被杜嘉兴释放的小林觉回到了日本人中间，日本人却恭敬地叫出他另外一个名字，那才是他的真名，他是日本的细菌武器专家，也是美国人在战后首要通缉的人。日本人要拥戴他来执行一项焦土计划。徐德庸猝死，各地漕帮老大纷纷来北平，表面上是祭奠，骨子里却惦记着争夺漕帮大权，徐根生施展手段，借助徐暖暖的身份捍卫着大权。他出示了徐德庸的遗嘱，漕帮大权暂时由他选定的女婿彭克虎接任。实际上，徐德庸并没有死，死在枪下的那个人是徐根生为他找的替身，当初胖厨师之死，也是因为撞破了替身之秘密。徐德庸躲藏起来，指挥了徐根生应付各路人马。为了避免彭克虎卷入江湖门派之争的麻烦，刘主任安排他连夜坐火车回根据地复命。胡晨光和林家山交流，发现林家山一直在怀疑死的那个不是徐德庸，为了逼出徐德庸，胡晨光要导演一场开棺验尸的闹剧。彭克虎得到讯息，他赶到徐公馆，阻止了开棺验尸。徐暖暖也知道父亲没有死，她知道父亲假死是为了继续力量，和那些想害死自己的人算总帐，于是她也来劝彭克虎离开北平，免得他被殃及池鱼。

彭克虎看到这种情况，反而觉得蹊跷，他卖掉了徐暖暖给他买的火车票，再次回到八办，他到底要看看会发生什么。日本人已经开始按部就班地实施焦土计划了，他们发现杜嘉兴正在到处寻找他们，原来小林觉的真实身份已经被杜嘉兴知道了，他担心自己放走了可怕的敌人，所以想再次找到他。徐根生终于从老幺手里拿回了自己的把柄，他匆忙销毁了把柄，反而引起了老幺的怀疑，因为那些把柄只有在徐德庸还活着的前提下才有威胁，徐根生为什么这么急切哪？徐根生来向老幺告密，说出了徐德庸藏身之处，徐德庸利用假死的空闲，调用秘密培养的势力，在重庆不断挑起事端，酝酿着反抗的力量，军统高层严令杜嘉兴要控制局面。

日本人执行焦土计划，需要占用羊肉胡同的一处宅子，那里是日本人当年的细菌研究所，小林觉的研究成果还藏在那里的密道中，为了得到这处宅子，日本人再次约见了杜嘉兴，而杜嘉兴此刻也急需日本人帮忙，于是一拍即合。徐德庸设下埋伏准备将暗害自己的力量消灭，不料带人来杀他的竟然是徐根生。原来徐根生早就觊觎帮主之位，想要篡夺位置，他鼓动几个有野心的分舵主出面叛乱，却被徐德庸无情粉碎。徐德庸带着徐根生，途中却被老幺带人拦截，他们开枪打死徐根生，劫走了徐德庸。他们在徐德庸随身携带的箱子里没有发现那份戴笠证据，于是关押起他来，胁迫他交出证据。

彭克虎想老幺表明心际，说服她释放徐德庸，他们匆忙赶到关押徐德庸的地方，却发现徐德庸刚刚被胡晨光带走。彭克虎找胡晨光要人，胡晨光逼彭克虎交出证据---那些证据早就被徐德庸转移给了彭克虎。彭克虎准备拿证据换人，林家山则出面阻止，建议他让胡晨光彻底暴露。他们设计保住了证据，救出了徐德庸，看完了那些证据，林家山很痛苦，他心目中的军统形象再次蒙尘。徐德庸其实已经和重庆派来的特使廉主任建立了练习，廉主任受命调查军统内部有人涉嫌伤害徐德庸的案子，徐德庸让他亲眼看到了胡晨光和杜嘉兴对自己的迫害，廉主任出面扣押了这两个人。老幺为救胡晨光，冒险潜入八办偷那些证据，却被抓住，彭克虎向刘主任求情放了她。不料等老幺回到家，却发现胡晨光为保住自己的位置，已经做好了和老幺一刀两断划清界限的准备，老幺很伤心。在杜嘉兴帮助下，日本人进了羊肉胡同，拿到了以前培养的菌苗，为了试验菌苗的活性，他们在一具被他们杀死的中国人身上布下了菌苗，很快蔓延起来，由于有强烈传染性，羊肉胡同被全面封锁起来。

廉主任也提出了自己的条件，希望徐德庸公开发表支持蒋介石的声明。徐德庸向刘主任求教，刘主任指出了这份声明的危害，徐德庸经过思考，决定拒绝发表声明，刘主任提醒他要小心廉主任狗急跳墙，徐德庸不以为然，他认为国民党内部争权夺利，正好方便自己游刃有余。羊肉胡同的瘟疫流行，北平人人自危，徐德庸让彭克虎把一些钱送到某处，彭克虎发现那里的人是死里逃生东躲西藏的徐根生。廉主任被拒绝，立刻释放了杜嘉兴和胡晨光，给他们的任务就是摧毁不为所用的徐德庸。杜嘉兴和胡晨光这才得知，他们两个的顶头上司已经投靠了廉主任的麾下，于是立刻开始精心谋划，他们将伪造的证据放进了羊肉胡同

林家山在调查羊肉胡同细菌案件时发现了一份日本人给汉奸授勋的名单，上面赫然有徐德庸的名字，根据名单，军统突击搜查了徐公馆，当然又发现了胡晨光准备的另一份证据——一枚货真价实的日本勋章，两相对照，徐德庸坐实了是一个曾接受过日本勋章的秘密汉奸的事被披露，他将被以汉奸罪惩处。对于徐德庸是否是汉奸，彭克虎找老幺询问，却无意间说出徐根生还活着的事情，老幺如获至宝，不动声色地敷衍着彭克虎。徐德庸相信自己是无辜的，他决定接受审判，但是让他没有想到的是，徐根生竟然作为证人出现在法庭，还当堂指正他是汉奸。彭克虎这才知道是自己泄露了徐根生的消息而被老幺利用，他给了老幺一个耳光，声言一刀两断。徐德庸被押上囚车，他事先安排的劫车行动如期展开，徐根生被他亲手杀死。他消失在茫茫人海中，所有的人都在急切地寻找着他。