郭襄来到校场，接到了杨过送给她的第一件礼物…… 宣布耶律齐为丐帮帮主时，何师我阻拦，言称打狗棒不在不能做帮主，并要和耶律齐比武。何师我暗中用兵刃伤了耶律齐，同时也被耶律齐的软猬甲所伤，何师我在台上耀武扬威，杨过给郭襄送来了第二件礼物，达尔巴……达尔巴上台揭穿霍都的真面目，从霍都手中找出打狗棒，青灵子将打狗棒交给郭襄…… 装死的霍都突然起身挟持郭芙，被两枚石子打死，黄药师现身为郭襄祝寿，杨过带着南阳大火从烟花中从天而降，。杨过见过郭靖和黄蓉，拒做丐帮帮主，与黄药师悄然离去，耶律齐为丐帮帮主。 杨过和黄药师离去令郭襄失望，黄蓉告诉她杨过和郭家的渊源…… 杨过和黄药师用黯然销魂掌法消遣潇湘子、尹克西和黑脸汉子……

杨过在和黄药师比试掌法中无意说到南海神尼，黄药师竟不认识她，杨过精神崩溃…… 郭襄从黄蓉口中得知杨过和他们家的渊源…… 郭襄给郭靖黄蓉留下信去找杨过，郭襄路上打听杨过的消息被金轮国师听到，金轮国师骗郭襄是郭靖的朋友，带走郭襄，郭襄和金轮国师遇见长须鬼和大头鬼，长须鬼和大头鬼欲救郭襄，被金轮国师杀死，郭襄始知金轮国师实乃恶人，郭襄不吃金轮国师的东西，趁他睡着偷偷溜走，金轮国师追上郭襄，郭襄不忍用石子砸死金轮国师，用石头把他压住逃走 郭襄激金轮国师带他去见杨过，金轮国师答应郭襄，金轮国师先带郭襄来到蒙古营中，柯镇恶听到蒙古军说郭襄被金轮国师抓住，柯镇恶路遇仇人沙通天等四人，柯镇恶求四人容他办完一件事后再来受死，柯镇恶找程英、陆无双，到襄阳报信郭襄被金轮国师抓走。 杨过码头喝酒听到船工说要去嘉兴，杨过来到铁枪庙，柯镇恶来赴约给沙通天等人九花玉露丸，杨过听到柯镇恶说起杨康之事，愤怒之下要杀柯镇恶，柯镇恶宁死也不说杨康的好，杨过终相信父亲就是这样的人，柯镇恶告诉杨过郭襄被金轮国师抓走杨过要柯镇恶替他给杨康立碑。 陆无双和程英告诉了郭靖郭襄被抓，黄蓉要亲自去救郭襄…… 金轮国师带郭襄去绝情谷……

黄蓉、程英、北上继续找郭襄，路上遇到蜜蜂黄蓉让大家跟着蜜蜂走，到了老顽童的住处，黄蓉来见老顽童，老顽童却闭门不见，一灯大师接待黄蓉…… 黄蓉在老顽童的蜂翅膀上的字误出小龙女在绝情谷谷底下。 杨过等待小龙女无望之下跳下崖，正赶来的郭襄跟着也跳了下去，赶来的金轮国师只抓到郭襄的一只鞋子，二人掉进崖底水潭，郭襄将第三根银针拿出，要杨过答应她第三个愿望，就要好好活着。 黄蓉等人赶到断肠崖见金轮国师却不见郭襄。 周伯通、一灯大师和金轮国师打起来…… 雌雕受伤坠入深谷，雄雕将雌雕和郭襄救上来…… 杨过看到玉蜂，得知小龙女就在潭水下，杨过跳下潭水中，进入洞天府地，见到他整日思念的小龙女……小龙女和杨过互吐情思，讲述离别后的经历。 蒙古皇帝蒙哥亲自来攻打襄阳城……

郭靖、耶律齐苦守襄阳城，黄蓉、黄药师、周伯通、一灯大师、程英、陆无双、陆无双等人赶回为襄阳助战，在蒙古后军放火，蒙哥看到郭靖长箭穿夫吓得后退，收兵明日再战。 杨过在洞天福地预感到郭襄有危险，带着小龙女前往襄阳助战。 金轮国师将郭襄绑在战车高架上来要挟郭靖投降，郭靖等人摆阵救郭襄，金轮国师要郭襄劝郭靖投降，郭襄大骂金轮国师无耻，郭靖安慰黄蓉要以国家为主，众人眼看郭襄被烧，杨过小龙女和神雕赶来救下郭襄，架车倒下，金轮国师不顾一切保护郭襄，郭襄终于叫了一声金轮国师为师父。耶律齐被蒙古军包围，郭芙给杨过跪下求他救耶律齐，蒙军大败。杨过以高强武功，万军之中杀死了蒙古皇帝，蒙军顿时崩溃，解了襄阳十六年的围困。 襄阳城庆祝，郭靖对杨过还是那句话“为国为民，侠之大者” 杨过小龙女不告而别，郭襄目送杨过和小龙女、神雕离走，留下神雕侠在世间流传。

杨过和小龙女二人离开古墓后，藏身于一木屋之中，后丐帮马彭二长老路经借宿，原来彭长老为想成为南派丐帮帮主，竟与蒙古军秘密计划侵宋活动，马长老籍此威胁彭长老传授摄魂大法，彭长老不答应，马长老遂起杀机，被杨过识破。其后一灯大师和裘千韧纷至，裘千韧忽然狂性大发，彭长老乘机以摄魂大法假借裘千韧铁掌功杀马长老，裘千韧清醒后觉惭愧。杨过绝望之余希望一灯大师治疗小龙女，可惜一灯大师重伤未愈，遂以一药丸暂保小龙女性命，指出惟有天竺神僧才有救命之法，于是一起前往绝情谷救天竺神僧。

周伯通携全真教经书南奔，途中见郭芙被李莫愁所制，于是假扮女妆解去郭芙穴道，其后还令全真弟子五年之内光复全真教。郭芙被李莫愁追杀之际，突为公孙止擒拿为妻，郭芙施美人计灌醉公孙止，终得周伯通之助脱离险境。另一方面，郭芙因任性而受耶律齐谴责，大为内疚，二人感情渐渐突进。李莫愁追杀周伯通时，被傻姑困于陷阱之中，程英为报师父黄药师被辱之仇，以玉箭剑法攻打李莫愁，不敌。李莫愁反以银针杀傻姑。李莫愁在绝情谷中围攻程英，在混乱之中，杨过飞身入情花丛中救程英，李莫愁中情花毒身受重伤。