济王和阚必昌同时死在了客栈，必昌被杀坠落楼下，济王中毒死房内。

客栈的“不速之客”们被宋慈封在了栈内，这其中也有双手沾满鲜血的妙姑也在其中，他在现场见到了前夫伍德。

栈内的妙姑双手沾满了鲜血；杜汝圭、吕蒙臣夜访济王与其争吵疯狂；曹墨、邹少卿夜闯济王住房；宋皇贴身太监何昚衣襟破损留下证据；伍德出现在济王被杀房内；谁是凶手？

一场断案推理在小小客栈开始了。此时，唐知县急城内文房四宝店店主被杀，英姑急奔现场。

断案现场妙姑惊呼：你们都是凶手；杜、吕两人是为济王要以大宋安稳为重，劝说济王不要争抢圣座；曹墨、邹少卿是来谋杀济王，可没能得手，济王先死于他们下手之前；何昚衣襟破损证据留在远离济王住房的柴屋内；伍德是在济王中毒后才冲进房中，凶手究竟是谁？这时，英姑由文房四宝店查案归来，她向宋慈展示了现场发现的假遗诏檄文底印。

宋慈对现场查验断出济王是自毒死亡，而阚必昌却死于济王刀下。宋慈哭悼济王，并闯宫锤响了四十二年没人敢敲的登闻鼓，击鼓惊朝。

宋慈闯惊驾，恳请圣上将太子谜案公示众臣，宋皇赐宋慈御酒一杯，并告宋慈四十二年前一臣击鼓惊朝，先帝赐了他一杯赐酒而死，你今天也同是如此。

宋慈接过酒杯一饮而尽，酒后善言训斥圣上不该阻止济王进宫，失去他们兄弟解难之机。言后御酒仍未毒性发作，这时宋慈才发现御酒是用可试毒的银杯所装，宋皇感慨地说：不想失去一位忠诚的提刑官。也就在同时，宋母因未见儿子宋慈，出宫急气而死。

宋慈披孝上朝，将二十年的“皇宫奇案”公示天下。