深夜，宋皇闯入宋慈的院内大呼：“宋慈，快来救驾”，随之一支利箭射进宋皇胸内。一声惊叫，宋慈从梦中醒来。宋皇下旨召宋慈进京复职。在回京的路上，宋慈智破了一民间命案，而英姑也在破案中“从天而降”。

宋慈刚刚到京，宫中内侍传旨召宋慈深夜进宫。

御史王儒璋私访湖州，发现护洪堤长期失修，汛期险情危危，他决定追查朝廷给湖州的五十万缗修堤资金，同时，新任湖州知府曹墨也开始追究五十万缗的下落。

一场洪水冲淹了湖州，洪水中一具尸骨露天现世，知县姜汝成水举尸骨上留下的玉佩，狂呼：“难道老天真要亡我大宋吗”，随后中风倒地。

曹墨自担了五十缗失踪之责，被押解进狱，临行时，他将玉佩交给妻子玉娘，让她将其交给宋慈。玉娘夜闯提刑司，将玉佩交给宋慈。于是，一场追查“皇室谜案”开始了序幕。

宋慈狱中夜访曹墨，宋慈告知曹墨玉佩为皇室之物，此案要上奏皇上，深查远究。户部尚书伍德告诉宋皇：不要因区区五十万缗鸿毛之案，乱了王朝安危的泰山之重。

王儒璋深夜狱审曹墨，曹墨宁死不吐五十万缗真情，并要出狱三日，办完灾后之事，而后愿受朝廷罪惩。

一个皇室贵胄的遗体埋在荒山野外，在史册上应有记载，宋慈来到史馆查寻记载，让宋慈惊讶地是史册上的皇子皇孙生时卒年的史册却被人撤去了几页，还导致一位史官丧命。宋慈推断：这是一场蓄意谋杀。

宋皇决定让曹墨带罪去完成湖州灾后之事，曹墨皇街上跪谢圣恩。户部侍郎李佑淳告知伍德圣上放了曹墨，并不意味五十万缗专银案结案了。而是有着更大的案底会揭出。让伍德“小心”。

宋慈来到天目山寻访当年的太子太傅阚愚直，宋慈将玉佩展示在阚老先生面前时，二十年没有言语的老先生唤出了一声：“起风了”。