日本举国献金购舰，而大清却把海军军费变成了修颐和园的银子，一直到甲午中日战争爆发北洋水师再没添置一条新船、一门火炮。 一八九四年二月八日，朝鲜爆发了“东学党起义”，五月三十一日，走投无路的朝鲜王廷，正式请求清国派出援军，协助镇压东学党起义。 总理大臣伊藤博文发现这是推进日本大陆政策的绝好时机，因此内阁商议准备利用十年前中日天津条约的漏洞，在清国出兵之时也同时出兵朝鲜，实施其侵朝作战计划。此时大清上下围绕着西太后的六十大寿忙得不可开交，无暇顾及朝鲜。日方用计骗袁世凯上当，导致清廷错判时局，派直隶总督叶志超率兵赴朝鲜。孙毓文提醒李鸿章提防日方有诈，李鸿章等人却妄断日本不会挑战大清。当清军徘徊于朝鲜海域时，日军先遣部队已抢先登陆。 东学党之乱顺利平叛，清军准备班师回国，却发现日本丝毫没有撤军的意向，反而继续增兵，要在朝鲜与大清平分秋色。此时李鸿章急请俄国调停中日争端，但翁同和却认为这是“以夷制夷”的老调重弹。

光绪皇帝命李鸿章调兵急速赴朝！而日方则借朝鲜内乱之际称：两国一海之隔，朝鲜内乱必会危及自身，拒绝撤兵。 李鸿章“按兵不动，抗旨不遵”的行为惹怒了光绪皇帝，西太后劝他耐心等待。日本外务大臣谎报清国增兵朝鲜，至此议会当中不再有反对日本继续增兵的声音。 北京，光绪皇帝微服，在吉祥客栈接见刘永福，但刘永福最终仍没有得到他想要的军械粮草。 为急于寻找和中国开战的借口，日本军队冲进朝鲜王宫，劫持国王，成立了以大院君为首的亲日傀儡政府。七月二十五日，日本军舰不宣而战，以强大的火力击沉了广乙兵舰和高升号商船，船上一千三百名士兵牺牲。济远舰管带方伯谦贪生怕死，仓皇逃跑，甲午中日战争的序幕从此拉开。此时恰逢光绪皇帝生日，孙毓汶和李鸿章隐瞒了败仗事实。 光绪皇帝接见方，方伯谦谎称杀出日军重围，重创敌舰，光绪大喜之下重赏方伯谦。而此时日军突袭牙山，伪造开战理由。朝鲜提督叶志超称已离开牙山，转进平壤，光绪皇帝下召宣战，日本随即宣战。

光绪皇帝接到台湾巡抚邵友濂急电加强台湾及东南沿海各省的海防。李经方从日本带回日本取得牙山大捷的消息，而李鸿章却接到叶志超已进入平壤顺利会师的捷报。他要叶志超固守平壤两个月。日本决定冒险一搏，天皇签署了军令，向国民紧急募集五千万日元公债。 日军因粮草将尽，向平壤发起最后的猛攻，叶志超弃城逃跑，左宝贵率部死守，直至战死。此役清军伤亡惨重，日军则缴获大量军用物资和粮草。北洋舰队返回旅顺港途中与日本舰队相遇，经过几小时生死较量，北洋水师的五艘军舰被击沉，邓世昌等七百多名北洋水师官兵壮烈殉国！而伊东佑亨对此战果却并不满足。 李鸿章得知败仗消息后十分悲愤。方伯谦在海战中临阵脱逃，被丁汝昌就地正法。 光绪皇帝下旨抚恤阵亡将士。翁同和参劾李鸿章欺君，告诉光绪帝大东沟一役实际上是大败仗，并称李鸿章匆忙去旅顺港是为了替丁汝昌掩盖败绩。丁汝昌杀方伯谦也是为怕走漏战败的风声，光绪闻之大怒。

钦差奉命传旨将丁汝昌革职拿问，逮捕进京，刘步蟾当众抗旨，怒诉败仗原因。李鸿章为丁汝昌之事向光绪求情。 伊藤博文确立了征服北京的新战略目标。此时桦山资纪向伊藤博文提出：趁清国兵力集中东北，日军进攻台湾。但伊藤博文觉得时机尚未成熟。 唐景崧向邵友濂提出倭人必犯台湾，让他请旨增援。丁汝昌拜见李鸿章，得到“保船慎开”的指示。 台湾，丘逢甲与唐景崧分析台湾防务并拟组织保台义军。西太后对光绪皇帝十分不满，力请恭亲王重新出山主政。李鸿章让恭亲王尽快请英国联合美国、俄国出面调停。丘逢甲的台湾“义军”建议不被抚台采纳，与唐景崧商议改“义军”为“团练”。 刘步蟾趁大雾掩护，平安将北洋水师余舰转移至刘公岛。李经方本奉李鸿章之命邀刘铭传出战，却因其存有私心，仅仅向刘铭传请教鸭绿江战事，邀其出战则只字未提。与此同时，李鸿章接到电报，称日军渡过鸭绿江，直扑九连城。 南澳，刘永福招兵买马积极备战，民众热情响应。

几经掂量，光绪皇帝放弃启用刘铭传，改派刘坤一节制东北作战的各路清军人马。就在日本猛攻鸭绿江防线的同时，日本第二军绕到清军背后，从辽东花园口登陆，他们发现这一带海岸，居然没有设防。光绪皇帝吃惊日军进攻速度如此之快，孙毓汶向光绪介绍战况。 邵友濂接到北京的电报，调他改署湖南巡抚，台湾巡抚暂由现任布政使唐景崧署理。唐景崧派丘逢甲统管台湾义勇操练所有事宜。丁汝昌前去天津拜见李鸿章，并请战救援旅顺口，但被李鸿章断然拒绝。 刘永福不让朱小有去台湾，命他在南澳看管“宋井”，为父亲守墓，可朱小有却和刘秀蓉一起混上船,去了台湾。就在慈禧太后六十万寿的时候，日本第一军又攻陷了大连，进而包围了旅顺口。仅仅十五天后，日本侵略军攻占了旅顺，为逼迫清政府投降实行残酷的大屠杀，全旅顺城的军民几乎无一幸免。 光绪皇帝大发雷霆，要求众大臣立刻议定如何解决战端。

光绪皇帝在西太后的压力之下最终同意跟日本议和，李鸿章会见德璀琳，命其赴日议和。 而日本方面顶住国际舆论关于旅顺大屠杀的强烈反响，等清国求和使臣的到来。但是伊藤博文确认为现在谈判为时过早，只有彻底消灭北洋海军，才能使外务省的条件变成事实。日本驱逐了清国全权议和代表德璀琳，光绪帝和众臣商议后，决定改派张荫桓、邵友濂代替德璀琳为清廷全权议和代表。日本军舰封锁刘公岛、威海卫，丁汝昌急电李鸿章请求出海应敌，但被驳回。 联合舰队配合陆军攻占威海卫刘公岛东西炮台，北洋海军的覆灭已成定局。特使张荫桓、邵友濂非常迫切要求马上和日方开议，立即停战，但日方只同意跟恭亲王或者李鸿章谈判。 日军全歼北洋水师，大获全胜，并驱逐来日议和的张荫桓和邵友濂。日本已不满足眼前战果，大军直逼澎湖列岛，兵临台湾。李鸿章受命前去日本议和，却因谈判尺度问题与光绪皇帝无法达成一致，迟迟不肯起程。