吕四娘被云明抓走，云明向吕四娘表白了自己的爱慕之心。方世玉、卓灵、白泰官３人寻找吕四娘，发现云明的两个跟班。黄啸侠跑到北少林寻衅，遇到三德两人一见如故，三德道出他对云明的疑心。两人酒欢而散，与吕四娘擦肩而过。三德被疑偷学武功逐出山门。黄啸侠在酒铺遇到云明等人，约定３日后比武。

方世玉来到北少林，巧遇黄啸侠，提起为曹太虚疗伤的事被拒绝。黄啸侠知道吕四娘的真实身份后，同意为曹太虚疗伤，闲聊中吕四娘得知，三德的易经功同样可以救曹太虚的命。黄啸侠在与云明的决斗中被暗箭所杀。方世玉和卓灵在给赵大宏扫墓时碰到三德，在与三德的交谈中获益不小。方世玉回到南少林，方丈决定让其与云明比试武功和佛法，胜者出任三十六房住持。

御前侍卫伊尔根、乌苏、塔布一路追杀吕四娘、曹太虚至杭州，曹太虚身受重伤。吕、曹二人退避至吕四娘师兄白泰官的归云庄内，被伊尔根等人发现，３人调集官兵将归云庄团团围住。吕四娘与曹太虚只得扮做采茶父女在龙井村安顿下来，在吕四娘追问下，曹太虚道出吕四娘之母当年与雍正之间一段情缘。曹太虚身中剧毒再次发作时日不多，只有少林寺三德和尚能有法救他，此时三德和尚为查明云明身世，已追至福建南少林。为早日抓到吕四娘，乾隆决定御驾亲征赶往福建，吕四娘、曹太虚也为找三德疗伤赶往福建南少林。福建总督温荣玉得知乾隆要微服来福建，与倭寇首领宫本健二策划惊天大阴谋。云明的突然出现，揭开了温荣玉隐藏极深的另一层身份。

带着玄悲大师临终前的重托，方世玉回到南少林，并将南少林代代相传并藏有半张藏宝图的八宝紫金裂梁交给了方丈玄真大师。爱说梦话的云慧无意中听到藏宝图的秘密，在云明的威逼利诱下，他说出了所听到的一切。三德和尚性格放荡不羁，云明从中挑拨，加之他先弃于南少林又被北少林驱逐，这些都让玄真大师颇为不满。南少林三十六房主持之职选拔日期临近，玄真大师希望方世玉和云明能加紧练功，通过比武选出主持，并将南少林武功发扬光大。卓灵跟随方世玉来到南少林，在云慧梦语中，她也知道了藏宝图的存在。当夜在云明的胁迫下，温荣玉下手杀害了云慧，并嫁祸于三德和尚。在塔林，三德将自己对云明的种种怀疑告知方世玉，在选拔三十六房主持的比武中，方世玉胜出。

精灵古怪的卓灵在寻找藏宝图中，撞到了她原本以为已不在人世的赵大宏。对赵大宏的表白，卓灵灵机一动，在她的鼓动下，赵大宏心甘情愿加入到替卓灵寻找藏宝图的行列。吕四娘与曹太虚在去南少林寻找三德和尚的途中，巧遇遭倭寇袭击的乾隆，关键时刻吕四娘与曹太虚二人出手救下乾隆，官兵的到来让原本想从乾隆口中打探自己母亲消息吕四娘不得不放弃。三德和尚的被逐让吕四娘大失所望，情急之下向方世玉求助。正在方世玉无奈之时，三德和尚突然出现让曹太虚的伤势转危为安。龙颜震怒的乾隆下旨，让方世玉出山抓捕吕四娘，以期早日得知真相，为逃避追捕，方世玉将吕四娘与曹太虚二人安排到南少林后山静养。方世玉和吕四娘二人惺惺相惜。为了不祸及南少林，面对前来颁旨的鄂必隆，方世玉表面上应允了抓捕吕四娘的任务。