志木那岛上缺乏医生，村公所的课长星野正一（小林薰饰）20年来不断到日本本土寻找愿意到离岛驻诊的医生。这次星野找到了东京某大学医院的医生五岛健助（吉冈秀隆饰）到岛上来，健助在航程6小时的船上吐得七荤八素的事，早已传遍全村，再加上大家对以往医生的不信任，让健助在岛上备受质疑及冷淡。星野的女儿彩佳（柴崎幸饰）是岛上唯一的护士，连她也对健助十分冷淡，让健助有些沮丧。

一日，健助在海边遇见开酒店的茉莉子（大冢宁宁饰），也撞见要藏石头的邦夫等小孩，原来邦夫等人正要藏测试勇气用的萤光石，第二天由渔夫原刚利（时任三郎饰）的儿子刚洋去寻找。

但刚洋早已腹痛，为了怕大家笑他，只好强忍疼痛去寻找石头。邦夫因不放心前去探视刚洋，才发现刚洋已经倒卧在地。邦夫慌张求救，健助飞奔而来，发现刚洋得急性阑尾炎，而且可能并发腹膜炎，必须紧急开刀，但刚利却因不信任健助，执意带刚洋搭船去本土医院就医，不得已的健助，只好找彩佳和诊疗所事务长和田一范（笕利夫饰）带着医疗器材一同上船，力劝刚利让他为刚洋在海上动紧急手术…

东京某大学医院的医生五岛健助（吉冈秀隆饰）虽然来到志木那岛上，但在船上紧急帮刚洋开刀的事却传为恶谈，依旧没人敢来就诊。

一日，健助发现岛上著名的产婆内婆婆（千石规子饰）眼角有黄肿现象，甚为担心，但内婆婆不愿意做检查。健助不得已只好偕护士彩佳（柴崎幸饰）不请自来到内婆婆家出诊，正好撞见内婆婆与从本土回来探视的儿子阿诚吵架，激动的内婆婆病痛发作，紧急送到诊疗所诊断，健助判断内婆婆得的是大动脉瘤，最好赶快开刀，但内婆婆坚持不肯离开岛上。就在僵持不下时，内婆婆的大动脉瘤有破裂的危险，若不尽快开刀，将有生命危险。

然而岛上并没有足够的血浆可以动手术，健助去求渔会的人帮忙，却遭渔会会长阿重（泉谷茂饰）阻止大家去捐血。刚洋的爸爸原刚利（时任三郎饰）也不肯相信健助，迳自离去，让健助不知如何是好。

就在危急之时，茉莉子（大冢宁宁饰）带着小孩们和妈妈们来帮忙，众人坚持要捐血帮内婆婆度过险境，于是健助开始了超级困难的手术…

五岛健助（吉冈秀隆饰）到志木那岛来当医生以后，先后救了刚洋和内婆婆（千石规子饰），开始得到村民的信赖，诊疗所也出现了求诊人潮。

一日，村公所的职员土反野的太太由佳里（樱井幸子饰），怀孕29周，发生浮肿现象，后来发生子癫症而陷入昏迷，健助立刻打电话给东京的原泽?（石田百合子饰）征询意见，原泽认为应该立即开刀取出胎儿，否则母亲性命将不保。

希望母子均获救的健助，到处打电话请医院收容，但碍于搬运的风险，让许多医院都拒绝收容，而由佳里的情况越来越危险，四处求援不成的健助只好打算开刀，牺牲小孩以营救由佳里。

就在这紧要关头，原刚利（时任三郎饰）前来责问健助为何对小宝宝见死不救，这一记当头棒喝让健助在开刀前最后一刻决定喊停，再向本土的医院求援一次....

国会议员户田雄一郎（龙雷太饰）带着志木那岛出身的秘书安部纯一（井泽健饰）来到岛上，希望说服岛民同意在岛上盖大型垃圾处理场。但纯一是个孝子，因为母亲广子脚痛无法来向议员问候，于是特地带议员回家探视母亲，但议员催促纯一快走，心慌的纯一不慎撞倒旧木板，让广子的脚被旧铁钉戳伤，广子为了不耽误纯一，故意隐瞒伤势叫纯一快走，不知情的纯一只好载着议员离去。

由纪（木村佳乃饰）是原泽（石田百合子饰）的学妹，也是户田议员之女。她在美国学医返回日本，听说孤岛医生的事，特地来岛上造访五岛健助（吉冈秀隆饰），但由纪热情的举动让彩佳（柴崎幸饰）相当不悦。

广子的伤势恶化，不放心的纯一回家探望时，广子的脚已经因感染细菌而坏死。纯一赶紧将母亲送到诊疗所，健助却因为感冒在昏睡，于是由纪代替健助帮广子诊断出必须截肢才能得救，让纯一非常自责。所幸后来健助诊断后，认为不必截肢，和由纪一同帮广子开刀救治。

当议员正在鼓吹岛民同意建造垃圾处理场时，原刚利（时任三郎饰）前来阻止，议员却在此时突然倒地不起....

国会议员户田雄一郎（龙雷太饰）带着志木那岛出身的秘书安部纯一（井泽健饰）来到岛上，希望说服岛民同意在岛上盖大型垃圾处理场。议员在演讲时，原刚利（时任三郎饰）前来阻止，议员却在此时突然倒地不起，众人于是将他送往岛上的诊疗所急救。

议员被诊断出得的是尿道结石，但议员的女儿由纪（木村佳乃饰）阻止健助（吉冈秀隆饰）在众人面前说出父亲的病名，希望藉此让利欲薰心的父亲在诊疗所住院。重新审视自己的所作所为。

纯一的母亲广子误以为议员离罹患癌症，甚至不顾自己的脚伤，前去帮议员求平安符，彩佳（柴崎幸饰）对由纪故意误导大家的做法相当不以为然，与由纪发生口角。

而议员也以为自己得了绝症，整整2天不吃不喝，让由纪对自己的作法开始动摇。结果议员终于反省了自己的行径，对广子等人道歉，也决定放弃在岛上建设垃圾处理场的计划，让由纪和健助等人非常欣慰....

茉莉子（大冢宁宁饰）的儿子小龙因为想念母亲，只身从东京到志木那岛来，但茉莉子害怕自己到时候会舍不得离开小龙，而故意对小龙非常冷淡。小龙不得已只好到五岛健助（吉冈秀隆饰）的诊疗所借住。翌日，原刚利（时任三郎饰）好意要刚洋带小龙去玩，但小龙却闷不吭声，让因考试心情不好的刚洋也不太想理他，独自离去的小龙不慎摔落山谷，肋骨骨折。刚洋回家挨刚利骂，负气去找小龙。

健助受刚洋之托，一起去找小龙，但就在发现小龙受伤之际，刚洋也不慎跌落山谷，而为了救刚洋的健助也因此右肩脱臼，脚也骨折。眼看已天黑，3人却受困山谷，刚洋决定独自去求救，而刚利正好也带着渔会的人前来找人，终于找到刚洋，救出了健助和小龙。

好不容易回到诊疗所的健助，却因自己的伤势无法开刀，彩佳（柴崎幸饰）只好挑起大梁执刀...