长平愿意接受一剑，从此了断父女情缘。崇祯一剑砍下，陈圆圆忙拉开长平，长平的一只臂膀断了。现在，在一片炮火声中，朱明皇朝把一个皇妃、一个太子和一个公主交给陈圆圆了。崇祯回头去与张嫣分别。张嫣让崇祯替她画眉，两人生死分别，约定九泉相见。崇祯似痴似疯，仰望星空，诉说冤屈与迷茫，始终不承认自己是亡国之君。陈圆圆赶来，万种心思，都付予天上流星。崇祯给陈圆圆留下一份血写的遗诏，让吴三桂复明。义军杀入承天门，闯王下令保护皇城，不得虐待宫中之人。第二天，陈圆圆带着长平、太子及袁妃要离开宫中，已被权将军刘宗敏注意上了。袁妃突然不走了，被刘宗敏收留。陈圆圆在河岸送走了太子慈烺，嘱咐他忘了自己的皇子身份，做个普通人。回到城内，她瞧见了李自成率部队入京，深受京都百姓的欢迎。而崇祯，却自缢在煤山的一棵歪脖子树上。 李自成一箭未中“承天门”的“天”字，心情不悦。丞相牛金星谄媚，说一箭中“天”之下，大王乃天子也。吴三桂率的关宁铁骑到达丰润，知京都己陷，悔痛不已，强令前进，马头被属下方光琛拦住。方光琛陈说利害，吴三桂回师山海关。李自成要安葬崇祯，令遍寻皇子、公主同祭。吴府的姨太太们逼吴襄让来吴府避难的陈圆圆和长平公主离开，陈圆圆苦求拖延时日，到长平伤愈后一定走。李自成召文武大臣议事，李岩禀报刘宗敏占了皇妃。实际上，刘宗敏对袁妃百般照顾，妃也与刘宗敏好上了。刘宗敏知道陈圆圆的下落，他要把陈圆圆留给李自成，于是到吴府要人，逼吴襄交出陈圆圆。吴府上下，在刘宗敏的追问下，异口同声，不认陈圆圆为吴家媳妇，这激怒了陈圆圆。

陈圆圆要吴府答应，安全送走长平公主，那她可以保全吴府上下人的性命。不然，如果她做了李自成的皇妃，你们别想有好日子过。这样，陈圆圆又进入紫禁城。李自成从原乾清宫太监口中探知陈圆圆的情况，一见惊艳，但不急，封她依旧为御前中书女舍人。李岩再度启奏李自成，让刘宗敏放弃袁妃。李自成百般护着刘宗敏。袁妃见了陈圆圆，要她嫁李自成，可以当正宫娘娘。陈圆圆明确告诉袁妃，她还是吴三桂的人。长平伤愈，吴襄把她送出京城，但万万没有想到，她竟然赶到思陵，参加了李自成为崇祯举行的葬礼。这不得不使陈圆圆好不担心。 长平公主和陈圆圆与袁妃一同居住紫竹宫。公主恨不得一剑刺死失节的袁妃。义军有士兵嫖娼。李自成不但不加罪，反用赐银了结。李自成深深感受到男人没有女人的痛苦，分散宫女，配给有功将士。但是，义军在京都从丞相到士兵，开始霸占、污辱官宅及民间的女子了。长平公主即代替陈圆圆潜入乾清宫西暖阁愿意伺寝，被李自成痛斥。长平乘机一刀刺伤了李自成。李自成大怒，命刘宗敏立即绞杀长平。

李自成亲自找吴襄，让吴襄给儿子吴三桂下书劝降。吴三桂接受父亲手书，与将军们分析局势，决定有条件投降。 一群酒醉的丞相府亲兵闯入了吴府，见老吴襄一人娶十三个姨太太，忿忿不平，遂强暴了她们。吴襄不甘屈辱，自刎明志，遗嘱吴三桂举兵入京，以报国恨家仇。十三姨太在仆人小三子的帮助下，逃离了京城，在途中，遇到了吴三桂命其来京秘密接走陈圆圆的郭云龙将军。这祸闯大了。在北京，李岩逮住了这帮肇事的士兵。李自成震惊了。又闻有将士到处掠夺财物，不得不严肃义军纪律，命刘宗敏将所有肇事的士兵押至西市口问斩，以平息京都愤怒的百姓民心。

但刘宗敏碍于兄弟们的情谊，听信了袁妃的“偷梁换柱”之计，从前明狱中押出囚犯代替肇事的士兵问斩，又被京都百姓识破。义军入京后的威望大跌。在山海关，吴三桂听了十三姨太叙说的家门不幸的消息，怒不可歇，封闭城门，逮捕、剿灭大顺来招降的钦差及一万将士，并与大清国摄政王多尔衮取得联系，欲借兵直攻北京。雄才大略的多尔衮明白入主中原，统一中国的机会到了，赶回盛京沈阳，部署兵力。多尔衮心爱着庄太后，明知这大清国的皇帝自己当得，但为了爱，他愿意为庄太后的六岁的福临作出牺牲。庄太后深深感动，与多尔衮相拥相吻，被福临窥见，竟丢了皇冠。李自成知事严重，放陈圆圆去山海关平歇风波。陈圆圆答应劝说吴三桂来降，以避开战争的灾难。但车马未动，军报已至。李自成得悉吴三桂消灭了去招降的将士，决定踏平山海关。李自成与陈圆圆赌的第三局棋用战争的方式开局了。 在一片石的地方，双方展开了激烈的战斗。陈圆圆随军来到战争的边缘，李自成要她亲眼看到他的数十万义军一举打败吴三桂。不料，入京还没有一个月，义军将士已没有原来的勇猛了。京都豪华地，已磨灭了他们的锐气。加上清军铁骑夹攻，义军大败，匆匆逃回北京。刘宗敏押着陈圆圆断后，入得永平城，固守以保义军安全撤退。吴三桂率兵包围永平城。刘宗敏把陈圆圆押上城楼，阻止关宁军队的炮火攻击。夫妻俩竟这样见面重逢。吴三桂下令停止炮击；陈圆圆热泪盈眶。刘宗敏押着陈圆圆从从容容地撤出永平，回到北京。

牛金星避开李自成，下令绞死了两个皇子，并要砍下陈圆圆的头颅，送予吴三桂，幸得李自成及时赶到，放了陈圆圆。李自成遵守男人的承诺。这第三局棋，他输了，就应当把陈圆圆还给吴三桂。李自成匆忙登基，大军撤回西京。袁妃被刘宗敏的亲兵送陕北老家去了。陈圆圆拾得李自成丢弃的原来他戴的毡帽，与李自成在承天门旁话别。李自成告诉陈圆圆，李自成走了；陈圆圆扬起毡帽，毡帽在风中朝着李自成的马影飞去。 多尔衮率领清兵进入紫禁城，大模大样坐上龙椅，显示了问鼎皇位的野心。长平公主慌乱躲藏，差点被清兵发现，陈圆圆挺身而出，救了公主，自己投河自尽，却被多尔衮所救。 吴三桂进军北京，途中得到多尔衮命令，让他追击李自成，吴三桂犹豫不决。公主逃出京城，来找吴三桂，先与吴三桂的部下方光琛相遇，后又通过方光琛见到吴三桂，告诉他陈圆圆自杀的噩耗。吴三桂痛不欲生。

多尔衮对陈圆圆一见钟情，找来御医救醒陈圆圆，让她在王府疗养，又令婢女苏玛服侍她。陈圆圆不肯透露自己的真实身份，与多尔衮发生冲突，让多尔衮非常恼火。他决心不顾一切得到陈圆圆，陈圆圆也明白自己的处境，偷了苏玛的剪刀，准备在多尔衮逼迫她的时候一死了之。 范文程怀疑多尔衮偷藏在王府里的女人就是陈圆圆，来向多尔衮打探消息，多尔衮矢口否认，心里对陈圆圆的身份也猜到几分。他向陈圆圆表达爱意，又硬逼她就范，陈圆圆软硬不吃。