热斗的爸爸答应在他升上小学五年级的时候，为他设计一个网路领航员，这天爸爸果然依约寄来一张RD磁，他特地为热斗设计了网路领航员--洛克人！正当热斗以洛克人和同学--迪卡欧的气力人对战较劲时，却发现同班同学-美露出事了！

热斗和美露为了帮麻理子（玛莉）老师追回她被机器狗咬走的包包，来到了一列地下铁的列车上，没想到刚好碰上列车失控的突发状况！洛克人调查出有病毒从中作祟，然而失控下超高速行驶的列车即将撞上终点站，热斗、美露与所有乘客能平安逃过这场大灾难吗？

WWW组织的威利博士又派遣了一个神秘的女孩--色绫丹居进行邪恶的破坏行动，她的网路领航员--彩色人将秋原镇的红绿灯全部陷入故障的局面，弄得到处塞车，甚至引发不少的交通事故。在热斗的洛克人和转校生伊朵的葛莱德的同心协力下，终于将彩色人打跑了……

热斗的学校这次来了一位实习老师--日暮暗太郎，没想到他竟然对伊朵的稀有晶片非常感兴趣，甚至利用强迫的方式逼伊朵的网路领航员--葛莱德和他的网络领航员--数字人进行网络对战，最后还是不敌热斗等人的通力合作……

WWW组织竟然控制住机器水族馆里的安全系统，让所有机器鱼通通飞到秋原镇街头上空，为了阻止这一切，热斗派洛克人前去水族馆的控制室查明一切。原来控制室受到电脑病毒影响而失控，但在这次的战斗中，到底是谁帮了热斗一个大忙？那个叫鲨鱼人的网路领航员又是谁呢？

WWW组织为了造成人类世界的骚动与不安，这次竟然把目标移到了水利局。控制住水利局的安全系统之后，造成秋原镇的用水全部就此中断，引起镇民生活上极大的不便。原来是WWW组织的色绫丹居挟持了水利局技术员的儿子冰川透，藉此进入电脑程式中进行破坏……