小宝等胁持三桂直至众人安全离开云南，九难亦守诺言，暂时放过三桂及自成。圆圆追随三桂回云南，但
阿珂因自己复杂的身世，以及伤心一直被师傅所利用，痛恨众人，决一走了之，九难亦为此而深表懊悔。 小宝回宫向康熙汇报三桂造反之部署，但原来康熙早有准备，更向他展示「神武大炮」威力，又要他带兵先攻神龙岛试炮，小宝大感惆怅。小宝接受多隆提议，挑选出擅长水战的福建水师提督负责带兵。
龙儿知道小宝要攻打神龙岛，即向他大兴问罪之师，小宝乘机游说她说服教主归附朝廷免受大炮炮轰，更指可振兴神龙教，龙儿将信将疑。 水师提督要求速战速决，小宝因龙儿迟迟未返，处于两难之间。小宝被教主所捉，双儿大急，决独前往总坛营救。小宝在大牢中见龙儿时，她已变成为废人，幸仍有内力传与小宝，二人始能脱困。龙儿又教小宝教主独门武功「穿心指」，小宝运用此招令神龙教众以为教主发狂，众人争相回避之际，神龙岛被轰，双儿上前救小宝及龙儿，三人乘乱逃走至教派之墓冢，小宝按壁上指示诚心向墓碑叩拜。