1948年4月，共产党西北野战军发起西府战役，围攻西北重镇宝鸡，国民党因此被迫放弃延安。

南京国防部二厅军事技术处处长俞北平正在家中整理仪表，准备去赶去清城的火车见道济银行董事长张瀚民 ，去拿自己女儿徐丹妮放在他处的五线谱谱纸。却不料张瀚民被南京国防部二厅特别调查处处长郑翊查出是共产党潜伏在南京的特务，郑翊当天便带人来到道济银行，见张瀚民不在，便挟持了道济银行的接待员，欲通过她逼问出关于共党的信息。

正在这时，俞北平恰好打电话来道济银行找张瀚民，这让郑翊不由得怀疑俞北平是张瀚民的同党。

接待员在郑翊的监控下，战战兢兢地接完了俞北平的电话。随后，郑翊向她询问俞北平和张瀚民两人交往细节，接待员不欲告知其信息。郑翊见此掏出手刀，残忍地刺穿了接待员的手心。接待员一时间痛不欲生，哀嚎连连。

与此同时，俞北平整理好了仪表要出门，正好遇到了楼下等待着他的岳父，南京国防部二厅副厅长徐文正。俞北平一直在徐文正的授意下，同张瀚民有生意来往，而此时张瀚民被查出是共产党，徐文正便提醒俞北平跟张瀚民及时撇开关系，免得淌入浑水。

而道济银行的接待员在郑翊的严刑逼供下，终于屈服，告诉他们共产党特务相约于今日下午一点在九号公馆见面。  

俞北平在得知张瀚民被查出是共产党后，惊骇不已。他匆匆来到与张瀚民事先约好的咖啡馆里和张瀚民见面，并通知张瀚民他的共党身份已经暴露。原来，俞北平也是共党潜伏在国民党的特务，而张瀚民正是他的联络员。张瀚民告知俞北平同上面新派下来的联络员见面的时间地点，并告诉他要进一步追查代号为“比基尼”的《清城轴心中美联合攻防部署》，而与此事相关的部分资料正在九号公馆的保险柜里。在交代了一切事项后，为了掩护俞北平的身份，张瀚民主动伸手按下扳机，开枪自杀。

郑翊自从怀疑俞北平后，就布置了人手监视俞北平。此时，她正在咖啡馆的车外实时监控着这两人的举动。郑翊一向聪明，她见俞北平开枪打死张瀚民后离开咖啡馆，便猜测俞北平是要去九号公馆，便提前驱车到那处等候他。结果不出她所料，俞北平果然去了那里。

俞北平到底潜伏在国民党国防部二十多年，心理素质过硬。在郑翊咄咄逼人的逼问下，他还是保持着镇定，告诉她他来此处是为取回同张瀚民交易的相关文件，来避免被党纪处分。但张翊并不好糊弄，她为了进一步试探俞北平，提出让他帮忙开公馆里间保险柜的锁。

俞北平只能硬着头皮在郑翊逼迫感甚重的视线中开了锁，但保险柜有共党同志们拼死换来的机密文件，不能暴露于国民党前。俞北平在开锁后，寻机炸毁了保险柜。此举虽保住了新派下来的联络员的性命，但俞北平也因此找不到接头员而断了同共党的联系，他的特务工作陷入死局。

与此同时，处于山东清城的特别调查局派人告知徐文正，清城的美军少校约翰于早上被不明人士枪杀，其所携绝密文件或已泄露，而该文件正好是共党所急需的《清城轴心中美联合攻防部署》。徐文正得知此事后，召开新闻发布会，回应各界对美军少校约翰被枪杀一事的疑问，并透露国民党方怀疑此举为共产党所为。

郑翊独自在屋中思考保险柜被炸毁一事，她怀疑俞北平同此事脱不了关系，便让下属把俞北平的东西都送过来，她在检查物品的过程中发现了打火机。

徐文正找自己副官田昱商谈郑翊怀疑俞北平的动机。俞北平是他的女婿，他万分不希望俞北平和共党有牵扯。之后，他让田皓通知郑翊自己会于六点半在会议室听她汇报。

待郑翊到了会议室后，徐文正质问郑翊为何要抓俞北平，并认为她是因弟弟郑明在捷运行动中牺牲的原因，而失去了冷静判断，提出要放假让她休息。郑翊则有条有理地告诉徐文正自己对俞北平的怀疑。徐文正见她言之凿凿，不由被说动，便决定答应美方提出的要求，让俞北平去调查清城事件，以探俞北平的底。

之后，徐文正打电话给自己女儿，即俞北平的夫人徐咏仪，告知她明日清晨他会派田昱接她去清城。与此同时，他也找了俞北平来自己办公室，质问他之前一点都没注意到张的异常，俞北平的镇定辩驳让徐文正的怀疑有所打消。随后，徐文正交给俞北平关于案件的基本资料，以便他调查。

徐正文的副官田昱告诉俞北平清城防务方案的与会人员共有五人，分别是清城特调局副主任蒋维民，情报处主任程忠义，技术部长张炳坤，行政处秘书舒晓梅以及办公室主任秘书范自强，而约翰少校的行程只有他们五人知道，他们有最大嫌疑。之后，徐文正告知俞北平这次清城查案是对他的考验，俞北平对此自然也是严阵以待。

而清城特调局的主任吴昆才正同程忠义商量对俞北平接风宴的菜色，程忠义则告诉吴昆才美方不肯接见他。吴昆才不欲多谈此事，便用程忠义的终身大事作调侃以转移话题。

与此同时，美军驻清城港口指挥部情报处中尉林莎正在调查约翰案的现场遗留物，随后她告知美军驻清城港口指挥部情报处处长安德烈，在汽车起火前，约翰所携带的文件已经泄密。安德烈要求林莎一定要找出潜伏在清城特务局的共党特务。

正当程忠义同舒晓梅吃饭时，林莎正好找到他。林莎告诉他检测结果，并表示美方已经介入调查。在得知美方介入约翰案后，吴昆才忙派人将蒋维民捉拿以示己方的诚意，同时为了不得罪蒋维民，他将抓捕的蒋维民请到自己办公室后安抚他的情绪。

此时，俞北平正准备同夫人徐咏仪前往清城，在整理物件时，得知郑翊拿走了他的打火机。俞北平知道郑翊是他的潜伏生涯里的威胁，便跑去同郑翊再次解释自己同张瀚民的关系，试图撇清自己嫌疑，但郑翊并不吃这套。俞北平无奈之下只能离开。

俞北平同妻子徐咏仪前往清城，一路上徐咏仪很是担心女儿徐丹妮。而此时，徐丹妮正在休息间等待曹旭东，准备话剧的演出。在徐丹妮焦急等待中，曹旭东赶到，两人匆匆上台表演话剧。哪知在表演途中，一队国军突然闯入剧院要捉拿加入共产党的同时也是约翰案线索之一的曹旭东，徐丹妮见状，忙掩护他离开。最后，曹旭东成功逃脱，而徐丹妮由于包庇曹旭东的原因被国军带回了警备部的审讯室审问。

由于徐丹妮是俞北平的女儿，情况特殊， 清城警备司令部政治部主任陈雪明打电话给吴昆才询问要如何处置，并提醒他可以用此事让俞北平欠他人情。这时，俞北平和其夫人到达清城，吴昆才接他们去为他们准备好的住所。在路上，吴昆才告诉他们两人徐丹妮被抓的消息，俞北平听此便让车开往警备司令部。

徐咏仪见到徐丹妮被拷在审讯椅上的场景揪心不已，俞北平劝徐咏仪冷静下来，并亲自去询问徐丹妮。徐丹妮大骂俞北平是个特务，俞北平闻言怒极，打了徐丹妮一耳光。

随后，俞北平找到陈雪明，并对他软硬兼施，要求他放了自己女儿。陈雪明迫于压力，只能放了徐丹妮。

而另一方，郑翊得知俞北平已经到达清城后，要求下属抓紧时间伪造《攻防部署》准备带到清城，来探俞北平的底。 同时，郑翊还打电话给吴昆才，要求他全天监控俞北平，而俞北平见吴昆才打了很久的电话，不由得起了疑心。这时，警备司令部正好派人送徐丹妮到俞北平住所……

郑翊驱车赶往清城调查俞北平，徐文正在窗口目送她离开。随后，他跟田昱商讨约翰案一事，并表明党国目前的首要之事便是让比基尼计划顺利进行。

此时，在俞北平的清城住所里，徐咏仪让徐丹妮向吴昆才等人道谢，但徐丹妮却是一副毫不在乎的模样，惹得徐咏仪很是生气。随后，俞北平送吴昆才等人离去。在回去的路上，吴昆才显得忧心忡忡，郑翊让吴昆才对俞北平实施一级监控一事让他大为苦恼。

与此同时，在俞北平处所，徐咏仪借口去泡茶，留下俞北平同徐丹妮单独相处。俞北平借此机会劝诫徐丹妮做人要懂得灵活变通，并诚恳地向她道歉。徐丹妮经过俞北平的劝说，似乎有所感悟。

吴昆才为完成郑翊交给他的任务，便找来清城调查局行动队队长张凯一同谋划为俞北平及其家人举办接风宴的事，并趁他们离开住所之际，在其住所装上窃听器，以便监控其动静。

俞北平到美方同安德烈会面。为了能更好地查明约翰案，安德烈向俞北平介绍联络员林莎。 林莎交给俞北平他们在现场找到的线索，并表示会协助他找出共党特务。

由于之前俞北平表示拒绝参加接风宴，吴昆才在办公室内正愁怎么说动俞北平参加接风宴， 张凯便议先把俞北平的家人请来，如此，俞北平便不得不来。吴昆才考虑一番后，采纳了这个建议。 这时，俞北平正好到吴昆才办公室，来查看特调局那五个人的档案，张凯见此便先行离开。与此同时，张炳坤正在上厕所的途中突然在洗漱台后发现了监控线路。

程忠义同林莎分析案情的详细情况，表明特调局五人并无嫌疑，但林莎表示约翰少校行踪只有特调局他们无人知晓，并表明自己定会查明真相。

俞北平在吴昆才盛情邀请下，只能赴了接风宴。在接风宴期间，特调局的各位高层都纷纷拍俞北平马屁，而张凯则趁机带人潜入俞北平住所，让人装上监听设备。事情本如同吴昆才等人预想般进行得很顺利，怎料张凯却因马虎将装监听设备的工具落在了俞北平住所，从而让俞北平察觉到了不对劲。

俞北平回家后，蒋维民打电话来，告知俞北平约翰案一事是个针对局内高层的阴谋，并透露他同其他四人的住处都被一级监控。吴昆才通过监听的这通电话，觉得近期这些事都是上层间彼此的内斗所致，感慨之余不由得为往后的日子担忧。

郑翊到清城后，暗中把吴昆才叫来，跟他交代监控俞北平的事。吴昆才虽觉得从俞北平身份上来说此举不妥，但在郑翊的压力下不得不答应，随后他从郑翊处拿到了俞北平疑似共党的线索。商谈间，吴昆才表面上看似同意了郑翊的观点，但心底还是认为是高层间的内斗。

次日，俞北平同吴昆才、张凯三人同林莎召开关于约翰案的案情分析会，从金湖会馆匆匆赶来的张凯无意间提到了蒋维民这几日行为反常，林莎因此对蒋维民起了怀疑。在众人调查了蒋维民这几个月的通话记录后，发觉他居然偷偷替换了自己的通话录音，并且发觉蒋维民在约翰少校出事时，同他一名叫赵冰冰的情人有所联系。

俞北平等人随后找到蒋维民，并一同审问他。在审问过程中，蒋维民忙解释自己是由于家庭状况缺钱，所以压下了日军留在仓库里的四十多桶石油，想通过倒卖石油赚钱。而赵冰冰那日打电话来为的也就是此事，自己是由于心虚才将通话录音换掉。

在审问蒋维民结束后，俞北平等人又到舞厅找赵冰冰调查。林莎通过询问舞厅的老鸨发现舞女赵冰冰从前天便失去了踪影，随后，她从老鸨处得到了赵冰冰那天的通话记录，而俞北平等人通过搜查舞厅的后台以及赵冰冰的住所，发现了异样。

搜查结束后，众人在会议室碰面，通过分析从老鸨处得到的那份通话记录，他们发现赵冰冰和蒋维民的嫌疑很大。

吴昆才忙跑去报告郑翊，郑翊匆匆赶去查看证据。而此事对于俞北平来说，却没那么简单。俞北平已同组织断了联系，如果蒋维民是共党，那么他将是自己同组织搭上联系的唯一希望，若不是，那么这会让自己陷入万劫不复之地。在纠结下，俞北平还是选择了帮助蒋维民，他赶到放置证据房间，打开了水闸，意图将证据毁掉。却不料郑翊及时赶到看到了证据，这让郑翊对俞北平的怀疑更甚。

俞北平回住所后，费尽心力掩盖组织联系所需的梅花印记，并决定试图跟

蒋维民取得联系。这时，俞北平突然发现住处有异动，忙下去查看，却发现原来是自己女儿徐丹妮把受到枪击的同学曹旭东带回住所的地下室治疗。徐丹妮苦苦恳求俞北平将曹旭东留下，俞北平断然拒绝。而与此同时，两人的对话正好被吴昆才等人监听到……

原来是张凯等人故意让徐丹妮将曹旭东带回家中，想以此来试探俞北平。而吴昆才深知俞北平城府极深，若因此事同俞北平结仇，得不偿失。但当他赶到监听室时，此事已无力阻止。

徐丹妮在同俞北平争执中以死相逼，惹得俞北平大怒，他一言道出此事极有可能是他人对他下的套，监听室几人闻言面面相觑，而吴昆才对几个同僚们更是恨铁不成钢。而郑翊得知此事后，也是大动肝火，她想要的是能证明俞北平确是共党的证据，而不是这些小打小闹。随后，她让吴昆才通知特调局不得介入此事。

俞北平最后还是在徐丹妮威逼利诱下，把曹旭东放走，但这个结果已激不起任何波澜。

之后，俞北平一家人去饭馆为徐丹妮庆祝十八岁生日，在吃饭间，俞北平夫妻苦口婆心，劝徐丹妮好好去国外读书，但徐丹妮不以为然。这时，郑翊带着吴昆才来到徐丹妮的生日宴。

在众人一番寒暄后，郑翊约俞北平独自到了阳台上，告诉张瀚民事件中还另有一位接头人，来试探俞北平的反应，而俞北平面对试探应对自如，不为所动。待回到生日宴后，俞北平当着众人的面揭露出吴昆才用曹旭东来试探他是否为共党，吴昆才面对俞北平一个接一个的逼问，一时间不知如何反应，郑翊见此忙插话救场。

回家后，徐咏仪从俞北平处得知别人在自己住所安插了窃听器后，担忧不已，后在俞北平的安慰下，心情平复了不少。而另一边郑翊和吴昆才在回家的途中，吴昆才向郑翊询问俞北平已经锁定了蒋维民，但为何她还是不相信他，而郑翊却道锁定蒋维民只能算是一个开始，之后还要看俞北平如何查清约翰案，以及他面对自己带来的伪攻防部署的反应。

第二日，徐咏仪因工作之事要离开清城，在吃早餐间，便提出让徐丹妮搬回家，并让俞北平和徐丹妮多多相处。这时，吴昆才来到俞北平府上来为装监听设备之事道歉并解释，在经过一番交谈后，双方达成共识和解。

在送走徐咏仪后，俞北平来到办公室，为了掩护蒋维民的身份，他让下属将从赵冰冰房间里的首饰带上来搜查，想找到梅花印记并隐瞒。这时，林莎到办公室，告知俞北平经她探查，约翰案事发时间应早于本已确定的时间。而俞北平明白自己已走入一条死路，蒋维民可能是国党高层内部早已确定的共党内线，此举是为了考验他，只要他走错一步，便是万劫不复。

俞北平考虑后，命人将蒋维民抓了起来，严打审问。在审问间，蒋维民在严刑下死不松口。这时，郑翊来到审讯室，她一眼瞥见俞北平身上梅花型的领带夹，便要让俞北平拿下来做检查，好在俞北平已提前换成普通的领带夹，郑翊一试不成，气极离开……

俞北平为修复同徐丹妮的父女关系可谓尽心尽力。徐丹妮学校要举行合唱比赛，徐丹妮作为音乐系学生被选为伴奏者。俞北平便在学校排练期间，看徐丹妮练琴。随后，两人一起看电影，俞北平买了徐丹妮小时候最爱吃的牛轧糖。待两人回家后，俞北平再次耐心劝徐丹妮远离社会斗争，静心提升自己，徐丹妮乖乖点头。

深夜，蒋维民所处的羁押室突然来了位不速之客。他用布条将熟睡的蒋维民勒至窒息，并在将巡夜的士兵暗杀后逃走。由于逃走得匆忙，他遗留下了一颗纽扣。

次日，众人得知蒋维民被人刺杀后大惊，但好在蒋维民命大，仍留有一口气。俞北平为此召开会议，在会议上，众人深入分析了现场遗留的线索。与此同时，徐丹妮正在学校上音乐课。她在上课间拿出了一封情书，心甜之余还执笔回信。下课后，曹旭东的女友因为找不到曹旭东而惊慌失措，忙跑来询问徐丹妮关于曹旭东的下落，在徐丹妮的一番安慰后，她总算平息了慌乱。

南京对清城下达指令，命郑翊作为此案的督察，俞北平协助调查。与此同时，美方也对此案施加压力，若十日内侦破不了此案，便要将此案全权接手。两方的压力下，俞北平生存艰难。

之后，俞北平和特调局高层召开会议以商谈蒋维民被杀一事，商谈间，众人得知在凶杀现场所找到的那枚纽扣为俞北平所有，一时间皆目瞪口呆。这时，行动队副队长孙德利带人严密搜查金湖会馆，而郑翊正好来到上面为她安排的办公室，孙德利忙出去迎接，并一路殷勤。

林莎带人搜查特调局几个嫌疑人房间时，她的属下在程忠义房间里发现了她与程忠义的大学合照。原来林莎同程忠义曾是恋人关系，林莎见此只能尴尬离开房间，而程忠义紧跟其后。在外面的院子里，程忠义告诉林莎他觉得约翰案是一个局。

另一边，会议上，众人思考之后，都觉得对俞北平的栽赃陷害。会议结束后，吴昆才在回去的路上，同张凯深谈郑翊此人的不简单，一时间唉声叹气。而张凯却在此时突然告诉吴昆才，蒋维民是他杀的，吴昆才闻言惊怒交加，怒不可遏。

随后，张凯交代了他的动机。原来俞北平在那天并没有放走曹旭东，而是通知姜平把曹旭东带走。曹旭东知道张凯和赵冰冰有联系，此事一旦被他人知晓，对张凯有很大麻烦，因此张凯趁无人之际将曹旭东杀害，并在勒死蒋维民后，故意留下纽扣来陷害俞北平。吴昆才却觉得此举愚蠢，并警告他以后不能再擅自行动。

郑翊去见俞北平。两人都城府极深，围绕着约翰案相互试探，暗地里皆是刀光剑影……