志木那岛的渔会长安藤重雄（泉谷茂饰）召集众人去港口迎接在东京当美容师，暌违一年才回到岛上的心爱女儿梨香（伊藤步饰），没想到梨香却大着肚子回来，让阿重气得拉着梨香去诊疗所，找五岛健助（吉冈秀隆饰）帮梨香做检查，父女间也发生严重冲突。

从小一起长大的好友彩佳（柴崎幸饰）向梨香询问怀孕的原委，但梨香不领情，两人也发生口角。一日，孤岛发现梨香在海边，以为梨香想不开急着去劝阻，却摔个四脚朝天，孤岛还鼓励梨香要生个健康的宝宝，让梨香非常感动。

茉莉子（大冢宁宁饰）等众人前来劝阿重接受事实，不料父女再度发生冲突，阿重忿而离去，此时梨香突然阵痛，送往诊疗所。内婆婆（千石规子饰）担心梨香会早产，结果因台风来袭，诊疗所停电，在黑暗中，梨香的羊水破了，孩子出生在即却找不到阿重，原来阿重冒着风雨出海失去联络。为了不让梨香担心，孤岛骗梨香阿重已在来的途中。后来梨香顺利产下一男婴，而出海为孕妇抓鱼的阿重也平安归来，众人才松了一口气。此时先前弃梨香于不顾的男友阿彻（柏原收史饰）突然出现，要求和梨香复合，但梨香却拒绝阿彻，决定留在岛上…

诊疗所的和田（笕利夫饰）到本土出差研习，回程在船上巧遇原泽（石田百合子饰），原以为遇到了自己的真命天女，后来才知道她是孤岛医生五岛健助（吉冈秀隆饰）的医生女友，让和田大失所望。

原来原泽在东京被同医院的柏木医生追求，希望一起前往美国生活，希望孤岛能给她一个答覆。

而此时孤岛诊断出平时健朗的明爷爷，竟然得了S状结肠癌，于是希望明爷爷能在本土设备完善的医院进行手术治疗，但明爷爷却希望留在岛上，由孤岛帮他开刀。

原泽也认为诊疗所的设备及人员皆不足，反对在诊疗所开刀，但孤岛为了帮明爷爷完成心愿，仍然请小?当助手，一起为明爷爷开刀。然而孤岛切开明爷爷的腹腔后，才发现癌细胞已经转移到肝脏，淋巴结等部位，并引发腹膜炎，已经回天乏术，孤岛不得已只好将明爷爷的腹腔再度缝合。

为了让明爷爷能安详度过晚年，孤岛让明爷爷回家静养，结果明爷爷最终还是敌不过病魔，让孤岛非常伤心，而原泽在感佩孤岛深获岛民的信赖之余，也决定放弃说服孤岛而独自回东京去…

一日，岛上来了一名杂志社记者巽谦司，向岛民打听孤岛医生，人称“孤岛”的五岛健助（吉冈秀隆饰）的事，表示希望报导这位医生，大家不疑有他，纷纷告诉他孤岛的事迹。不料巽却出示自己以前撰写孤岛在东京的大学医院，曾因延误医治而让一名17岁高中女生死亡的报导，让岛上村民人心惶惶。

孤岛请岛民们到村公所集合，决定告诉大家真相。但刚洋、信一、邦夫及纯平等孩子们为了袒护孤岛，在半路拦截前往村公所的巽。因为下着豪雨，巽请孩子们到车里面谈，不久便土石坍方压落车子，巽及信一都因而受伤。

赶来营救的自卫队及村民，合力将众人救出车外，才发现雨伞穿过了信一的身体。孤岛原本想马上为他动手术，却发现巽颅内受伤更为严重，必须马上开刀才能救回一命，于是决定先帮巽开刀，但村民们不懂孤岛的用意，与孤岛发生严重冲突…

杂志社记者巽谦司向岛民揭发人称“孤岛”的五岛健助（吉冈秀隆饰），以前在东京的大学医院，曾因延误医治，致使一名17岁高中女生死亡的事件。而就在孤岛向村民坦承的当天，发生土石坍塌意外，巽及信一都身受重伤，但孤岛决定先救危急的巽，让信一的父母及其他岛民相当不谅解。

大家又开始不信任孤岛，没有人愿意请他看病，渔会长阿重（泉谷茂饰）甚至要求孤岛在一星期内离开志木那岛。而此时东京的昭英大学附属医院，也要求孤岛回去帮忙味胃癌病人开刀。无意间得知此事的和田（笕利夫饰），表示如果孤岛离去，他也将离岛去旅行。

不久，彩佳（柴崎幸饰）一早到诊疗所上班时才发现孤岛已留下辞呈不告而别。采佳的父亲星野（小林薰饰）也为自己硬带孤岛来到岛上，如今却让他独自离去感到非常自责…

人称孤岛的五岛医生（吉冈秀隆饰）辞去志木那岛诊疗所的工作，回到东京昭英大学附属医院，为罹患胃癌的自明党熊谷干事长动手术。此时星野（小林薰饰）为孤岛离去的事感到自责，忧烦不已竟然吐血，让女儿彩佳（柴崎幸饰）及阿重（泉谷茂饰）等人甚为担心。彩佳担心父亲得了胃癌，打电话向孤岛报告，孤岛虽然担心，却也无能为力。

孤岛在医院遇见当年的实习医生三上（山崎树范饰），而三上正好担任此次手术的助手，孤岛要求三上再做一次腹水细胞检查，以确保没有感染才能开刀，没想到三上故意隐瞒癌细胞已经感染的事实，让孤岛继续进行手术。

就在孤岛开始动刀后才赫然发现癌细胞已经扩散，但还是当机立断的以高明医术，迅速帮病患切除患部，让三上大为折服并感到惭愧。然而外科医师奥村(大和田伸也饰)却在手术大功告成时接手，并在记者会时宣称是自己执刀，想将功劳占为己有…