Michael在洛杉矶准备制定为公司杀害Sara的报复计划。他跟踪Gretchen和Whistler到一家酒店，他们正试图窃取公司的数据卡，Whistler拷贝了卡，Gretchen不知情。Michael悄悄跟踪他们，并威胁要杀死Gretchen，她告诉Michael她伪造了Sara的死亡。当警察赶到时，他们逃走了。Pad发现Whistler给了他一张复制卡，他很生气，命令Wyatt射杀Gretchen。

在巴拿马的Michael告诉Lincoln，Sara还活着。Michael上European Goldfinch网站，看到一条信息：Mahone关于Sara一事想与他见面聊聊。

Mahone和Whistler在同一公司工作。Whistler有数据卡，里面有该公司代理人的名字，这张卡叫Scylla。他们需要Michael协助他们闯入公司，他们告诉Michael：Sara可能在芝加哥。突然，Whistler被Wyatt射杀，并拿走了Scylla卡。Pad命令Wyatt去除掉所有和Whistler有联系的人。

在靠近墨西哥边界，Bellick和Sucre被Bellick的母亲所救。与此同时，在巴拿马T-Bag雇人开车送他越过边界，他想去找Michael，他有鸟类书知道一定会遇到Michael。

Mahone打电话给在科罗拉多州的前妻Pam，她希望他回家。

Lincoln发现有人跟踪，和他打起来并杀了他，巴拿马警察抓了Lincoln，Sofia和LJ逃走了。

Wyatt强行进入Pam家。

Michael前往芝加哥找莎拉的家人朋友Bennett，芝加哥警察逮捕了他，带到Self前，Self和Whistler一块工作。他能抹掉他和林肯的犯罪记录，希望Michael帮助他拿到Scylla卡。

当Mahone回到Pam的家时，发现警方和护理人员已将这里封锁。同时Sucre去医院看Maricruz和他的小宝宝，警察在那里逮捕他和bellick。

Self向Michael和Lincoln说他想让他们几个自己干，他做背后暗地支缓，Self将会把Mahone。 Bellick和Sucre这些老朋友带来给他们。他们需要拿到数据卡，闯入公司总部，这是唯一的出路。他们拒绝帮助Self。

Bennett带Michael和Lincoln去看Sara，她一直躲藏着。为了不坐牢，Michael还是必须帮助Self。她怕他们将永远不会安全，她希望他把公司击败。Sara背上的伤疤促使Michael下了决定。一声枪声在他们藏着的房子里响起，公司发现了他们，Lincoln。 Michael和Sara赶紧逃跑，他们打电话给Self告诉他过来。

Lincoln和Michael与Mahone。 Bellick和Sucre在芝加哥警署见面，他们知道T-Bag有鸟类书。Self给了他们伪造的身份证，Michael把他身上的纹身去掉了。Sara和他们一块坐上了货运飞机，跟随Selff击败公司。

Wyatt告诉Pad：林肯和迈克尔都被关押在最高安全的联邦监狱服刑。

Self和Michael那一小组人员抵达洛杉矶，他给每个人踝关节安装了GPS监测器，住在一个靠港口的仓库里。一个叫Roland的黑客将协助他们寻找和解密Scylla。

T-Bag半途被雇用的司机抢劫并丢弃在墨西哥沙漠上，他步行到圣地亚哥寻找Michael，一对骑车的人救了他。

Roland缩小搜索本地工作的军人信息，Mahone认出了那司机。他们跟随司机来到Tuxhorn的房子，这是完全安全的武装警卫的房子。Roland提议复制卡，在10英尺内用一个无线的硬盘机设备复制数据。

为了靠近Tuxhorn，Sucre和Bellick故意撞上他的车。Sucre身上装着硬盘机与司机争执以接近Tuxhorn，然而Roland还是接收不到信号，不能拷贝数据。

Wyatt威胁监狱工作者找到警方移送迈克尔和林肯，得知Bennett保释了他们。

Sara和Tuxhorn的女佣在公共汽车站等车。她把设备偷偷放入女佣的小提包里。后来，在女佣准备离开Tuxhorn房子时，Michael打通了这个房子的电话，他自称是安全局的，告诉她检查所有的窗户。她提着她的小提包在房中走着，Michael指示她去检查书房。Roland从设备中发现信号，拷贝Scylla。女佣在公共汽车站等候时，Bellick偷抢了她的包，发现设备不在包里，仍然在房子里面，女佣以为那是老板的。

他们需要闯入Tuxhorn的房子。Sucre按响街对面的警铃，房子的警卫队开始骚动，Tuxhorn关掉他的警铃并到外面查看情况。Mahone和Michael偷偷溜进Tuxhorn的房子并找设备，Tuxhorn重新启动报警器时他们逃出。

Wyatt到Bennett家，Bennett明确表示不知道Michael和Lincoln在哪里。Wyatt刺伤他的脖子。

Gretchen仍然活着，但被囚禁的。

T-Bag到达圣地亚哥，他的鸟类书有一个线索让他发现一个袋子，里面有Whistler假身份证和Gate公司的说明，他坐车去洛杉矶。

Roland解密这块数据卡，发现信息是不完整的，Scylla实际上由6块卡组成，分别在不同人的手中。这伙人还没有完成自己的使命，他们不得不马上追查其余5块。

Michael的鼻子开始流血，他的兄弟们不知道。

在一个偏僻的地方，愤怒的Michael质问Self，数据卡他们已拿到但没有其它5张卡意味着什么也没有。Self不知道还有其它卡，但他威胁Michael，如果他拿不到其余5张卡，还是会送回监狱。

Michael返回仓库并通知大家必须找到其他卡。Mahone悄悄出去打电话原来的伙伴，要求她找出谁杀害他的儿子。Lincoln偶然听到这段谈话，Mahone不知。

回到芝加哥，Wyatt审问被捆绑着的Bennett，他知道Bennett保释Michael和Lincoln，他们不在监狱里。Wyatt折磨Bennett直到他透露了他们的下落。

在Self办公室，他向主管Stanton解释说他们现在需要总共6张Scylla卡。Stanton已无信心，是否整个任务是一个错误。Self确信Michael可以得到其他5个，因为他第一次这么快。

Michael发现一封给Tuckhorn关于在伦敦抵达的电子邮件，Mahone知道这封邮件实际上是个代码，破译它知得有个4:00的Scylla会议。Roland追查邮件，主服务器在阿纳海姆。Sucre和Bellick在Tuckhorn办公室前守着，其余人到阿纳海姆进入主服务器。

一个新的公寓，T-Bag打开GATE发现一封信，上面提到7.5万美元和今年生效奖金1万美元。

Tuckhorn没有来工作，Sucre离开。突然，两名武装人员出现扣留了他，Sucre悄悄发短信给仓库的伙伴们叫他们跑后缓慢的把手举起来。

全体员人逃离仓库。Self通过GPS追踪着他们。在跑的途中，Michael弄明白了那个代码，意思是下午4:00会议在Newport Beach的电厂。

他们坐的士到电厂，Self等人已在那里等待，逮捕了他们所有人，除了Michael，因为他已到达发电厂。在那里，他发现tuckhorn和Pad在等待其他持卡人。

Michael用手机录像拍下所有6个持卡人。他录像给Self看后，Self放了所有人。他们回到仓库。

Wyatt从Bennett那得知Sara在洛杉矶后杀了他。

由于手机在远处，只看到一个车牌，经查是一个名叫Erol Tabak的土耳奇领事馆的人。Roland的数据跟踪装置显示，持卡人不是领事，而是他的妻子Lisa Tabak。

Self打电话给Sara说Bruce Bennett被发现死在他的公寓。

Michael他们在公共场所等Lisa出来，发现她身边有3个私人保镖。当Lisa从他们身旁走过时，Lincoln看见了T-Bag在不远处。Lincoln和Michael追上并殴打他。问他鸟类书在哪？这时警察发现并走过来，他们3人马上离开了。

Pad联系Wyatt要他去洛杉矶寻找Sara。

Michael告诉Self，T-Bag有一本鸟类书，相信里面有Whistler闯入公司的计划。

回到仓库，大家研究Lisa的背景。一份新闻公报说她要参加一个“鹰和天使”荣誉警务人员死亡的慈善活动。

悲痛的Sara到酒巴喝酒，她向一个女酒保诉说着她和Bennett的事。一位男顾客想与她搭讪，她不理。他从Sara包里偷拿了Bennett的信用卡闪到一边。

Self到他一个告密者朋友的家里，发现他已被杀害。Self没有看见Wyatt刚离开。

Michael他们穿着警服进入慈善会。Lisa的保安人员认出了Lincoln，Lincoln叫Bellick和Sucre开车到后门等他。Lincoln快到后门时，保安人员拔出了枪拦住了他，突然，Bellick出现将刀刺入保安人员的腹部。与此同时，Michael和Mahone为了拷贝Lisa身上的卡，拖延她离开。

Wyatt审问受虐的Gretchen，要她透露更多关于Michael和Lincoln的事。Wyatt接到一个电话说Bennett的信用卡刚才在一家酒巴消费过。Wyatt赶到酒巴给酒保看Sara相片问是否见过她。Sara刚离开，Wyatt错过。

Sara在公园散心，她接到Michael的电话，他说一块吃个饭，享受两人世界。Wyatt听到她的谈话开始跟踪她。

Mahone与他的前妻Pam在餐厅会面，他给她看一些可疑的凶手照片，Pam识出了杀死他们儿子的凶手Wyatt。

Sara发现她的钱包是打开的，Bruce Bennett的信用卡不见了，有人跟踪他。她开始跑并设法甩掉Wyatt的追击。

在联邦大楼，Self亮出他的工作证给Oren的秘书看，声称急需要找一个能说话的人，因为美国人的生命将受到威胁。Self正在对Oren说这些事，Oren要他把头扭过去，他要开保险箱。而Roland和Michael那边开始无线下载保险箱里的数据。可Oren马上就请Self离开了。

Sara气喘吁吁的跑回仓库，说被一个黑大个子的男人跟踪，Mahone拿出Wyatt的照片给Sara看，Sara说就是此人。Mahone说：“他杀了我儿子。”Wyatt现在想杀了他们所有人。Sara说她刚才在一家酒吧，他们尝试着找出Wyatt的所在地。

Bellick和Sucre到Gate公司前台，T-Bag在这里刚开始他的新工作。他们告诉前台，他们是上谷保险公司的，T-Bag刚得到10万美元的遗产，谁能找到他，他们将会提供10%的酬谢金。T-Bag在办公室看见前台的Bellick和Sucre，马上躲在椅子下。当他们离开时，前台过来告诉T-Bag认为自己可以拿得更多。T-Bag只得同意给她他工资奖金的3%。

Self和Michael他们计划潜入联邦大楼，到Oren办公室拷贝保险箱里的Scylla卡数据。Self从停车场将他们送进电梯，他悄悄的洒了一些黑色的液体在Oren办公室门口处。Bellick和Sucre假扮工程人员负责清理这块印记。他们制造机器噪音，而Lincoln和Michael从通风口进入Oren办公室，开始电钻保险箱。

Wyatt回到他的酒店，给了服务员300元，告诉他如果有人来酒店找他就联系他。Mahone找到这家酒店，而服务员告诉他Wyatt已退房了。Mahone想去看Wyatt的房间，当他走到大厅，服务员打电话给Wyatt，Mahone马上折回来拿枪指着服务员的头，叫服务员告诉Wyatt没有人来找他，然后从服务员那里拿到Wyatt的手机号码。

Pad与Oren会面，Michael和Lincoln已钻破保险箱，成功下载数据，然后放回原位后离开。

Feng到T-Bag办公室要Scylla，T-Bag说他还需要一段时间，Feng威胁T-Bag三天内给他，不然就会杀了他。

Bellick在买马窗口故意制造争吵，经理出来调解。Michael和Mahone偷偷溜进经理办公室，将硬盘机绑在办公桌下。第四个持卡人是Nathaneal Edison，他赌名叫SparkleKid的马赢。Michael按动了一个小仪器，让其它马的门先一秒比SparkleKid马打开，SparkleKid输了。Edison愤怒的冲进经理办公室投诉。与此同时，另一边罗兰开始拷贝Edison身上那张卡的数据。

Mahone溜进去取硬盘机，但却被捕带到了警察局。Lincoln打电话给Self寻求帮助。Self看见一个陌生的人在没有通知他的情况下，查看他的电脑，他自称是IT人员负责检查电脑。

伤痕累累的Gretchen敲开了她姐姐Rita家的门，她打碎了一个雕像，里面有几把枪。Rita的女儿实际是Gretchen的。Gretchen亲吻了下女儿后离开。

Gate公司，T-Bag还在偷偷研究鸟类书里的秘密。他的同事检查了他的销售报告，指控他有欺诈行为，T-Bag立马逃出了公司。

那个从Self公办室出来的IT人员向Pad说，他不能在短时内破解Self电脑上的防火墙，因此没有查到任何有用的信息。

Self不能保Mahone出狱，但签收了他的私人物品，拿到了硬盘机。Mahone很生气。仓库里那队人想把Mahone从监狱里救出来，但是Michael觉得这太危险了，宣布继续找卡。

Wyatt在停车场拦住Self，自称是将军的专雇人员。Self拒绝告诉Wyatt任何东西。Wyatt提醒Self：将军喜欢有自己的隐私。

Self建议Michael除了Mahone以除掉潜在的危险。与此同时，监狱里的警察希望Mahone跟他们做个交易：如果他供出同伙，就放了他。Mahone什么也没说。

Gretchen到了停尸间自称是Whistler的遗孀，拿走了Whistler的手机，得到了一条消息。

Wyatt来到警察局发现Mahone蹲在牢里。Mahone打电话给Michael说Wyatt已发现了他，叫他们小心，他不会供出他们。但Michael必须保证帮他杀了Wyatt。Michael现在才知道他必须改变计划。

Michael和Lincoln在法院后面的电力变压器旁，Mahone被带到法院里准备受审，Sucre悄悄来到法庭，Wyatt也来了。Sara冒充Mahone的律师索取了Mahone的相关罪证资料。突然，法院的灯爆炸了，一片漆黑，Sucre趁机救Mahone逃出去，Wyatt追了出去，Sara带着Mahone的罪证资料也逃了出来。Wyatt正准备开枪射杀Mahone时，警察已到现场。

回到仓库，Mahone感谢大家救了他， Sara给了他他的罪证指纹表。

Mahone走到外面拨通了红色小纸片上Wyatt的手机号码。告诉Wyatt说他会复仇的，然后挂了电话丢掉小纸片。背后的Roland悄悄拾起了小纸片。

T-Bag在他的公寓收拾完东西准备逃离，Gretchen出现并将一支枪指在T-Bag头上问：你是谁？