雍正年间，南少林三十六房住持刘仁宣受方丈之命给皇上送密函，途中遭袭身亡。当年康熙帝将缴获倭寇的宝藏藏在南少林中，刘仁宣是受皇上之命将宝藏部分清单送往京城。宝亲王弘历受雍正之命前往浙江海宁以寻医为名暗访倭寇内应，弘历途中遇吕四娘袭击。吕四娘父亲吕留良当年被雍正所杀，吕四娘女扮男装陆弘十找到当年父亲好友、“易神医”曹太虚杀弘历。雍正派方世玉和北少林玄真继任三十六房住持和方丈，刘仁宣之死是师叔普照所为，他欲夺方丈之位和宝藏。

吕四娘要曹太虚和她一起报仇遭拒，与前来的弘历相遇，曹太虚趁机逃走。吕四娘与弘历打赌，如自己用曹太虚最爱吃的狗肉将其骗出，弘历就与她进京城杀一个人，曹太虚被骗出，吕四娘与弘历相约广宁寺。江浙总督府温荣玉为讨好弘历，将名妓小红安排给弘历，洽遇方世玉到府上求见，小红将求救纸条递给方世玉，方世玉与吕四娘将小红救出怡红院。

“陆公子”和曹太虚欲在广宁寺杀弘历，被方世玉救下，方世玉告别弘历继续前往北少林。普照一班人欲在方世玉茶中下药，被“陆公子”巧妙化解，“陆公子”对方世玉暗生情愫。北少林内，方世玉见到玄真大师和他的徒弟云明，３人连同云惠一起前往南少林。

普照特来迎接，几次加害玄真，但玄真还是如期披上主持伽沙。吕四娘师兄江南六侠之一白太官，追杀吕家仇人刘太３年，终将其人头祭在吕老先生坟前，与暗恋多年的吕四娘相会。弘历回京，他在江南时屡次听到“往生极乐，天心月圆”，他询问雍正被拒绝。因倭寇猖獗，雍正再次派弘历前往海宁。

玄真让云明与方世玉比武和试解说《愣伽经》，胜者出任三十六房主持，3人遭到普照暗算，幸方世玉发现一密道逃生。方世玉收到弘历差信应邀下山，让助其收缴陆宏十等人。弘历赶路时吕四娘等人杀出来，弘历抽出闪灵长剑，吕四娘抽出木鞘长剑，两把剑心有灵犀将二人杀招化解。弘历分析吕四娘在进京路上，决定再次回京。温荣玉儿子温涛娶了武功高强的妻子，决定娶亲当天摆擂比武。

轮到方世玉上擂台，新娘子认出他，让方世玉赶快下去，原来新娘子是方世玉旧识卓灵。方世玉去北京查陆弘十行踪，行至山东德州拜见飞虎帮帮主董海川，董佩服方世玉武功交下他这个朋友。陆弘十也就是吕四娘以女装出去，被监视方世玉的云明看见，对她一见倾心。云明派人杀方世玉，被一路追来的卓灵破坏。飞虎堂探知吕四娘师兄白太官在德州境内邀之前往，弟子杨某给方世玉报信被杀，并被诬陷是方世玉所为。董海川信以为真欲杀方世玉，被女扮男装的吕四娘巧妙化解。