赵雅琴和中村历经艰难回到招待所，正巧碰上了林玉仙，三人一进房间却发现解放军早已守候在那里，三人被软禁起来。

全市范围内的搜捕行动正式展开，目标直指燕双鹰。燕双鹰准备从水路到重庆，正要上船却发现解放军前来搜查，只得作罢。关键时刻，最危险的地方反倒是最安全的，燕双鹰没有去被解放军严密关注的小旅店，而是用假名住进了宜宾最豪华的宾馆。

就在燕双鹰为如何到达重庆烦恼时，他突然想起了莎莉，一个计划浮现脑中。燕双鹰给莎莉打了电话，希望她能提供一条船，理由是要去拯救重庆的百姓，莎莉无法相信，只能一番搪塞。在燕双鹰之后，还有一个可怕的男人给她打了恐吓电话，莎莉心乱如麻。

被囚禁的赵雅琴三人推测出事情有了变故，他们决定逃出军管会的控制，前往重庆帮助燕双鹰。逃跑计划的实施过程中，看守的战士竟然主动放行，原来负责人正是班长赵铁钢，他相信燕双鹰的清白。王主任发现了燕双鹰的踪迹，追捕立刻展开。

燕双鹰不愧是一位老道的特工，他提前与斜对面的客人交换了房间，在宾馆与昔日的战友展开一番混战。军管会安排了大量人手和密集的封锁线，燕双鹰屡次遇险，然而凭借着智慧和身手，他逐一攻破，成功离开旅馆。吴玉霞在燕双鹰房间内发现了莎莉的名片，她意识到他的下一步计划一定与这个女人有关，吴玉霞联系不上莎莉，情急之下夺门而出。燕双鹰果然去了莎莉的住所，他再次请求莎莉为他提供一艘船，然而娇蛮天真的大小姐无法理解他的用意。

与此同时，莎莉的佣人和男友庞子坤遭遇暴徒的袭击，为首的竟是黑狼！这伙杀手悄无声息地上了二楼，直奔莎莉房间。与燕双鹰陷入僵局的莎莉接到了吴玉霞的电话，她佯装对方是朋友，却骗不了燕双鹰的耳朵。燕双鹰举起手枪，莎莉吓得魂飞魄散，结果他瞄准的是房间外的杀手。

燕双鹰带着莎莉来到大厅，遭遇了黑狼的伏击，幸而燕双鹰早有准备，上演一出狸猫换太子的好戏，占了上风。原来给打恐吓电话给莎莉的正是黑狼，莎莉的父亲是重庆有头有脸的人物，而且与共产党的关系不同寻常。敌特正是看中了这一点，派黑狼杀死莎莉而后嫁祸给燕双鹰，让共产党更加决绝地追捕他。黑狼万万没有想到，燕双鹰正是为了引蛇出洞，才亲自来找莎莉并定下狸猫换太子之计，他终于见识到了燕双鹰的可怕之处。

为了尽快到达重庆，也为了保护莎莉，燕双鹰带着她迅速撤退。吴玉霞一行人赶到，发现公馆的惨状后大惊失色。死亡的杀手身上的美式装备、庞子坤指证的黑衣人留下的烟头并不是燕双鹰常抽的老刀牌、以及莎莉接到的两个奇怪电话让吴玉霞感到事有蹊跷，她意识到在燕双鹰之外还存在神秘的第三人。

娇生惯养的莎莉几近崩溃，燕双鹰承诺只要她能提供一条船，就不再缠着她。莎莉同意将凰山老屋的船给他，两人于是朝凰山而去。吴玉霞也从庞子坤处打探到了凰山有船的消息，率部队急行跟进。赵雅琴三人正欲上重庆，却从赵铁钢那里得到吴玉霞将在凰山追捕燕双鹰的消息，三人立刻放弃登船，奔赴凰山。

去凰山的路上，莎莉绞尽脑汁想要逃跑，她哪里是燕双鹰的对手，后者不费吹灰之力便制服了她。莎莉偷偷丢下的佩花指引了急行部队，他们在前方不远处的山道上发现了燕双鹰与莎莉的行踪。燕双鹰占据高处，吴玉霞等人难以招架，只得静候时机，哪知燕双鹰早就带着昏迷的莎利金蝉脱壳。吴玉霞和战士们无一人受伤，众人对于燕双鹰的手下留情感到诧异。

队伍在狙击点北面找到莎莉的外套，于是继续朝北急行，谁料再未发现两人的踪迹，吴玉霞察看地图后才猛然意识到又掉进了燕双鹰的圈套。

莎莉醒来发现自己坐在燕双鹰驾驶的卡车上，她与燕双鹰争论法律问题，却因为太过理想和空洞被燕双鹰质问得无话可说。雅琴、玉仙和中村经过重重关卡，终于来到了凰山别墅。三人无意中见到了惊人的一幕，王主任与一个酷似燕双鹰的男子见面了，而且从谈话的内容可以看出，王主任便是内奸！三人立刻行动起来，雅琴用炸药拖延敌人，玉仙与中村则去启动船只。

江边一片混战时，燕双鹰赶到老屋，他发现战友已被内奸所杀，心中悲愤不已。此时的雅琴和中村已经抵挡不住敌人的攻势，玉仙还在拼命寻找船钥匙……激战中，中村受伤，雅琴三人的性命堪忧，幸而燕双鹰及时赶到，在敌人的后围发动了猛烈袭击。

林玉仙终于找到了钥匙启动了快船，船并没有开得太远，因为他们还要等待燕双鹰。燕双鹰将敌人引至老屋，他吃惊地发现莎莉并没有按照他的嘱咐离开此地。

燕双鹰与王主任一众敌特展开厮杀，王主任被他击中。阴险毒辣的黑狼突然出现，劫莎莉为人质。燕双鹰佯装莎莉对他毫无用处，给黑狼施加压力，黑狼只好提出两人各留一颗子弹进行决斗。黑狼使诈，却敌不过燕双鹰的神机妙算，被后者击中，然而燕双鹰也负了伤，偷袭他的是未死的王主任。燕双鹰追问王主任阴谋内幕，王主任告诉他另一个内奸是吴玉霞。

正在此时，吴玉霞率部队赶到。当着吴玉霞的面，燕双鹰击毙了王主任，吴玉霞正欲枪毙燕双鹰，莎莉挺身而出保护了燕双鹰并告诉她内奸是王主任。吴玉霞最终放走了燕双鹰，并对别墅内的凶杀现场进行了详细的检查和分析，最终得出的结论：内奸确实是王主任。莎莉带着燕双鹰来到码头时，却发现船已开走，原来是黑狼将雅琴三人劫持。

莎莉只得找到另一条船，身负重伤的燕双鹰命悬一线……莎莉找来医生到船上为燕双鹰疗伤，来者不是别人，正是红星医院的孙医生。

在没有麻药和手术刀的情况下，燕双鹰凭着惊人的毅力要求进行手术，孙医生用燕双鹰的刀顺利取出子弹，燕双鹰的性命得以保住。几天的朝夕相处以及生死经历，使得莎莉对燕双鹰的感情慢慢起了变化，然而燕双鹰仍然与其保持距离。

军管会召开会议，各位领导反省了自己的工作，吴玉霞提出当下的四项工作，一是取消对燕双鹰的通缉，二是追查王主任身份，三是抚恤死去战士的家属，四是将赵铁钢调入风雷小组。

此时的老板与其下属秘密藏身于歌乐山被废弃的防空洞里，这里不仅有他们的特务老巢，还有一间病毒实验室，佐藤等731部队的日本研究员正在此处研发并制造新型病毒，它比二号病毒更易传播和扩散。

黑狼带着雅琴三人回到基地，没有处理掉燕双鹰的他令老板非常失望。老板要求赵雅琴按照他们的要求制造炸弹，赵雅琴和林玉仙正义直言，宁死不屈，老板下令枪毙两人……