全真教甄志丙、赵志敬前来抗蒙，霍都找赵志敬被甄志丙发现，赵志敬说出甄志丙强暴小龙女相威胁，被窗外小龙女和郭芙听到，小龙女追杀赵志敬和甄志丙，七天七夜后杨过醒来，天竺僧说情花毒已经深入骨髓，银针毒和情花毒相克，杨过命在旦夕，决意去绝情谷寻找解药。 郭芙拿着小龙女给她的淑女剑找杨过杨过算账，盛怒之下砍断杨过的右臂，杨过被郭芙砍断右臂后出走，杨过来找神雕。 郭靖责打郭芙，被黄蓉护着郭芙逃出襄阳城。 小龙女一路跟随着赵志敬和甄志丙，金轮国师路碰赵志敬和甄志丙被小龙女跟着，金轮国师答应赵志敬保护他，甄志丙不得不跟赵志敬投靠蒙古。 金轮国师和赵志敬等人路遇老顽童偷走蒙古军旗，金轮国师激老顽童趁他不在营中时偷旗无耻，要他把旗送还夜晚再来重偷。

金轮国师使诈，周伯通中计，小龙女救下周伯通，二人被堵在偷旗的洞内，周伯通教小龙女左右互搏之术，小龙女领悟到一人使用玉女心经的诀窍，金轮国师放毒蜘蛛封洞，小龙女引来群蜂破其蜘蛛，野蜂赶走金轮国师，周伯通以毒攻毒用蜂毒化解蜘蛛之毒得救。 在神雕精心的照顾下杨过很快就康复了…… 神雕带杨过来到剑冢洞取得重剑，杨过开始练重剑……跟随着神雕来到山涧中练重剑……

杨过向神雕告别潜到郭家要寻断臂之仇，正遇郭靖为杨过之事要砍郭芙一臂相还，黄蓉护郭芙逃出襄阳，途中遇李莫愁怀抱郭襄，黄蓉追至二人较量武功，黄蓉见李莫愁对郭襄情义颇深，假意杀郭襄要李莫愁以命相换，李莫愁迟疑，黄蓉感动，告诉李莫愁郭襄不是小龙女和杨过的孩子，此孩是自己的女儿，二人却发现郭襄不见了，郭芙看到杨过抱着郭襄跑来告诉黄蓉和李莫愁，三人同去终南山找杨过。

终南山重阳宫正要甄志丙接任掌教，霍都来宣蒙古王旨意，赵志敬以小龙女之事逼甄志丙把掌教之位让于他，甄志丙屈从，以身有病让于赵志敬接任掌教，众道不服赵志敬与之理论，霍都等人挑衅与众道动手，全真弟子将霍都、潇湘子困住，金轮国师赶到打伤王志坦，全真弟子又被金轮国师绑起，赵志敬命清笃杀死甄志丙，小龙女出现，言称亲手杀甄，先杀赵志敬，金、潇和小龙女动起手来，甄志丙替小龙女挡住金轮以死谢罪，丘处机等人全真五子功成后出来围攻小龙女，小龙女在金轮国师和丘处机的夹击下受伤，杨过出现救走小龙女 小龙女问杨过何以断臂，杨过具实相告，误会解除，丘处机等人拦住杨过和小龙女，尼摩星被杨过一掌打伤，杨过连续打败蒙古一族，劝说马光佐归农，杨过挟持孙不二，要在重阳宫大殿上和小龙女成亲，替祖师婆婆出气。 丘处机带人摆下七星大阵围攻杨过和小龙女时，周伯通带着玉蜂赶来，二人趁机逃出重阳宫，留下玉蜂浆。

赵志敬被逼向丘处机等人说出甄志丙玷污小龙女一事，周伯通趁机偷走玉蜂浆，周伯通耍赖脱衣时，玉蜂浆被扣在钟下的赵志敬捡去，赵志敬用其威胁众道，却被群蜂蜇咬中毒而死 杨过带着小龙女、郭襄潜水回到古墓，小龙女穿上了祖师婆婆留下的嫁衣，从箱中又发现了王重阳给祖师婆婆写的信，信中得知祖师婆婆和欧阳锋交过手，杨过从寒玉床上悟出救小龙女之法。 朱子柳、天竺僧等人来绝情谷为杨过寻找解药被抓，武家兄弟逃出回去报信，武家兄弟路遇耶律齐、耶律燕被追杀，出手相救…… 黄蓉劝说郭芙见了杨过向他道歉，郭芙不服，李莫愁亦看不惯…… 大小武、耶律兄妹又遇完颜萍被公孙止抓，出手相救……郭芙完颜萍又被公孙止抓住，耶律齐救下郭芙，李莫愁和黄蓉赶走公孙止……

武家兄弟将朱子柳等人被抓之事告诉黄蓉，黄蓉决定先到古墓找到杨过再一起去绝情谷求解药…… 杨过和小龙女带着郭襄在古墓生活，李莫愁带众人从水道进入古墓，李莫愁使诈困住众人，独自去找杨过和小龙女，耶律齐等人听到郭襄的哭声设法逃出，杨过助小龙女用内功打通经脉疗伤，李莫愁突至出手，毒掌内力传遍小龙女周身 杨过逼向李莫愁要解药，重剑的威力令李莫愁畏惧，杨过带小龙女离开到另一房间，耶律齐等人听着打斗声寻找杨过，杨过设计将李莫愁关进棺材，听到声音也躲进了棺材中，郭芙捡到李莫愁的冰魄银针，误伤棺材中的杨过和小龙女，还出口伤人，杨过盛怒下抢走郭襄，小龙女知道自己命不久已，让杨过走，杨过不肯，李莫愁从棺材中飞出…… 蒙古军烧山，众人逃出古墓，小龙女要杨过和她出去看看外面的世界……众人出来却不见黄蓉，郭芙把李莫愁误认为是黄蓉，李莫愁点中郭芙穴道扔进火中，耶律齐冲进火中救郭芙却被木树挡住出路，小龙女见郭芙遇难劝说杨过救郭芙，杨过将郭襄还给黄蓉，冲进火中救下郭芙和耶律齐，与小龙女离去。 杨过带小龙女来到秦岭山脉，遇到一灯大师和慈恩，慈恩杀性大起，杨过见过一灯大师，一灯大师赠于小龙女药丸，愿与二人一起去绝情谷找师弟天竺僧。 杨过、小龙女等人来到绝情谷，看到李莫愁逼洪凌波杀陆无双和程英，杨过赶来救下陆无双和程英，李莫愁将陆无双和程英扔进情花坳中，杨过跳进情花池救出陆无双和程英，自己却被情花刺伤，李莫愁将洪凌波扔进情花坳中做垫脚石，逃出情花坳。