Mr.匠在和吉泽通电话时。告诉他。京介是他的孩子。对他最重要的人现在在他手里。并命令吉泽让京介来见他.而这时三九彻夜未归。电话又打不通。所以三九的父母来到了秘密间谍部.这时他们才知道原来对京介最重要的人是三九.而京介又下落不明。于是多萝西。来栖就在街上上演了一场闹剧。逼京介现身......

另一方面。三九在与Mr.匠的对话下知道了京介的真实身份......

京介一行人找到Mr.匠的秘密小岛，但是自卫队却因为马上到来的台风迟迟不肯答应帮助。京介、多萝西、雾山三人登上小岛之后，很快就被Mr.匠的人抓住并关在监狱里面。此时Mr.匠要求单独见见京介，要求京介做一个双面间谍。京介正在犹豫的时候，被押在这里的三九却告诉京介一个关于整个世界的重大秘密。

由于京介誓死不从，所以Mr.匠打算和京介玩俄罗斯轮盘赌，并在京介身边施加压力。京介最后被迫答应Mr.匠的条件，成为双面间谍，这时Mr.匠要求京介杀掉多萝西以示诚意。多萝西在最后的关头向京介表白，旁边的三九却是一脸的伤心无助。

凭借着ERISU的发明，大家又逃过一劫，但是Mr.匠却趁乱逃脱了。为了救三九，京介再次回到三九被关押的地方，却发现三九要置自己于死地……

京介因为救三九耽误了一些时间，不得不独自逃命，由于逃生的铁门被关上，而且开动铁门的电线不够长，京介发现来栖送给自己的香蕉可以派上大用场……

由于台风的袭来，直升机不得不起飞，而京介还在岛上……

由于舆论压力，吉泽首相被要求公开谍报部的存在。

另一方面，逃脱的Mr.匠说在谍报部里有他的间谍……

首相被身边的间谍押到Mr.匠的身边，俩人的恩怨则需要追溯到三十年前。

首相从Mr.匠手中逃出，到达了谍报部，但是谍报部里面的人大都背叛了，不得已首相被京介秘密送到三九家躲了起来京介也能够和首相谈论起了自己的身世……多萝西开枪击中了吉泽首相……

吉泽首相并没有生命危险，但是身边的间谍却一个又一个冒了出来。Mr.匠投放了一枚导弹，使得整个东京达到了40度高温并且还有持续上涨的势头。

此时，京介回到谍报部，没有借助其他的力量，说服了叛徒们。重新凝聚在一起的谍报部一起研究如何将这次恐怖袭击破坏。

首相发动大家一起到街上泼水降温化解危机。

BOSS示意京介已经恢复了自由，但是京介却喜欢上了这份工作……