翁同和因二刘互参一事对刘铭传刮目相看，因其主持户部，便在他力所能及范围内，尽可能地从财政上支持新建的台湾省。

刘铭传新官上任的三把火：恢复基隆煤矿，清丈土地，用沉在海底的废铁轨铺建台湾的第一条铁路。

醇亲王正在想方设法为西太后修园林筹银子，四处碰壁，无奈之下，寄希望于李鸿章能从海防协饷中拨一部分以解燃眉之急。

朝廷忌讳刘永福，只给其一个虚职，迟迟不予重用。英雄无用武之地，他只好每日操练子弟兵，教授儿女武艺。张之洞推荐他任南澳总兵一职，却怕屈就刘永福。刘了解到南澳岛既是地势险要，距台湾高雄仅数百里，朝发夕至，又是大陆的天然屏障，乃兵家必争之地。刘永福决定留守南澳，他将所率的三百将士分为左右两营，与驻岛营兵共保“闽粤界”。中法战争之时，有的南澳官兵支援台湾至今未归，士兵朱大有遗孀恳求刘永福帮忙寻找，刘永福托唐景崧查明。

台湾巡抚刘铭传介绍抗法的台湾士绅林朝栋给唐景崧认识，并请唐景崧代劳，为其叔叔林文清平反冤案。

邓世昌带领的舰队回国，途径大西洋魔鬼海时，遇到日本松岛舰触礁，邓世昌下令将其救下，伊东佑亨深表感激。

醇亲王代朝廷挑选北洋水师提督人选，邓世昌与刘步蟾各有所长，互相举荐。李鸿章则举荐丁汝昌为北洋水师提督，虽被批准，但众人怀疑李鸿章是妄图把北洋水师建成“李家军”。

不久，醇亲王代天巡视北洋水师，西太后派李莲英跟随以查北洋水师财政状况。众清流极力反对太监监军，却毫无效果。醇亲王看到北洋水师的实力，心悦诚服。

李莲英回京，向西太后禀报北洋水师乃是无底洞，挥霍无数。同时，提醒醇亲王向李鸿章要银子给西太后修园林。李鸿章却声称无银两帮忙修园林，西太后听闻大怒。李鸿章此刻才明白李莲英来巡视的真正用心，训斥李经方中了李莲英的计。光绪帝下旨升任邓世昌为总兵，率领致远等五舰；刘步蟾为总兵衔副将，管带旗舰定远号。

醇亲王奉西太后之令，看望光绪帝，父子之情难以抑制。1889年，即光绪十五年农历二月初三，慈禧太后终于归政，光绪帝结束了他的“实习期”，终于亲政。同时，光绪帝也收到台湾送来的一份“厚礼 ”——基隆煤矿恢复开工。

三名清军水兵在日本长崎被杀，以伊藤博文为总理大臣的日本内阁召开紧急会议，针对长崎事件，准备利用民众的狂热情绪，发动对清国的侵略战争，但此时的日本海军还不能够战胜北洋水师。长崎事件令大清朝野震惊，众人一致主战。而李鸿章不愿与日本发生冲突，认为该事件无伤两国邦交，重重阻挠。

李鸿章对“水兵被杀”一事力主不与日本发生冲突，皇上龙颜大怒。而此时醇亲王则拉着西太后看清漪园的最新样式图。西太后高兴之余，为给自己筹钱修园林，决定巧立名目成立“海防捐”，同时建议皇上“息事宁人”。

长崎事件之后，日本内阁紧急召开会议，因海军仍落后于北洋水师，为取得绝对制海权，在天皇授意下，日本内阁提出五千八百万元的五年造舰计划。闻悉李鸿章拒绝了赫德欲卖的一艘最新巨舰，日本立刻购得此军舰，并命名吉野。

张佩纶三年谪满，李鸿章召其回津，留于北洋幕中，暂替李经方。李经方则出使日本，借以刺探日本实力。张佩纶在回京途中，李鸿章之女李菊藕亲自为其接风，张佩纶十分感动。

为了把“海防捐”与修园林这两样结合得天衣无缝，醇亲王等人在昆明湖内欲建海军贵胄学堂。光绪帝为解醇亲王被西太后催逼修园林之难，让翁同和动用“海防捐”，开始修建清漪园。

台湾成功开通电报，刘铭传发电报要求朝廷同意基隆煤矿官商合办，以商为主。光绪与西太后意见不一，众大臣左右为难。

西太后恩准光绪出宫探望重病的醇亲王，病榻之上醇亲王叮嘱光绪，有同治帝前车之鉴，切不可违逆西太后。光绪帝在基隆煤矿一事上遵照西太后意思处理，仅把对刘铭传的革职查办改为革职留任。

刘铭传深受打击，导致失明，一怒之下上奏准请开缺，李鸿章以“海防”名义调其到海军衙门担任会办。张佩纶回津之后续娶李菊藕，李鸿章也借此将他留在北洋幕中。

光绪皇帝巡视八旗水师学堂，发现都是一群纨绔子弟，大为恼火。而筹措不到各省的银子来修园林，光绪也很是着急，翁同和提醒，现在的朝廷倒像是各路诸侯分割天下一般，不如找人开刀，杀一儆百，既可以立威又可以筹到银子。

罢官之前，在刘铭传和林维源等地方士绅的努力下，多年和清廷对抗的原住民四百多社，七万多人，握住了台湾第一巡抚刘铭传伸出来的挚诚之手，出现了民族团结的空前局面。刘朝宗与阿美族的阿妹相爱，欲与阿妹共同留在台湾。

刘铭传即将离台，台湾岛上至官绅下至普通百姓都依依不舍，集体相送。为示无私，刘铭传狠心拆散了刘朝宗与阿妹，将其带回老家。

南澳岛上刘永福未雨绸缪，积极备战，而王都司玩忽职守，被刘永福捉了个正着，遭到了严厉训斥。在极其艰苦的环境下，刘铭传率领岛上官兵不仅重修了炮台，研制了火药，自制了地雷，而且制定了详细的《守岛方略》，这些，都为他日后参与台湾保卫战打下了坚实的基础。

日本政府邀请北洋水师访问日本，武器是士兵的生命，一名清军士兵把裤子晾在大炮上时，正巧让伊东佑亨看见，从而坚定了其战胜清国的决心。日本上下一心，其对外扩张的野心让邓世昌等人不寒而栗。

光绪帝下令强制让新任台湾巡抚邵友濂把海防协饷上交国库，邵友濂将本来用于购置海防大炮的银子全数上缴。此时，为了防备日渐强大的日本，大清急需购置快速艇，巩固海防。但银子却被西太后拿去修了刚刚从清漪园更名的颐和园。