洛克始终无法打开那扇神秘的舱门，布恩已经对这种毫无结果的工作感到厌倦，他对洛克的信心开始动摇，并怀疑洛克是否有些神经错乱。夜晚的沙滩上，洛克用篝火的余烬烫自己的脚底，但是没有任何感觉，昔日车祸造成的麻痹又来纠缠他了。 索耶询问宋哪种草药能治疗头疼，暗处的凯特把这件事告诉了杰克。杰克虽然不太愿意，还是同意提索耶作检查，但他提出一串可笑的问题令索耶感到自己遭到的戏弄。杰克告诉同样不满的凯特：索耶没有患上他臆想中的脑瘤，只是远视眼罢了。 洛克的腿部问题越来越严重，他甚至无法顺利站起，他向布恩伸手求助：“拉我一把，我的儿子”……二人在丛林深处发现一架挂在树顶的小型飞机，布恩爬进这架毒品贩子的飞机查找线索，正当他调试无线电的时候，飞机从树顶坠落，布恩摔成重伤。 洛克把布恩背回营地交给杰克，自己来到了那扇舱门前，他痛哭着捶打着舱门，一道光线从门内射出。

虽然杰克的紧急手术使布恩恢复了呼吸，但是严重的失血最终会要了他的命。克莱尔从半昏迷的布恩口中问清血型，其他里立刻出发去寻找相符的供血者。 凯特从索耶那里取得了用于手术消毒的酒精，丛林中的呼救声把她引到了克莱尔的身边：克莱尔发生了宫缩，孩子有可能要早产了。路过的金立刻奔向山洞去寻找杰克。 这时在山洞里，宋找来了空心的海胆刺，0型血的杰克在为布恩输血，他无法脱身去找看克莱尔，只能把助产的要点紧急传授给查理。输血之后布恩仍毫无起色，杰克最终发现他的双腿已经完全坏死。杰克拜托迈克尔制作一把铡刀用以截肢，但是布恩祈求让他平安的死去。 在丛林的另一处，克莱尔在凯特的帮助生下了一个健康的男婴，与此同时，布恩也停止了呼吸。 幸存者们庆祝着新生命的诞生，只有杰克脸色铁青地收拾背包，他反驳凯特，布恩并不是“死了”，而是被谋杀的，洛克必须给出答案。

布恩的葬礼后，疲惫不堪的洛克出现在人们的面前，杰克愤怒地指责他是骗子和凶手，但是由于长时间的劳累和缺血，杰克突然昏倒在地。为了让他得到充分的休息，凯特偷偷把安眠药放入了杰克的饮料里。萨伊德极力安慰沉浸在悲伤中的莎伦，莎伦认定洛克就是杀害哥哥的凶手，要求萨伊德为布恩报仇。 萨伊德请洛克带他去小型飞机的残骸寻找有用的材料，并一路上不断地试探他。洛克感谢他并没有盲目相信杰克的判断，于是说出最初在架设天线时，是自己袭击了萨伊德，因为那个信号来源并不是一个应该轻易靠近的地方。 莎伦无论如何都不相信布恩的死只是意外，她举枪跟踪洛克进入了丛林。及时赶到的萨伊德和杰克、凯特一起制止了她。虽然这场风波暂是过去了，但是萨伊德与莎伦的恋情也因此画上了句号。

新的木筏就快要完工了，乐观的气氛慢慢在幸存者中传开，阿兹博士警告迈克尔热带的季风季节随时都会来临，木筏应该尽快出发，否则就算成功出航，单薄的木筏绝对难以抵御海上的风浪。 凯特要求与迈克尔同行，但是木筏早已定下了乘客名单：迈克尔、沃尔特、金和索耶。迈克尔在一天工作后突然发病倒地，杰克在他的水瓶发现了一些可疑的残留物。索耶怨恨凯特曾想取代他的位置，于是公开了凯特逃亡者的身份，并指责她毒害了迈克尔。 与此同时萨伊德领着杰克进入丛林，洛克正在等待着他们。面对杰克毫不掩饰的敌意和怀疑，洛克终于透露了那扇神秘舱门的存在。 迈克尔的病因仍没有找到，沃尔特焦虑地告诉洛克，虽然不想离开这个岛，但他决不会毒害自己的父亲。正当洛克设法安慰他，沃尔特突然变得十分古怪，他反复地说着：“别打开那扇门！别打开那样东西！” 宋在杰克的询问承认是她在水瓶里放了致病的植物，她只是不想让金离开，而那瓶水被迈克尔拿走了。

早起的沃尔特突然看到有什么东西朝着海滩移动，他立刻拉响了营地的警报。萨伊德认出了这是法国女人丹妮尔-卢梭，她惊慌失措地说着：“‘其他人’来了。” 丹妮尔对整个营地讲述了发生在十六年前的故事：科考队在小岛附近的海域触礁，那时她已经即将临盆，小岛的深处突然冒出了一股浓密不散的黑烟，在亚历克斯出生的那天，‘其他人’出现并抢走了孩子。丹妮尔告诉杰克，他们只有三个选择：逃跑、躲藏或者死亡。 迈克尔受够了这个疯狂的小岛，他决定在完成方向舵后立即出航，杰克召集人手帮助他尽快完成轨道的铺设。 面对神秘而未知的威胁，杰克想到了那扇舱门，他们能否进入舱门躲过这次危难？丹妮尔带领他们去取当年留下的炸药。在黑色岩石的附近，沉寂已久的无名怪兽又发出了震慑人心的咆哮。远处，突然出现的黑色烟柱直冲云霄。 木筏终于顺利起航，在人们的注视下，带着得救的希望航向大海。

随着木筏的离开，还留在岛上的幸存者们必须度过眼前的危难，受丹妮尔的故事的影响，克莱尔始终相信“其他人”的目的是要夺走她的孩子。 人们从内心深处仍无法理解为何会发生这些神秘而又恐怖的事情，丹妮尔对此简单地回答说：“因为你们身处在这个岛上。”她把杰克等人带到了炸药的放置地，随即消失在丛林中。杰克、凯特和洛克拿到了足够炸开舱门的炸药，但是科考队留下的一些物品令他们疑窦丛生。丹妮尔突然出现在海滩上抢走了克莱尔的孩子，查理和萨伊德立刻持枪追入了丛林。 而在孤岛之外海面上，迈克尔用小型雷达发现了船只的踪迹，索耶发射了仅有的一发信号弹，但是赶来的却不是期待中的救星。 在逃过怪兽的袭击后，众人不顾赫尔利的阻止，用炸药轰开了那扇刻着“4,8,15,16,23,42”的舱门。当他们用火把照亮了门后的地洞，见到了超越他们信念和信仰的东西……第一季 （完）