炎山和布鲁斯都为了还热斗和洛克人一个人情债，来到了科学省的网路世界里只身与法老人对抗，但是即使布鲁斯已经这么厉害了，仍然不是法老人的对手，在众人的呼唤下，洛克人总算清醒，与布鲁斯一起打败了法老人，及时将人造卫星的轨道修正过来，避免了卫星坠落的危机……

热斗一行人来到南方的岛屿--爪哇岛，没想到却碰上这里近来传闻中的主角--幽灵船，为了救被幽灵船带走的阿政叔和小透，热斗和伊朵等人勇敢的来到幽灵船上，消灭了船上电脑中的病毒……

网路上有一个新兴虚拟偶像--AKI，受到大家非常广大的欢迎，最近还主办一个真实AKI的比赛，希望能从AKI的歌迷中选出一名才艺双全的代言人。没想到参赛的人全都离奇的失踪，原来这次又是电脑病毒在作怪……

热斗和洛克人这次来到天堂市，没想到在参加欢迎庆典的时候，竟然因为人多把洛克人的PET放在一边，被贫民区的小孩偷走了。热斗在找寻洛克人的时候，也因此被扯进达利尔市长和贫民区的恩怨之中……

米莉欧妮是一个企业的负责人，但是以收集网路领航员为乐，甚至成立了一个网络领航员博物馆，利用奖品吸引网路控制员来参加比赛，再将中意的领航员纳为己有。这次她看中的是洛克人，好在炎山也刚好在场，派出布鲁斯为洛克人解围……

正当热斗在前往这趟世界之旅的下一站途中，他所搭乘的公车竟然发生引擎故障的问题。为了能够寻求援助，热斗特别跑到附近一户人家借用电话，没想到却碰上了前WWW组织的成员--电击伯爵的挑战……