佗与妙成亲，婚礼虽简陋却十分温馨。妙希望佗能进入太医院，遂找县令说项，岂料县令要妙奉上金鼎才可商量。丞相府内，冲旧患发作，御医问正为冲下针，操突闻有刺客闯入，于是亲往调查，刚巧遇上佗向他状告县令贪污，操因头风发作不作理会，更将佗毒打一番。小巷内，佗重遇关，原来关正是刺客，关现正替刘备办事，故友重逢，二人高兴不巳。操召开群医大会，佗对入太医院重燃希望。冲恳求亭在他有生之年带他出外游玩，期间竟遇上佗。

佗正欲上船前往三乡，找寻一老翁尸体研究冲之病情：惜船巳被亭及冲包起，佗唯有使计令他们一同前往。另一方面，妙为解决一家之生活费，冒险到怡红院应诊。当佗等人到达三乡时，亭始知被骗，一怒下与佗分道扬镳，却不慎跌入山洞，佗救他们时发现老翁尸体，从老翁所吃之药得到不少提示：拯救途中，亭被山泥活埋， 幸佗为她急救，亭对他印象改观。妙为尽快购买金鼎，遂答应嫖客萧与他把臂同游，换取五十两酬劳，却无意被佗撞破。

妙骗萧佗乃她兄长，他因病成疾，经常疯言疯语，萧对妙更感怜惜。妙终取得县令之推荐信，遂和佗回家替景祝寿，不料萧亦到贺，拆穿了妙当陪酒一事。翌日，景府设置寿宴，妙得知母患病，决定与佗再回家一趟，期间御医问到景府邀佗参与群医大会，众人即对佗另眼相看。大会内，佗指出冲之病因乃肺穿孔所致，操赞赏不巳，问却妒忌万分。佗觉普及阿要实践医学，遂放手医芦给他们打理。佗首天回太医院，得到上宾式的款待，受宠万分。佗妹玉巳届适婚年龄，妙决定为她作媒。

普揣测到阿对玉的心意，鼓励他向玉表白。书房内，佗想出用开刀方法把冲病根治，遂找来不怕痛的卖鱼耀作开刀试验，但当耀知悉佗将他肚子剖开，即时忍痛拒绝，令佗功亏一篑。普欲代阿向玉表白，却令玉误会普喜欢她，而普更在一次醉酒时突变神勇，把到来找晦气的耀打走，令玉对普更加倾慕。佗从醉酒中的普领悟出制造“淋沸汤”，令冲可在无痛苦下开刀，于是与亭出发往蜀地找寻“曼佗罗”制药，同时，问亦研究出以“水银”方法修补冲之肺孔。

亭与佗在蜀地采药时，遇苗族巫师捉去，要将他们祭祀蛇神。寨屋内，亭向佗说出操并非其亲父，更是她的杀父仇人。二人被祭祀时，幸关出现将他们救走。另边厢，问利用死囚作水银试验，希望找出医治冲之法。玉预备做鞋给普示爱，普怕阿会寻仇，于是处处回避玉。景得知佗有可能水鬼升城隍，遂设计和妙等人和好如初。操知佗进入蜀地，以为被佗出卖，于是将景及玉等人关进天牢，兰更反转猪肚，将妙骂至体无完肤，此时，佗及亭正设计离开蜀地。

关营内，一奸细身份被揭，奸细于是将兵马分配图收藏在亭包袱内。亭伪做关手谕与佗逃走，但关子平早巳恭候多时。平欲找出分布图，却只搜出一幅山水画，关因歉咎，遂放二人出城。景与妙等人因佗被疑为奸细而被判斩刑，幸佗及时赶回并救回冲，令众人脱离险境。佗拒绝操赏赐，众人感佗无可救药。“太医院监”一职由佗取代，佗除提倡众人平等外，更废除一切死板规条，令太医院回复生气，问却妒火中烧。佗家内，玉将亲手制的鞋送给普，阿誓言要找出玉所爱慕之人。