一年前的一个深夜，缪庄慌张地回到宿舍，他告诉沈慈自己看见了院长陈在后山的秘密活动。陈院长手提灯笼，而后山上的船只上站着的鬼影，他们的灯笼在夜色中一同亮起，上面还有着水波纹的图案。缪庄的惊恐不安，以及他随后的离奇死亡，让沈慈感到事情远比想象中的复杂和危险。
沈慈的好奇心驱使他秘密请来仵作验尸，却发现缪庄的尸体已被陈院长声称因瘟疫而焚烧。沈慈与陈院长的冲突，以及随后陈赋等人的折磨，让他深陷困境。潘樾的推测，将后山与水波纹组织的秘密联系起来，缪庄的死似乎与他无意中发现的秘密有关。
潘樾和杨采薇的再次探访后山，发现了隐藏的洞口和水声，以及那些可能与水波纹组织有关的物品。他们的发现，却也让他们成为了陈院长的目标。在山林中的追逐和战斗，潘樾被幻暝虫咬伤，杨采薇的急救，以及二人不幸坠崖的经历，都让这段冒险充满了紧张和刺激。
在经历了生死与重生后，潘樾和杨采薇之间的感情更加深厚。而白小笙和卓澜江的故事，也在这段历险中逐渐展开。卓澜江对父亲的发现，以及他对自己身份的认知的转变，让他的人生轨迹发生了根本的改变。
杨采薇为潘樾治疗眼疾的过程中，两人的关系经历了考验。潘樾的童年阴影，以及他们之间的误会和解释，都让这段情感更加丰富和真实。潘樾的眼疾最终得到治愈，不仅是对他们爱情的胜利，也是对他们勇气和坚持的证明。
在这个故事中，每个人物都有着自己的秘密和挑战。从沈慈的好奇和勇敢，到潘樾和杨采薇之间坚定的爱情，再到卓澜江对自我认知的探索，这些故事线交织在一起，构成了一个关于爱、勇气和牺牲的复杂画卷。
随着潘樾召集人手查抄新郑书院，陈院长的逃亡，这个故事也迎来了一个暂时的结局。但每个角色的命运和这个世界的秘密，仍然留给观众无限的想象空间。这不仅是一个关于个人成长和爱情的故事，也是一个关于权力、背召和抗争的故事，每一个细节都充满了深意。
这个故事通过沈慈的日记作为窗口，让我们窥见了一个充满神秘、冒险和爱情的世界。每个角色都有着自己的故事，他们的选择和牺牲，构成了这个故事的核心。在这个过程中，勇气、爱情和友谊的力量被无限放大，展现了人性中最美好和最复杂的一面。