灰太狼受到修建海底隧道的新闻启示，决定修建一条通往羊村的地道。无意间被村长识破，于是喜羊羊将计就计破坏灰太狼的计谋，令灰太狼跌落羊羊们设下的一个又一个的圈套。一会儿受到水淹；一会儿又被炸弹炸得面目全非；一会儿又被误道到南极，冻作冰雕。最后，更由于羊羊们对路标的破坏，令灰太狼挖坏了森林里许多动物的巢穴，动物们群起而攻之……

灰太狼发明了可以隐形的药水，于是潜往羊村。不料药水的隐形时间有限，被喜羊羊识破，可是懒羊羊还是被被灰太狼抓走了。慢羊羊发明了可以对付灰太狼的防水隐形药水，喜羊羊等人救出懒羊羊，灰太狼的补羊计划再次落空。

羊历3131年，青青草原上，羊羊族群已经十分兴旺发达。在羊羊一族里面已经有小镇，有学校，有超市，有美容院，所有羊羊族群的羊都幸福快乐地生活。

可是，在对岸的森林里，灰太狼带着他的妻子红太狼却对着一群群的肥羊咽着口沫，红太狼看到了羊群，知道丈夫带她离开狼群是对的，问题是灰太狼什么时候到对岸去把肥羊抓回来，让她一尝羊羊大餐……

大家正在苦思妙法彻底解除狼的威胁。这时慢羊羊想起十几年前有人送过一个神奇宝盒给他，只要危难时就可以战胜敌人！正当大家喜悦，喜羊羊更把灰太狼招来之际，慢羊羊却说年月太久，宝盒不知掉哪角落了！幸亏最后寻到，大家胆量倍增，与灰太狼决一死战，吓得灰太狼落荒而逃，这时却发现宝盒是空的……

灰太狼得着了祖先留下来的“鹰狼复合”的技术，无奈只抓到了猫头鹰，只好将就与其复合。灰太狼得意的飞到羊村上空示威，不料复合后的鹰狼状态只能维持三分钟，抓羊失败后的灰太狼回到古堡后，再次与猫头鹰复合。谁知复合鹰狼保留了猫头鹰白天睡觉的特性，结果在羊村铁栏杆上睡着了。一教醒来，发现自己被吊在半空，吃人鱼正围着他蠢蠢欲动。

灰太狼发明了一个羊肉切割机，将此机器伪装成一个魔术箱。灰太狼伪装成魔术师去羊村卖艺，欲将羊一网打尽，却被喜羊羊反骗灰太狼进入了切割机。一心等着吃羊肉的红太狼没等到羊肉，反而等到了灰太狼的身躯碎片。