东汉末年，各地瘟疫蔓延，大夫芝与家人前往涿州城避难。芝与子佗在街头行医，名医景用红线替一未婚女子把脉，佗对景十分仰慕。佗因芝不肯将医术传授，遂决拜景为师。关羽的乡里林被神棍普所骗，关找普理论，却反被押入天牢。另边厢，佗知景大女儿妙乃其未婚妻，但妙对佗并无好感，佗乘机要胁要她引廌己给景为徒。普被关打至重伤，被佗所救，佗对关承诺替林治病以换普性命。佗过了景三关，终得入景门下。佗医治林时，发现一场大瘟疫正急速地散播开来。

佗擅闯景书房偷看医书，景气得要县官锁他入天牢，时关到来不见佗，唯有强拉景帮林治病。景替林把脉时，知佗所言非虚，遂连夜出走，却被妙悉穿，妙更到天牢将佗保释。芝说出若“滋阴论”加上“伤寒论”，或可找到医治疫症之法。医庐内，官限景两天内要将其父治好，景见其父染上瘟疫，大感头痛，刚巧佗前来要景传授“伤寒论”，景遂顺水推舟，答应佗要求，但是要他研究出医治疫症之法。一阵锣鼓声从佗房间传来，众人均以为佗巳找出医治之法。

景二女儿兰及三女儿蕙替佗找来两头猪作试验，回来时却不见佗踪影。官父病发身亡，景迁怒于佗身上，妙却认为佗不是背信弃义之人。景担心官会报复，竟受普的唆摆，二人合演瘟神报梦闹剧，令众村民以为捐献钱财，便可令瘟神停止瘟疫。佗得芝之助，与妙及关等人前往找“官材鞠”作治病药引，经一番努力下，终将林之瘟疫治好。当佗得知景与普之恶行后，遂与关等人合力制造一场好戏，待普自揭瘟神骗局。

普以为自己染上瘟疫，于是将骗来之钱财退回给村民，望佗肯给他医治。景因生意淡泊，决定举家迁往洛阳发展。另外，芝亦希望佗到洛阳考入太医院，更向佗说出当年曹操救他一命事迹。景及芝等人同在许昌落脚，景世交伍招待景一家，还对妙十分倾慕。妙要佗写情信给她，佗在家闭关多日钻研，而伍亦对妙展开强烈追求。佗多日不见，妙担心前往探望，却见佗埋首书写情信，但内容却似一条药方，普更拿给众人观看，妙虽感尴尬，却亦觉心甜。

妙劝佗到景医芦内打工，为二人美好将来铺路。佗替景送药时，行经太医院门外，情不自禁下混了进去，期间却被人误认为刺客，幸操深明大意，放佗离去，佗离去时见操似有隐疾。佗在街上重遇操，并称可医治其隐疾，操却一笑置之。佗自觉在医芦内欠缺发展，决定离去，妙不惜向伍借银两给佗自立门户，惜佗经常赠医施药，令经济陷入窘境，后景更到医芦内要佗归还银两，佗才明白妙所受之委屈。

伍朋友梁对妙心生爱慕，但妙对佗却是死心塌地。佗出外行医，普对前来应诊之操干女儿亭及三子冲，大吹大擂自家制之二陈汤，更开天杀价，令亭以为佗乃庸医一名。亭和冲前往渡头看热闹，冲凭机智重挫西域使节锐气，操得知后赞赏不巳。冲突然抽搐，原来冲自幼巳患上气喘病，操虽多番访寻名医，仍不得要领。景设计令妙以为佗到妓院寻欢，另边厢，私下囚禁妙要她下嫁梁。佗得知后，带妙离开，景与妙堂前三击掌，断绝父女关系，妙顿感凄然泪下。