温荣玉欲侮辱吕四娘，被赶到的方世玉制止。白泰官拉卓灵和大宏一起劫狱，经三德帮助，方世玉等人杀出重围，方世玉和四娘决定畅游后隐居，途中二人看到，若方世玉捉不到吕四娘，南北少林将遭血洗的圣旨。吕四娘决定上京由乾隆处置，两人怀着沉重心情再度上路。鄂必隆劝乾隆放过吕四娘，并言雍正之死未必与吕四娘有关，乾隆表示圣谕不可变。

卓灵和赵大宏一路追来找方世玉和吕四娘，三德去见玄真大师告诉他，方世玉和吕四娘已经去云游四海，并说三十六房住持之位绝对不能让云明担任，其实云明是日本派到中国寻找宝藏的内应。方世玉和吕四娘去京城途中遭日本人暗算，方世玉重伤。日本的宫本被杀，云明的随从去通知这一消息被玄真大师看到，云明假装与来者动手试图骗过玄真。白太官为吕四娘答应与云明合作抓方世玉。卓灵和赵大宏见到方世玉和吕四娘，卓灵想把方世玉背上的藏宝图描下来，方世玉想借他们之手将藏宝图传出去。

吕四娘在方世玉的饭中下迷药自己去京城，赴京城途中，云明和白泰官捉到她想逼方世玉出现，曹太虚出现迎救，厮杀之际，寻找吕四娘的方世玉出现，此时乾隆带兵前来，云明、白泰官逃跑，吕四娘和方世玉自知难逃，要求释放太虚。乾隆将二人带回宫中审问，曹太虚闯入说不能杀吕四娘，因为她是雍正的女儿、乾隆的皇妹。他与鄂必隆一起拿出雍正当年留给吕四娘的玉佩，及藏于木鞘内雍正亲笔书写的吕四娘的年生八字为证，乾隆呆立。但他因认为雍正为吕四娘所杀，仍要将其杀死，吕四娘冷言当日刺杀雍正时，雍正已经不支而死。

方世玉要求乾隆放过吕四娘，条件是自己可为乾隆取出南少林内的宝藏，乾隆允诺但要吕四娘作押。云明、白泰官回南少林路上英明现身，限令云明向玄真动手，若云明不肯就亲自出马。东赢忍者在南少林水井及附近小溪下毒，众僧们包括玄真大师都感不适，失去抵抗能力的少林僧人被喝令跪在地上，英明问玄真宝藏被拒绝，英明大怒扬言每数３声便杀一人，三德、大宏和卓灵杀出迎救，三人寡不敌众，卓灵被抓。

英明用酷刑要玄真交出南少林藏宝图，云明不忍看师傅受苦亲手杀了玄真。赵大宏给师傅三德抓药被温庭玉抓到，得知南少林已被云明等日本人强占，温庭玉虽爱财却发誓不让日本人占去宝藏。白泰官不满日本人所作所为欲退出，和卓灵一起被云明禁在南少林。

曹太虚和吕四娘来到南少林被擒，发现南少林被日本人占据，温荣玉也与日本人为伍。藏宝图被搜出，云明、英明和温荣玉研究藏宝图，怀疑三十六房内的藏书和四娘的木鞘剑可能与宝藏有关。深夜，温荣玉来到石雕处想找玄机，被英明与云明当场活捉。云明要娶四娘为妻被拒绝大怒，他强迫与四娘成亲之际，逃出的白泰官、曹太虚和卓灵杀入，曹太虚以取自忍者身上的雷火弹作掩护救走四娘。英明、云明等人一路追杀，四娘与白泰官帮助卓灵与曹太虚逃脱，白泰官惨死四娘被抓。卓灵与曹太虚与方世玉等人相聚，方世玉得知吕四娘被囚禁在南少林孤身前往。