，小倩的生父为朝中兵部大臣金正南，她杀的善人都是曾经与金正南为同事的人。十年前燕家堡被灭时，金正南暴毙，那些同事也纷纷辞官回家。其实这些都是刘瑾清除朝中异己的手段。《七杀经》也是他故意留给仇万恶，以引起天下大乱，方便他筹划叛乱。仇万恶死后，刘瑾便选择小倩假冒仇万恶继续扰乱江湖。

凤七因为承诺过卓不凡，不可能手刃卓，便把与卓不凡决战的任务交给燕追云，并告诉他胜利的诀窍。凤儿坦然告诉燕追云当年凤七也受到利用参与了燕家堡一案，燕追云没有怪罪，两人的情意反而更深了。少林方丈古生大师为了能让燕追云顺利把宝藏交给灾民，要独自抗击卓不凡，燕不从。

燕追云与卓不凡决战，卓不凡被燕追云找到弱点，不敌身亡。小倩发现一个人长的极象仇万恶，但是名叫阎老三。此人心地善良，对小倩十分好。经过相处和了解，小倩发现阎老三就是她的亲生哥哥，当年阎老三为避刘瑾所害，将金姓改为阎姓，其妹也就是小倩后被仇万恶抢走。兄妹相认，不胜唏嘘。小倩当了教书先生，简单的生活令她不亦乐乎。

刘瑾手下抢先夺取宝藏，燕追云等扑了个空。上官灵灵找到刘瑾问清了一系列疑问，确认自己就是燕无双，上官与刘瑾两人最终含泪决裂。

秦照劝上官灵灵勇于面对自己选择正确道路。刘瑾反叛在即，秦照力邀燕追云、凤儿联手对付刘瑾，并安排燕追云与燕无双相认。

皇上得知刘瑾反叛，马上派秦照抓刘瑾，在皇上与刘瑾对峙的紧要关头，皇上的爱宠香梅露出真实身份，她原来是刘瑾安插在皇上身边的耳目。此时香梅持刀挟持皇上，情况危急，幸得秦照出手杀香梅，救得皇上。刘瑾趁乱逃走。

决战开始了，秦照、燕追云、凤儿、燕无双四人杀向刘瑾的老巢。谁知刘瑾武功出神入化，即人均不是对手。凤儿更为保护燕追云惨死在刘瑾手下。好在邪不压正，一番激斗过后，刘瑾死在了无双的剑下。

一切归于平静，皇上此时精神上已受刺激，不愿面对现实，精神恍惚，赶走了秦照。身边的太监钱宁巧语哄骗皇上，得到了皇上的宠爱，新的“刘瑾”又将出现。

燕追云怀着一腔深情自杀殉情随凤儿而去。