一条来自Genii新领导人Ladon Radim的消息将Sheppard和他的小队引诱进一个残酷的陷阱中。McKay。 Teyla 和 Ronon 从神秘的攻击者手中逃了出来，但是Sheppard被俘，并被带往一个陌生星球。Weir立即要求Ladon来Atlantis作出解释，Ladon欣然接受，并发誓自己没有参与此事，这条信息中的鉴定码肯定是有人从他身上偷来的。

Sheppard发现自己已经落入老敌人Acastus Kolya－－一个叛变的Genii武士之手。Kolya认为Ladon从他手里偷走了领袖的合法地位，他计划进行反击。Kolya的间谍通知他，Ladon已经去了Atlantis，这一切尽在他的计划之中。他立即通过视频信息联络Atlantis，Weir和其他人惊恐地看到，Kolya正在让一个被俘虏的Wraith吸食Sheppard。Kolya警告Weir说，他每隔三个小时就会重复一次，直到Weir交出Ladon，否则Sheppard只有慢慢等死。

Kolya期望Weir心肠一软，就会接受条件，但擅长谈判的Weir心理很清楚，如果她服从Kolya的要求，就会像与其他恐怖分子谈判一样糟糕，如果想让Sheppard安全脱险，只有展开营救行动。因此，McKay在Ladon的帮助下开始寻觅Kolya的据点，并采取突击行动搜索了一个可疑的Genii边境村落，却扑了个空。Ladon发誓说自己已经尽了全力，但Weir和其他人却无法相信这些长期善变的Genii人。

与此同时，Sheppard有了一个不安的发现：被俘虏的Wraith竟然就关在他的旁边。Kolya用这种方式来折磨他们两个人：Sheppard对被猎食充满了恐惧，而饥饿的Wraith则忍受着食物近在咫尺却不可得的痛苦。这两个人起初谁也不愿同情对方，但是随着时间的流逝，他们的痛苦不断增加，于是达成了一致：他们有一个共同的目标，那就是逃跑。他们相互协助，离开牢笼，逃进了森林里。

经历了这一切之后，两人都已精疲力尽，迫切等待Weir的救援。在那之前，他们的生存要依靠相互之间不稳定的停战协定。同样的，营救行动是否成功也要依靠Weir与Ladon不稳定的联盟。不管Wraith还是Genii，无论谁打破协定，Sheppard都会命丧黄泉。

一位家庭主妇发现了一条令人震惊数学定律，立即引起了Samantha Carter的高度关注：不仅因为这个定律可以为一直困扰McKay的实验提供解决方案，而且这个女人就是McKay关系一直都很疏远的妹妹 Jeanie Miller。

McKay和Jeanie已经四年没说过话了，Jeanie对McKay失望透顶，放弃了自己颇有前途的理论物理研究事业，草草结婚了事。就算是现在，不管Carter和McKay如何盛情邀请，Jeanie对协助研究高度机密的项目兴趣索然－－特别是她那个感觉迟钝的哥哥也参与其中。最后，灰心丧气的McKay只好采取极端办法：用光传送把妹妹弄到停在地球轨道上的Daedalus号上。Jeanie只好同意帮他，就当是从爱夫爱女那里放个大假。

Jeanie和McKay回到Atlantis，共同探讨McKay正在设计的一种满量状态的零点能量装置。它能提供比Atlantis正在使用的体积较小的零点能量模块更大的能量，但同时也会产生一种极不稳定的奇怪粒子，如果它们达到危险临界点，足可以毁掉一个星系，甚至更糟。

McKay和Jeanie将Jeanie的"平行时空桥接理论"应用于从其他宇宙抽取零点能量，这样所产生的粒子将不会影响本体宇宙。虽然Jeanie担心那些粒子对其他宇宙来说可能会构成威胁，但她不得不承认与其他宇宙发生接触的可能性微乎其微。

不幸的是，她所担心的发生了。测试装置第一次进行试验时，另一个自称是Rod的McKay博士出现在Atlantis，他经历了一次大胆而危险的旅程从另一个宇宙来到本体宇宙，警告Atlantis所释放的外部粒子差不多将毁掉他们的整个宇宙。

Rod和McKay一样聪明，而且更自信，更有人情味。Sheppard。 Ronon 和 Teyla 更愿意帮助Rod而不是McKay，最让McKay伤心的是，她的妹妹也和这些人一样。虽然McKay很爱妹妹，但却不知从何开口。Rod就像是一面镜子，一个"更好版本"的McKay，让他重新开始审视自己，审视曾被自己抛弃的亲情。带着不好的情绪，McKay还是要和Rod与Jeanie一道研究解决危机的办法。现在他们必须要加快进度，因为Rod所在平行空间里的另一个Atlantis小队已经想出了一个办法来拯救他们自己：他们要在McKay的本体宇宙凿开一道裂缝，一劳永逸地解决这个问题……

Leonard手下人的尸体就躺在附近。他们拍摄的记录视频显示：他们认为自己被外星人攻击了，但事实上却死于自己的指挥官Leonard之手。Sheppard有些沮丧地命令他的队员们把尸体运回Atlantis，并带着援军回来，但是Leonard早已破坏了星门的DHD装置。当队员们试着拨号时，DHD爆炸了，一名陆战队员当场死亡，其他两人－－Kagan和Barroso－－也受了伤。

现在，他们困在这个星球上，还有一个已经失去心智的前队友疯狂地想杀死他们，他们不得不退回洞穴掩体。McKay认为，Wraith的电磁装置可能会令人类产生幻觉，并作出危险的举动。突然，Ronon发现附近的森林里有两个Wraith在活动，立刻追了过去。Sheppard和Teyla紧随其后，发现Ronon追赶的实际上是Leonard，Laonard仍然毫无缘由地想要杀死他们。在逃走之前，Leonard开枪射中了Teyla的腿。就在Sheppard为Teyla处理伤口时，他突然产生幻觉，错把Teyla当成一位自己在空军服役时的战友－－Lyle Holland上尉－－Wraith的装置也开始影响他的神经。片刻之后，深信自己已经处于敌人的包围之中无法脱险的Leonard，绝望地举枪自杀了。

在Wraith的洞穴掩体中，Beckett也陷入极大的苦恼当中：由于幻觉，他实在分不清究竟是Kagan死了还是Barroso死了，究竟哪一个现在需要他的治疗。与此同时，McKay则竭力想要关闭电磁发生器，但屡屡失败。

在森林里，Teyla痛苦地看着Sheppard深陷自己的回忆不可自拔，她无能为力。Sheppard认为自己和Holland上尉正困在阿富汗沙漠里，被塔利班战士所包围。Ronon悄悄走了过来，认为Sheppard就是自己要追踪的Wraith，而Sheppard则把他当成了塔利班士兵，他们交火了。不把敌人置于死地，这两个男人是绝不会罢休的……

McKay和Carter共同参与星际连接桥（银河与河外星系）试验，第一步已获成功。在这个试验中，Sheppard从Atlantis乘坐一艘Jumper，穿越由34座星际之门自动连接而成的网络返回地球。Mckay跟随Daedalus号战舰在这个自动网络的半程中继太空站上方进行观测。这时，一艘神秘的飞船以接近光速的速度向Daedalus疾驰而来。

Sheppard回到了Daedalus上，Daedalus随后紧跟在那艘外星飞船之后。McKay和Sheppard惊讶地发现，那是一艘Aurora级别的古人战舰，称作Tria，上面的乘员是真正的古人。这些古人1万年前离开了飞马星系，但他们超空间引擎的能量不足以支撑到返回地球。根据相对论所描述的时空观，他们在以光速飞行时，自己只感到经过了几年。

Daedalus把这些古人带回了Atlantis。突然，Hedia将整座城市的控制权收归己有，并且命令所有的人类立即离开，因为Atlantis真正合法的主人已经归来。震惊之下，Jack ONeill 将军和Richard Woolsey 一起从地球赶来，请求Hedia三思而行。Hedia准许Woolsey作为大使留下来，但她重申Atlantis探险队以及Teyla和她的Athosian 族人必须立即离开。

人们非常沮丧地和这个生活了几年的第二故乡道别，特别是Sheppard和他的队员最为伤感。这四位并肩战斗的好友不得不分道扬镳：Sheppard和McKay返回地球，Teyla和Ronon前往一个新的Athosian定居点。

时光流逝，当McKay、Sheppard、Beckett和Weir试图重新融入地球的生活中，ONeill 返回了Atlantis，为Woolsey提供外交支援。就在他抵达以后，数目惊人的飞马星系复制者攻击了城市，令过于自负的古人陷入恐慌。当地球接到这个消息的时候，大半个城市已经沦陷。

Landry毅然派遣Daedalus携带一枚重量级核弹去摧毁Atlantis，以免那些复制者通过星际连接桥发现前往地球的路。但Weir、Sheppard、McKay和Beckett却有不同的想法。他们违背了命令，悄悄地拿出武器，绕过星门指挥部严密的安全防守，通过星际连接桥返回了飞马星系，并找到了Ronon和Teyla。这些人团结一心，誓要夺回他们的Atlantis。

大胆的营救行动开始了。McKay、Ronon、Teyla、Weir、Beckett和Sheppard乘坐一艘Jumper飞船穿越星门径直来到Atlantis的星门大厅里。人形复制者猛烈开火，但McKay还是设法投下了爆炸装置。Sheppard与ONeill将军和Richard Woolsey建立了通讯，他们正藏身在Atlantis的内部。在爆炸装置摧毁星门控制塔的大部分设施之前，Sheppard驾驶飞船撞开星门大厅的一面墙壁，成功逃生。

Daedalus 正奉命从地球赶来，准备用核弹彻底摧毁Atlantis。在此之前，Sheppard等人只有很短的时间来筹备夺取Atlantis的计划－－这似乎是一个不可能的任务。他们来到星球轨道，找回了被抛弃在太空里的人形复制者Niam，然后飞回Atlantis。他们打算用Niam来传播病毒，消灭其余的复制者。糟糕的是，Atlantis的复制者动用雄蜂导弹攻击Sheppard等人的Jumper飞船，Sheppard不得不驾驶飞船钻入海底，来到已经被水淹没的停机舱。

停机舱的门无法从内部打开，Jumper随时都有渗漏的危险。ONeill大胆地从另一端游进手工操作室，成功解决了Sheppard等人的危机。但是ONeill的行动也暴露了他的位置，复制者很快将他与Woolsey一同捕获，并刺探了他们的记忆，了解了Sheppard等人的行动计划。复制者远程唤醒了Niam，命令他展开攻击，McKay情景之下用反复制者武器将Niam化成了齑粉。此番变故，令第一营救计划夭折。

经过紧急讨论后，Sheppard等人决定分成两组。Sheppard和McKay赶去囚禁ONeill与Woolsey的牢房，McKay告诉两人他们计划用C4炸弹毁坏Atlantis的护盾发生器，确保 Daedalus 能成功发起进攻。但是，在McKay破解完牢房密码前，复制者冲了进来。McKay和Sheppard只好撤退，留下了已经知道第二营救计划内幕的ONeill与Woolsey。不用问，复制者再次使用了记忆刺探技术，从意志薄弱的Woolsey身上获得了突破，掌握了Sheppard等人的动机。

尽管行动已经曝光，两组人还是偷偷溜进了Atlantis的重点区域，准备实施破坏计划。在他们得手之前，早已埋伏好的复制者将他们一网成擒。究竟复制者是否会笑到最后呢？

Teyla声称自己在走廊里遇见了一个幽灵般的女古人，还有一个严重烧伤、让人毛骨悚然的男古人，队友们觉得Teyla是在幻想。但不久之后，Weir也见到了那个浑身起火的男古人，而Beckett见到一群古人医生在医务室里拯救那个男古人。即便是最不信鬼神的Ronon也承认，自己见到一群古人科学家正在相互协商着什么。这些古人幽灵讲着谁也听不懂的奇怪语言。

与此同时，McKay发现一对类鲸的巨大鱼类出没在Atlantis城附近。他约上Sheppard，两人乘坐Jumper飞船深入海中进行调查。巨大的海兽向他们靠过来，Sheppard和McKay同时感到头疼难忍，耳朵里也渗出鲜血，McKay甚至晕了过去。

Sheppard艰难地将飞船开回了Atlantis。海中巨兽发出的强烈低频脉冲和电磁场已经刺穿了两人的耳膜。更糟的是，数百头这种海怪正朝Atlantis游来。当它们靠近时，城中越来越多的人开始头疼、虚脱，卧床不起。

McKay认为这些海怪和古人幽灵的出现是有关联的，于是和Sheppard离开医疗室，来到城中一处至今尚未被勘查过的实验室。据记载，古人曾在这里研究这个星球上的动物。通过古人的记录，McKay确认古人幽灵是通过这些海怪产生的。这些海怪能通过声波和电磁波相互接受、发送信息。古人了解海怪的习性后，建造了一个装置来翻译海怪的语言－－就是Sheppard的队友们曾听到过的那些奇怪语言。

原来，这些海怪是要传达一个重要警告。大约1万5千年前，这个太阳系并不稳定的恒星突然大爆发，喷涌出巨大的辐射。一位勇敢的古人飞行员－－就是Teyla、Weir和Beckett所见到的那个烧伤的男古人－－飞回Atlantis报了警，但终因所受辐射伤害过于严重而死去了。古人立刻启动他们的三个ZPM，扩展了城市的护盾，保护了这个星球上很大一片区域及其中的生物－－包括这些海底巨兽，直至辐射最终褪去。

这些非常敏感的类鲸巨兽感觉到了另一次爆发即将来临，于是将继承自祖先的预警信号自然地释放出来，并自发游到城市附近寻求保护。但这一次Atlantis并没有三个ZPM可以利用，他们必须另想办法来保护这颗星球－－一种连古人也没有尝试过的办法。