特工组找到了竹内云子，在她被转移的前一刻将她击毙。震惊世界的“南京大屠杀”发生了，日寇将当时在南京的一批外国记者秘密押送到上海。欧阳剑平的旧友、国防部参谋王铁生冒死将这一重要情报送给中共地下党冯先生，要求尽快找到约瑟夫的奥地利记者。欧阳剑平了解到这批记者的关押点是一个郊外学校，约瑟夫却一时不能相信他们，持不合作态度，幸亏王铁生的遗物——一支钢笔，解除了疑团。由于约瑟夫提供了证据，日寇不得不将这批记者释放。约瑟夫却潜回了南京，为了拿出自己拍下记录日寇暴行的胶卷。

酒井在教堂截住了马云飞，却没有留心隐藏的何坚，经过一场枪战，他们终于脱险，约瑟夫还是牺牲了。日寇在南京的暴行在全世界曝光，引起愤怒与谴责。汪精卫已经公开投敌，马云飞想通过中西平了解情况，他们在接头的咖啡馆内突然遇见可酒井的突击检查。中西平巧妙地马云飞换装，以掩护其脱身。当马云飞从后窗跳出时，遇见设伏的敌人。眼看马云飞要遭到毒手，他身后传来一枪，将敌人击毙，马云飞趁机逃脱。

为了刺杀汪精卫，戴笠亲自部署，让老于来上海和汪精卫集团的傅仁宗联系，希望取得他的内应。傅仁宗当面答应，暗中却将老于出卖。当老于的人准备动手之际，却遭到暗算，几乎全军覆没。戴笠密令老于立即除掉傅仁宗，老于找马云飞联系，遭到拒绝。欧阳剑平从冯先生那里得知傅仁宗手里有一份杀害进步人士的黑名单，上级指示拿到这份名单，并将傅仁宗除掉。报仇心切的老于提前单独行动，不仅没有得手，反而惊动了傅仁宗。冯先生让马云飞化装成理发师深入傅仁宗家单独行动。

就在马云飞即将得手之际，意外地遇见前来护送傅仁宗出席宴会的齐冠雄，最后马云飞机智脱险，但他的任务却没有完成。傅仁宗反而更加谨慎了，几天后他得病了。欧阳剑平决定让高寒化装成上门打针的护士，但她却没有胆量去完成任务。高寒去看望同学、记者韩青，她们分手之后，韩青就遭到齐冠雄的暗杀，血腥的现实使高寒有了勇气，前去傅仁宗家执行任务。特工组截获了去傅家的医生和护士，由李智博和高寒化装同行，傅家警卫却将李智博拦在门外。

高寒独闯虎穴，利用傅仁宗的好色，机智地将“黑名单”拿到手，并且除掉了傅仁宗这个汉奸。1939年，高寒破译了一份来自柏林德军司令部的密电，叫格尔的盖世太保要来上海，欧阳剑平部署监视格尔的行踪。他们打听到格尔此行是要寻找一个叫托马斯的犹太人，此人表面上是二级钳工，实际上是研究重水的专家，德军寻找他就是为了研究原子武器。这个谜底也被酒井掌握了，她来到图书馆查询托马斯的资料，遇见前来还书的马云飞。

何坚通过犹太人汉斯打听到了托马斯下落。托马斯被汉斯秘密藏在自己家的暗室，汉斯开始却不肯承认，高寒利用红十字协会的玛尔娜教授来说服汉斯，还是没有效果。酒井也展开部署，对上海犹太人定居点进行全面清查。眼看托马斯就要暴露，却被何坚机智地将敌人调开，这件事情赢得汉斯对他们的信任。何坚将托马斯藏在粪车内运出犹太人定居点，还是被便衣发现了，托马斯落到了敌人手里。