袁彬为了保住姽婳性命，将她带到云居寺疗伤。在寺院里，真正的仇公出现，仇公告诉袁彬，十二兵符可以召唤出十二个军团，这些军团一旦被召唤出来，便会帮铲除逆贼，季门达错以为拥有十二兵符可以号令天下。幕后主使还没有露出一点儿马脚，所以他们既要除掉季门达，又不能打草惊蛇。仇公把除掉季门达这件事交给袁彬去办，只要事情办成，锦衣卫指挥使的位子就属于袁彬。 袁彬是通缉要犯，光明正大的露面非常危险。袁彬和姽婳再次找到崔古生，在崔古生的帮助下，袁彬换了一副新容貌，但崔古生告诉袁彬，这副容貌只能维持三天。 袁彬与姽婳依依惜别后，换上锦衣卫的飞鱼服，拿起绣春刀，重新回去，寻找机会接近季门达。

王爷得知季门达已找到七道兵符，命季门达带着兵符前去王府，季门达暗藏私心，决定乘此机会除掉王爷。仇公想借此来一出“螳螂捕蝉黄雀在后”，命袁彬和自己的手下范良臣去除掉季门达。袁彬走后，姽婳十分担心，独自去他。 夜里范良臣听见异动，外出查看，被一蒙面人杀死。 袁彬得知叶知秋与矮虎都是被门季达折磨惨死，袁彬心中悲恸欲绝，与季门达大打出手，最终杀死了门达。未等袁彬喘息，蒙面人冲出要刺杀袁彬，原来蒙面人的真实身份是唐氏一门的后人——唐三。多年前唐悲风因为制作兵符，惨遭灭门。唐三是唐悲风的后人，所以他致力寻找兵符，借此报仇，此时袁彬精疲力尽不敌对手，最后关头，姽婳出现，救了袁彬。

袁彬除掉季门达有功，被擢升为锦衣卫指挥使，姽婳则成为袁彬手下。 十二枚兵符已寻回十一枚，锦衣卫被催促要找到最后一枚。与此同时，仇公奉命调查的十二军团的事也已有眉目，在云来客栈等候召见。没想到，一群黑衣人趁夜色杀进客栈，将仇公杀害。 袁彬与姽婳赶来接仇公，却只发现一个孩子，名叫吴言。袁彬此时得知仇公与自己都是奉命调查十二兵符，这股暗中出现的势力，其用心昭然若揭，既然仇公已死，调查暗中势力与十二军团的事只能落到袁彬身上，限期三天。 袁彬与姽婳来到锦衣卫中记录着所有杀手情况的密室，终于得知杀手名为孤云。

袁彬怀疑锦衣卫内部出现奸细。随后袁彬接到密信 提醒他申时至城南宏泰染坊便知真相。 袁彬赶到相约之地，见到一位神秘人，双方达成协议，只要袁彬拿到特赦令，神秘人便将真相说出。袁彬手持特赦令再赶回染坊，神秘人却已成一具尸体。 太监总管李公公暗访袁彬，告知此人是一位名叫朱柳岸的流放犯，在职时曾弹劾过仇公，建议袁彬可从朱府查起。袁彬赶到朱府，发现一封密信，内容直指李公公为幕后主使。李公公入狱，在袁彬提问时又提出案件诸多疑点，证明自己的清白。

李公公在牢中离奇死亡，袁彬在李公公手中发现写有“臣以死谢罪，最后一块兵符藏在御贡香炉中”的布条，并将其上报。御贡香炉乃海珠国与大明的交好之物，袁彬将炉中兵符呈上，就在召唤十二军团时，炉中那枚兵符自燃，袁彬惊恐万分自认办事不力。 锦衣卫褚万向袁彬坦白，心中怀疑锦衣卫内的叛徒正是姽婳。袁彬叫来姽婳，姽婳对此做出解释，而袁彬也表示自己信任姽婳。姽婳被袁彬的一腔真心所打动，却遇到前来提醒姽婳要完成任务的孤云。姽婳十分矛盾。

真正的幕后主使现身，竟然是仇公！原来仇公只是诈死，为的就是得到兵符！并且他是姽婳的父亲，一直暗中让姽婳破坏袁彬的计划， 姽婳劝告仇公不要一错再错，但仇公心中只有集齐兵符，见姽婳仍执迷不悟，将姽婳重伤。袁彬及时赶来，将重伤的姽婳救下。姽婳向袁彬悔过，最终得到谅解。 十二枚兵符集齐，兵团随召而来。原来仇公也是军团中的一支，他背信弃义，违背契约，妄想得到至高无上的权利，走上歧途。仇公与袁彬带领下的军团展开激烈厮杀，袁彬与其余十一只军团合力战胜仇公，还百姓和平天下。