被小贤消灭的数码暴龙原来是由神秘女人利用黑暗之塔所变成的。小贤就以前作为暴龙改造者时的行为重新向孩子们道歉，但拒绝了大辅的邀请成为同伴而独自离去。他希望一力承担自己的罪孽……孩子们继续重建数码世界的工作，但对于逐渐明朗化的事实就不能整理好心情。但是那些追击他们的数码暴龙……新的危机正向数码世界迫近。原来是暴龙改造者的基地中的黑暗力量将会发生大爆炸！为了阻止爆炸，需要知道善良徽章，大辅发E-mail叫小贤来，但是却没有回音。虽然伊织他们仍不能信任小贤，但大辅仍然继续等待小贤。最后他终于赶到，然后两个人的心互相重迭，奇迹的进化就发生了，V仔兽EX与飞虫兽合体进化成了完全体的机甲龙兽。