内森放弃了刺杀林达曼的念头，他发觉林达曼也是超能力者。林达曼希望内森能帮助他实现理想，拯救整个世界。他希望纽约发生大爆炸，借这个机会让人类发生根本改变。 因为克莱尔的关系，伯特纳被组织关押了起来，推荐他进组织的朋友认为他太亲近克莱尔了，还劝说他不能为了这个原因摧毁整个组织。伯特纳跟被关在死囚区的帕克曼联系上了，他帮助帕克曼逃出去之后，又命令他救出了泰德。他们利用泰德的能力摧毁了电力系统，三个人一起离开了组织。 伯特纳等人逃出去之后，他告诉帕克曼和泰德，不管他们怎么逃都没办法脱离组织的跟踪，他们必须去摧毁跟踪系统才能得到真正的安全。于是三个人决定一起行动，为了以后能安心生活。 彼得到莫希德的住处找他，却看到他浑身是血地被吊在房顶。塞拉当场就把彼得抓住了，在一场激战之后，彼得因为头部被插入了一块玻璃而死去了。莫希德把彼得送回了家，母亲和内森都很为他难过。幸好当时克莱尔也在，她把彼得后脑的玻璃取下，让彼得复活过来。 莫希德离开彼得家之后，立刻打电话联系了伯特纳所在的组织，因为凭借他自己的力量很难抓到塞拉，他不得不依靠组织的能力。而此时，塞拉已经找到伊萨克的所在地，并夺取了他的能力。

中村在拿到武士刀之后，为了躲避警卫追击，带着安度穿越时空到了未来，可是他见到的却是一片狼籍，几乎整个纽约都被摧毁了。 在未来，中村见到了以后的自己，他得知大家没能阻止爆炸，五年前的爆炸毁掉了整个纽约。而未来的中村找到了解决问题的关键，爆炸当天中村必须杀死塞拉。 正在三个人谈论如何解决爆炸问题时，帕克曼突然带着人闯进来，逮捕了现在的中村，而未来的中村却跟安度一起逃走了。他们来到一个舞厅，准备找彼得帮忙。可是彼得的女友妮基不愿他再涉及塞拉的事。 五年之后的未来，内森已经成了美国总统，他希望通过种族灭绝来解决问题。而在莫希德的调查中，中村并不是恐布份子，他只想寻找解决问题的方法。莫希德希望内森放弃大屠杀，但是内森并不同意，莫希德只好擅自救出了现在的中村。 不久之后，帕克曼找到了未来的中村和安度，幸好彼得突然出现，他停止时间，救出了中村和安度。彼得告诉安度，在大爆炸中他早已死去。此后中村就离开了，他所有的努力都是为了改变安度的命运。 最终彼得还是决定要去改变命运，他和中村以及安度一起冲进监狱，救出了现在的中村。内森出面拦住了彼得，其实内森早就不在了，活下来的竟是改变了外貌的塞拉。

彼得的母亲准备把克莱尔送到国外去，为了保证内森在选举期间不要出什么差错。此时克莱尔的父亲还和马特跟泰德在一起，为了得到真正的安全，他们必须去摧毁跟踪系统。 伯特纳所说的跟踪系统其实只是个小女孩，她因为一种疾病正在丧失搜索能力。伯特纳以前的组织找来了莫希德，希望他能治好莫莉的病，因为她才是唯一能够对付塞拉的人。经过很长时间的研究，莫希德才找到了抗体。 中村总算带着安度从未来回到了现在，他们想找伊萨克问问下一步该怎么做。可是伊萨克早已被塞拉杀死，塞拉抢夺了他的能力后，画出了自己的未来，他认为自己就是那个会毁掉纽约的爆炸人。情急之下，塞拉打电话找莫希德帮忙，但是莫希德却不愿意给他帮助。 无可奈何之下，塞拉只好回家去找他的母亲，而中村他们也跟着回去了。塞拉母亲的精神早就有些不正常了，而且她总念叨着让儿子成为伟大的人，总希望他能出人头地，可是塞拉却想停下旅行，做一个平凡人，他也不希望纽约毁在自己手里。 可惜塞拉的母亲没能在最后关头帮助他，这让塞拉放弃了变成一个好人的想法，还失手杀了母亲。塞拉受了很大的刺激，安度劝中村趁机去杀死塞拉，可是安度却在最后关头失败了，而且圣剑也断了……

内森很想挽救弟弟的生命，他不愿意见到弟弟死去，也不想看到纽约成为核废墟。但是林达曼却劝说他继承父亲的遗志，而且还暗中治好了他妻子残疾的双腿。第二天，林达曼就利用米凯的力量修改选票，让内森赢得了选举。 另一方面，中村刺杀塞拉失败，还被他把圣剑弄断了。为了修好圣剑，安度找到了一家专门修复刀剑的工匠。可是到店面之后，中村发觉自己的父亲竟然在那里。其实有关儿子的一切他都知道，他也是有超能力的一个人，曾经跟朋友准备改变这个世界，但是最终失败了。 中村跟父亲谈了一些问题后，父亲不再像以前那样阻止他的行动。他还亲自教中村学剑术，希望他能用自己的去拯救世界。可是等他跟父亲谈完时，却发现安度已经自己去拯救世界了。 彼得和克莱尔从家里跑出去，找到了伯特纳他们。不过塞拉早盯上他们了，他联络警察阻断了彼得等人前进的道路，泰德因恐怖分子的罪行被警方拘捕。情况紧急，彼得只能带着克莱尔逃走了。而伯特纳和马特两个人则来到了林达曼的大楼，正好遇上DL和妮基，他们夫妻两人为了儿子把林达曼杀死了。而伯特纳和马特也找到了莫希德和莫莉。

塞拉在半路拦截了拘捕泰德的警车，抢夺了他的能力，现在他将造成的危害更大了。 DL杀林达曼时自己也受了伤，妮基只好让生命垂危的他留在原地，自己去找米凯。此时伯特纳和马特碰上了莫希德跟莫莉，他们已经从彼得那里得知塞拉获得了泰德的能力。茉莉很快就找到了塞拉的所在地。可是塞拉的能力太强，只有彼得一个人可以对付他，阻止他炸毁整个纽约。 彼得带着克莱尔找到内森，想让他阻止悲剧发生，可是想不到母亲和哥哥居然欺骗了他。他们根本不在意纽约如何，因为林达曼说为了人类的进化，这次爆炸是必须存在的。他们还准备带克莱尔去安全的地方，彼得一怒之下单独离开了。 安度独自来到伊萨克的画室，准备刺杀塞拉，可是他根本不是塞拉的对手。幸好安度及时赶到，才把他从塞拉手中救出来。随后马特等人也来到伊萨克的画室，不过塞拉早就离开了。 伯特纳等人分成两队行动，他和马特出去找塞拉，莫希德则带着莫莉，跟妮基一家一起逃出大厦。此时，塞拉已经来到了大厦楼下，彼得也被伯特纳带到这里，尽管彼得没能打过塞拉，但是安度却按照预言杀死了塞拉。 战斗到最后，彼得已经无法控制自己的力量，眼看他就要爆炸了，所有人都无能为力地在一旁看着他。就着克莱尔准备杀死他的时候，内森突然出现了，他抱着弟弟飞上了天空。拯救了整个纽约。