一輛在宇宙行駛的列車遭受隕石撞擊而動彈不得，有紀涉率領銀河鐵道警備隊前去救援，但有紀涉的兩個兒子，護和學，卻也跟著偷溜上車。此時宇宙中出現了一個白洞，並且由裡面出現了敵方戰艦，開始攻擊警備隊的列車…。

有紀學被分配到死去的父親所屬的天狼星小隊，但是卻遭到隊員布魯斯的欺負。這時有一輛列車遭到挾持，隊長巴爾吉便下令學和布魯斯等人潛入列車上，但是布魯斯卻執意不肯和學一起行動…。

天狼星小隊接到了一件尋人的任務，內容是找出搭上幽靈列車而失蹤的泰利。傳說這班幽靈列車三個月只會出現一次載運死者。為了尋找失蹤者而搭上幽靈列車的學和露伊，在車上找到了泰利，但泰利卻不想跟他們回去…。

在疇歐格蘭地星球上的上昇軌道爆炸了，有輛無人貨車因此墜落地面，天狼星小隊奉命前去處理，但是這一切都是宇宙海盜們想要搶奪BIG ONE而設下的陷阱，為了防止BIG ONE被拿去惡用，管理局便下令天狼星小隊將BIG ONE銷毀…

因為發生列車連環車禍事故，ＳＤＦ小隊全體人員立即趕去現場，但是學在看到現場的慘況後大受震驚，無法繼續執行任務只能返回車上，巴爾吉命令他好好考慮是否要退出警備隊…。

不知該如何決定去留的學，遇到了販賣機人員秀，兩人成了志同道合的好朋友。最後學還是決定回到警備隊，跟著其他小隊們一起去檢查所有駛離迪斯特尼星的列車，但是學卻在車廂內的自動販賣機內找到了炸彈…。