皇上突然失踪了，是在与严嵩密谈时被人擒走的。群臣无首，海瑞只得求歌笑帮忙。歌笑分析，皇上很有可能是被严嵩藏了起来，意欲何为暂不知晓，但为了安慰海瑞，之说可能是皇上要潜心修道，要严嵩帮忙演场戏，同时派出三娘到严嵩府一探究竟，并嘱咐她要小心，因为严嵩府里，有一个极其冷血的天才，那就是严嵩的儿子——严世蕃。朝堂之上，严嵩搬来五年来送给皇上的弹劾书，让灵童做法找出可疑之人，借机将反对他的人一一抓走，装神弄鬼，搞的朝堂难安。指责严嵩的尚书梁大人莫名被烧死，传闻是天母显灵，被鬼火烧死。海瑞带着小梅等人过来验尸，发现是由火油所烧。再经过调查明白真相，原来是梁大人是被人泼了火油，而引线是铜丝，烧时会是绿色的，难怪会被人认为是鬼火，歌笑指出，这精密的杀人计划，绝对出自严世蕃之手。一枝梅跟踪严世蕃，三娘在茶楼中计被抓，并且深受重伤；无求突然出现，围攻小梅和柴胡，此时歌笑也到了茶楼，周围突然涌出大队兵马，形势十分危急。

严世蕃聪明过人，视离歌笑为自己唯一的敌人和对手，当年，因为调戏如忆，被歌笑弄瞎了左眼，从此结下梁子。歌笑利用对流风，将风沙卷入，趁乱带三娘逃开，但最终抵不过追捕，自己也中了刀伤，三娘为救歌笑，一把将其推出窗外，自己深陷囹圄。无求没抓到小梅和柴胡，又遭到严嵩的责骂，竟然又开始跟严世蕃合作，准备大败一枝梅。一枝梅每个人都受了伤，歌笑反省最近他们的计划都被紧密监视，海瑞府中也一定有内奸。歌笑约海瑞在赌场见面，故意暴露行踪，柴胡立即发现海瑞的随从就是内奸。海瑞告知，严嵩又在朝廷用天母之名打击朝廷忠臣，歌笑听闻，想暂时把救三娘的计划搁置，先救出三位忠臣，他请求海瑞带他们进入皇宫，其他的，他们自己来筹划。得罪了严嵩的大祭酒和巡城将军路遇鬼火，貌似又是天母作案，两人莫名失踪，原来是被歌笑偷偷带到醉生梦死，他利用天母杀贼的传闻，先将两位身处危险的大人带走。然后利用反跟踪，歌笑用自己换走海瑞，并换上了歌笑的衣服，然后让小梅接走海瑞，将衣服挂在原地，引无求上当前去追捕时，海瑞早被转移，歌笑也混进了天牢，将三娘救出。

柴胡小梅带海瑞去醉生梦死酒馆，可海瑞隐约有种不安的感觉。歌笑对三娘说暂时不打算出去，先在大内观察，目的就是想找到失踪的皇上，却真被他们发现皇上就在宫中，自己藏了起来进行所谓的“修道”。歌笑将计就计，叫三娘假扮天母，带皇帝出宫，并叫太监传信，称皇上在自己手中，让严世蕃不敢轻举妄动。另外，他们计划把皇上也带回醉生梦死，让朝中三大忠臣亲口像皇上证实严家父子的恶行。醉生梦死突然发现有野狗跟踪，原来，是内奸在海瑞的靴子里留下母狗发情时留下的分泌物，让无求带队追踪，酒馆被无求兵马包围，危在旦夕。此时，老郑带领一众丐帮弟子来到，跟无求的部队抵抗。老郑让酒馆里所有人都离开，自己留下对付应无求，跟他决一死战！老郑最后惨死于无求之手，却为大家赢得了时间。歌笑赶回酒馆，发现老郑已死，伤心欲绝，三娘以皇上作为人质威胁官兵，带着老郑的尸首离开。海瑞等人被无求捉拿，变成掳走皇上的罪犯，全城发出皇榜，通缉在逃人犯离歌笑。

无求又在狱中折磨柴胡等人，严嵩和严世蕃想顺水推舟，嫁祸一枝梅就是掳走皇上的罪犯。歌笑带皇上去体验民间疾苦，想让皇上看清一切，拂去他被遮蔽心灵上的灰，并支走三娘让她去打探小梅等人下落。海瑞见狱中柴胡快要支撑不住，大叫要把全部罪行公诸于世。吏部，海瑞正在受审，严嵩突然来到，海瑞将严嵩十大罪一条条道来，遭到毒打，但也将严嵩气个半死，差点斩了他，但听审众臣建议等皇上回朝之后再发落。皇上将馒头发给贫苦百姓，歌笑趁机与其讨论什么是真正的长生不老，不是在于肉体，而是在于记忆，他告诉皇上，只有清明、勤政、爱民，你的名字就会流芳百世，这才叫真正的长生不老。歌笑知皇上开始明白道理，找人将其送回皇宫，但一脱险就立刻变脸，叫官兵杀了歌笑。三娘觉得适才歌笑神情奇怪，又返回来救歌笑。皇上返回宫廷，决定斩掉海瑞和柴胡，小梅，紧急关头，一枝梅帮助过的人们都受歌笑之邀请，纷纷前来相助，豹子帮张忠、无垢师太、梁日夫妇，柴嫣和刍狗全部到齐，大家同仇敌忾，准备最后决战！无求知道，处斩小梅等人，歌笑一定会来劫法场，于是全力备好兵马，也准备决一死战。

三娘带柴嫣和刍狗给柴胡等人送最后一顿饭，锦衣卫中尚未良知的黄水和林娇偷偷将柴嫣放入。无求故意引无求兵马到树林，早已埋伏在此的张忠等将其一网打尽。此时柴胡等人已经被带到刑场，皇上也亲自来监刑，送饭的柴嫣被严世蕃揭穿，故意演了一出苦肉计给皇上看，那皇上自觉善良，竟然放了柴嫣，给她机会让柴胡打开锁链，一时间大闹刑场。梁日夫妇招来大批蝗虫，让现场更乱，正在此时，无垢假扮的天母突然降临，说在场的人都不能杀，让皇上查清真相。蝗虫走后，严嵩建议再用灵童试试，结果显示是“不杀”，其实三娘早就将这两字写在灵童身上……柴胡等重新被关进牢房，三娘设计打晕看守，让他扮成小梅，自己带小梅出去，演一场戏。三娘又将皇上带走，小梅假扮严嵩跟严世蕃来了一场对话，严世蕃想当皇帝的狼子野心昭然若揭，这一切都被皇上听到，大怒，下令抄家。一枝梅的冤屈终于昭雪。不过严嵩和严世蕃还是逃脱了，他们会同应无求，准备对付共同的敌人，离歌笑。

无垢想让三娘回峨眉继任，歌笑一点也不挽留，让三娘十分生气，但又怀疑歌笑又事情瞒着大家，想自己一个人解决，不让大家帮忙。无求伙同严嵩严世蕃跟鞑靼人勾结，出卖大明布防图，想接鞑靼的力量翻身。三娘觉得歌笑有事，想去跟海瑞商量，结果发现海瑞被抓，自己也被无求捉住，以精密机关绑住，性命危在旦夕。无求冲到锦衣卫，说要见歌笑，在牢中，歌笑怒不可遏，差点把无求杀死，但又想起老郑的教导，克制住冲动。无求说除了抓走三娘，还剩两个时辰，炸弹就要爆炸，还跟鞑靼人做了一场交易，大明江山岌岌可危，他给了歌笑一个两难选择，到底是救三娘还是救国家。三娘不想歌笑为了救自己，置国家安危于不顾，可歌笑还是出现在三娘身边，无求气急，认为当年歌笑让如忆无辜牺牲，而现在却为了三娘可以抛弃一切。歌笑说只要无求放过三娘，他什么都愿意做，无求答应，两人决定最后真真正正打一场。原来，无求一直在严嵩脚下做事，为的就是给如忆报仇，让严家父子不得翻身，正在两人对打之际，严嵩父子正与鞑靼人交易，皇帝突然降临御驾亲征，将叛国者一网打尽。无求终于死在歌笑剑下，临死前他好像看到了如忆，终于得到解脱。夕阳下，一枝梅又接到新的任务，再度出发！