成功从Atlantis骗取了地球的具体位置之后，两艘Wraith母舰立即调整航向坐标，朝他们想象中的富饶猎食地进发，McKay和Ronon依然被囚禁在船上。但Wraith并未察觉，他们有一位不速之客－－John Sheppard已经悄悄将自己不起眼的F-302战机隐藏在第一艘母舰的腹部。

在Atlantis上，Weir博士认为只有一个机会来阻止Wraith到达地球。在Wraith进行星际飞行的第一阶段，他们的母舰必须要在飞马星系外的一个荒凉地带临时跳出超空间。Weir命令Caldwell上校带领Daedalus号和古人的超级战舰Orion飞往那个地点，进行一场危险的深空伏击战。

与此同时，国际顾问委员会的三名大使要求Weir立即亲自通过星门返回地球向他们汇报。当她如约而至，他们的官僚主义几乎延误了Caldwell的任务，但Weir的立场很强硬。很快，Caldwell的小型舰队出发了。

Wraith母舰脱离超空间时，Sheppard决定在自己被俘或者被杀之前抓住机会制造一次破坏。他成功炸毁了一艘母舰腹部的超空间推进器，但随后就被一大群Wraith所抓获。一个意想不到的人救了他：Michael。因为被"人性"所"污染"，Michael一直被其他Wraith排斥。他决定释放Sheppard，并帮他营救McKay和Ronon。

就在他们两人赶去关押McKay和Ronon的房间时，Daedalus和Orion抵达并全力开火。Orion用密集的雄蜂导弹彻底击毁了第二艘母舰，但这艘年代久远的古人战舰不可能在战场上坚持太久。在所有的系统都已失效之后，Orion上的全体船员被安全传回Daedalus号。

Sheppard和Michael发现茧已经空了－－Ronon和McKay已经逃脱了。Sheppard猜想他们一定会去最近的控制台炸毁母舰。果不其然，McKay和Ronon正是如此。几人重逢之后，成功逃回Daedalus。

但此时，Daedalus已严重损毁。就算它能够在Wraith的下一波攻击中幸存下来，它的生命维持系统也已无法再修复。在太空深处孤立无援，强敌环绕，船上的所有人都已到了生死边缘……

Sheppard。 McKay。 Ronon 和 Caldwell 利用他们捕获的Wraith母舰成功返回Atlantis，Weir博士也从地球赶回，和她一起来的还有国际顾问委员会的首席联络官Richard Woolsey，他的任务是撰写关于"Weir是否适合领导这支探险队"的报告。就在Atlantis探险队讨论200名随母舰一起被俘获的Wraith的命运时，罗里罗嗦的Richard Woolsey摆出一副官僚主义作风，十分令人讨厌。

从技术上来说，这些Wraith已不再是Wraith了。Beckett医生武器化的逆转录酶已经清除了他们的记忆和外星人的遗传外表，只留下人类的特征。不幸的是，逆转录酶的作用只是临时性的，如果这些Wraith不坚持每天都摄取一定剂量的酶，他们会恢复原状。

只有一个来到Atlantis的Wraith还保留了完整的记忆，那就是Michael。Tayla对这个仍然胡思乱想的家伙晓之以理，告诉他除非他服下Beckett的药，否则他们不能冒险放他出来。Michael恼怒地拒绝了她的善意相劝，Ronan和Beckett不得不强行给他注射逆转录酶。

Sheppard和他的小队随后把包括Michael在内的所有Wraith转移到一个没有星门的偏远星球上，并告诉这群迷惑的Wraith：他们的记忆因为一场恶性瘟疫而丧失，因此必须被隔离。在这个故事的掩盖下，Beckett每天坚持给他们注射，并不顾Sheppard的反对，执意留在这个星球上和这群特殊"病人"呆在一起，直到发现更好的解决办法。

但是Michael和少数其他Wraith一直怀疑故事的真实性，秘密停止服用药物，并且恢复了记忆。当Sheppard带领队伍回去取补给品时，Michael抓住机会杀死安全警卫，抓住了医生，残酷地审问他，并且召唤一艘母舰赶往他们所在的星球。

在Atantis城，McKay通过远程遥感器发现了这艘母舰。Weir命令Sheppard和他的队伍前去调查，但是唯一能够使用的飞船只有被俘获的Wraith母舰，而且McKay尚未发现如何控制武器系统的方法。他们也许能安全抵达那颗星球，但必将处于反叛的Wraith和赶来的母舰双重夹击之下。如果不能迅速找出一个办法解救Beckett，打赢这场仗，Woolsey的报告也许会有一个很不好的结尾……

Sheppard。 Teyla。 McKay 和 Ronon 来到一个小村庄，那里的领导者是一个嘻嘻哈哈的家伙，名叫Lucius Luvin，他向他们炫耀着自己的六个妻子，并极力想让他们用飞船来交换本地出产的药草。四人没有理会他的荒谬要求，很快起身离去。但Beckett医生担心Lucius的药草真的有很高的医学价值，于是亲自来到村庄求证。

待了很长时间之后，Beckett带着Lucius一起回到Atlantis。由于Atlantis的安全根本上仰仗它的秘密存在，Weir认为医生这样做已经违反了安全原则，Beckett却坚持认为这是值得的。细心的Weir注意到Beckett的举动已经不像他原来的理性风格，于是决定和Lucius见上一面。随后，当Sheppard和McKay结束另一个任务返回基地时，惊奇地发现Weir、Teyla、Ronon全都无条件服从Lucius的每一个命令。虽然他们无法得知Lucius是怎么做到的，但很显然他具备控制他人意识的能力。

McKay发现Lucius在饮用一种神秘的药水，于是偷了一点样本回来化验，但要获得实质性结果还需要更多的药水。于是Sheppard返回那个村庄。他发现Lucius的妻子和朋友们正在渴望他的到来，有的甚至已经染了"相思病"，就好像迷上了毒品又不能过瘾一样。当Sheppard答应替他们找回钟爱的的Lucius，他们热情地把Lucius的"日常药物"样本交给了他。

可回到Atlantis一看，McKay也已经成为Lucius思维控制下的奴仆。更糟糕的是，Lucius已经把Beckett、Teyla和Ronon派到一个Wraith占领星球去执行一项危险的任务。不过他们万幸地打赢了一场艰苦的战斗，毫发无损地回来了，还兴高采烈地交给Lucius一种他要求采集的稀有药草。

Sheppard很不情愿地混迹在朋友们当中装疯卖傻，直到成功偷出了McKay试验结果的半成品，并强行带着Beckett飞到陆地。Beckett顽强地与"毒瘾"作斗争，而Sheppard则到处收集Lucius的秘密。结果表明，来自Wraith星球的药草制作的药水，可以令Lucius分泌一种信息素，刺激周围人的大脑皮层，引起情绪的愉悦，并逐步上瘾，进而被控制。Sheppard虽然还没有吸入足够的剂量，但Teyla、Ronon和McKay正在追捕他。当他们抓住他，他也将彻底丧失理性……

Ronan、Sheppard、Teyla和McKay来到一座村庄，那里人人都清楚地记得Ronon，这令他陷入了过去的恶梦之中。几年之前，Wraith在他的体内注入了追踪器，并恣意追猎他取乐，Ronon曾来到这个村庄避难。当地人小心地照料着他，直到Wraith获悉他的行踪之后，从天而降。他逃跑了，但是Wraith屠杀了整个村庄，幸存下来的人一直期待复仇。

村民们开始攻击他们，抓获了Ronon、Sheppard和Teyla，只有腿上中了严重箭伤的McKay通过星门逃跑了。为了讨好Wraith，村民们决定将Ronon作为礼物送给这些冷血的外星人。Ronon要求村民们释放他的朋友，作为交换条件，他将任凭村民们处置。获得自由后，Sheppard和Teyla快速返回Atlantis，带上武器和后援队伍，在一个小时之内又重返那个星球，但已经太迟了：村庄里硝烟四起，Ronon已经无影无踪。Wraith似乎已经回收了他们曾经最爱的玩物。

Ronon发现抓获自己的是一个老仇家：他曾经入侵了Ronon的母星球Sateda，并且满银河系追捕他。这个Wraith领袖给Ronon植入了一个新的追踪装置，将他释放在Sateda荒芜人烟、满目疮夷的的废墟当中。虐待成性的Wraith领袖通过远程监视器从自己的母舰上静静地看着下属们不停在星球表面追踪猎物。Ronon来者不拒，奋力战斗。但即便如此，他不得不再次回忆起很久以前在这个世界里的生活，他的同胞们，还有他的爱人Melena。在他疲于奔命之时，往事总是缠绕着他，令他心神难平。

事实上并不只有Ronan的敌人们在追踪他，他的朋友们也在寻找他。McKay认为Wraith可能会重新给他安装追踪装置，McKay重新调校了Atlantis的远程遥感器，成功捕捉到了来自Sateda的信号。就在大家着手准备营救任务时，他们开始反思Ronon对他们意味着什么，而他们对他的了解却是这么少。

当他们最终找到这位同伴时，他却以自己的理由拒绝了他们的帮助，并且不愿离开这个已经百孔千疮的家园。

Sheppard率领他的队伍惊奇地发现了一个巨大的、科技高度发达的城市，名叫Asuras，那里的人们全都自称古人。Weir急切地希望与Asuran的高等议会展开对话，但是城市的领袖Oberoth傲慢地拒绝交流，并同时拒绝帮助人类与Wraith作战。尽管他不情愿地发现，这些"原始"的客人们可能有一些值得他关注的知识，他仍然不愿和他们谈判，而且把他们关了起来。

另一个Asuran人Niam待Weir、Sheppard、McKay、Ronon和Teyla还算友善，但是他无法阻止Oberoth残酷地刺探他们的大脑并迫使他们产生幻觉。被敌人如此刺探大脑，Sheppard。 Weir 和 McKay 以前只遇到过一次：那就是曾经困扰了SG-1多年的致命机器－－复制者。现在他们猜想，他们面对的是同样的一种生物。

Oberoth很快发出了一条神奇的指令：整个城市中心开始点火，浮现在众人面前的是一艘装配有古人星际推进引擎的巨大飞船。Niam告诉被俘的人类，他们现在要飞往Atlantis。他还解释说，看起来像机器的Asurans人实际上是Atlantis古人设计的武器，用以对付Wraith。古人为这些机器人输入了程序，要求他们加入战斗。但是在古人发现这些机器人作为武器并不太有效时，试图把他们全都摧毁。少数机器人活了下来，他们来到他们的创造地Asuras，发展并重建了属于他们自己的古人文明。现在，他们发现Atlantis仍然存在，Oberoth 打算前去为自己的同胞复仇，彻底毁灭Atlantis。

Niam一直希望自己能有人类的灵魂，他研究古人的哲学，希望有一天自己也能达到升天的状态。因为他和他的同胞生来就是为战斗而存在，他祈求内心平静的理想似乎有些不可能－－特别是Asurans人无法自己改变自己的基本程序。但是如果McKay能够替他的同胞重新编程，Niam 答应尽力阻止Oberoth对Atlantis的进攻。要重写Asuran人的程序，其复杂程度不亚于重新排列人类的DNA，而且留给McKay的时间已经不多了：Asuran的超级战舰即将抵达Atlantis。如果他做不到，他的"第二家园"就将在一场持续了1万年的恩怨中灰飞烟灭。

Weir在设立于Willoughby的国家精神病院（靠近华盛顿特区）一间完全封闭的房间里醒来。当她要求了解自己是怎么从飞马星系来到此地的情况时，她惊骇地听到自己其实从来没有离开过地球。她的治疗医生Adam Fletcher慢慢地告诉Weir，她的男友Simon死于三个星期之前的一场车祸。就在三天前，当她替联合国进行一场高度紧张的条约谈判时，她的精神在压力和悲痛中崩溃了。她受到一种短暂的反向精神力伤害，产生了临时性的健忘症，并处于一种近似精神病的状态，几天里凭空产生了许多幻觉。她关于过去两年的回忆全都是不真实的。

一开始，Weir拒绝相信自己在Atlantis度过的时光都是白日梦，但是当Jack ONeill将军来看望她，并坚称自己从来没有听说过星际之门。相反的，他说他曾经在条约谈判过程中遇到过Weir。Weir的母亲也赶来告诉她，医生和ONeill所说的都是事实。Weir也开始怀疑自己的心智是否真的健全，因为在与人谈话的同时，奇怪的幻象和萦绕的噪音总是如影随行，夜里也让她不得安宁。

最后，在绝望与恍惚中，Weir同意持下医生所开的强力药。她的情况有所改善了，很快医生同意她回到舒适的家里与她心爱的小狗相伴。乔治敦大学为她提供了一份教学工作，而ONeill也力劝她回到谈判桌前。

就在她的生活看起来回到了正轨，Weir开始被更加恐怖的幻象所累。尽管医生告诉她不用多虑，Weir开始怀疑自己不仅仅是精神崩溃那么简单。她感觉到有什么不熟悉的生物努力想告诉她什么紧急信息，从她的幻象中来的信息。

这信息是Sheppard从Atlantis发出的。Weir在受到Asuran nanites 攻击后陷入了昏迷。这东西席卷她的全身，想要吞噬她的意志。Sheppard在她的身边不停对她说话，鼓励她抗争。而Beckett在McKay的协助下，正在冒险执行一项最后的恢复性治疗手段，但失败了。最后，只有Weir自己能够拯救自己。