光子郎接到一封邮件，并根据邮件找到了阿武的纹卡。而且在那个山洞里发现了一些文字记载，光子郎分析了那些文字，总结出数码世界是在现实世界的网络的基础上建立的世界。所有事物都由数据组成。这令太一认为即使数码世界的自己死了，现实世界的自己也没事。众人潜入悟空兽的基地救邮件的发出者，发现是分子兽。当大家救出分子兽时，他告诉大家他只是为报复悟空兽并抓走阿空和比丘兽。当太一想不顾一切救回阿空时，光子郎告诉他如果在这里死的话在现实世界也会死。太一只好目送阿空被抓走。

太一和光子郎从暗道跟踪分子兽。最终太一鼓足勇气战胜死亡威胁，他的勇气令纹卡发光。他找到想复制阿空并用找到的阿空的纹卡来令比丘兽进化的分子兽。当两人逃出后，分子兽想与悟空兽同归于尽将他拖到暗黑网络中，结果令悟空兽和暗黑网络结合。太一用无比的勇气令纹卡发出光芒，最终令暴龙兽进化成机械暴龙兽，打败了悟空兽。但同时出现的时空扭曲使太一和滚球兽回到了现实世界。

太一回到家中，见到妹妹小光，她居然认识滚球兽。太一惊异地发现现实世界的日期仍是他们去露营的日期。太一打电话给同伴的家中，发现只有自己回来了。突然，他看电视发现世界各地出现了数码兽，而只有小光和自己能看见它们。奥加兽也来到了这个世界，滚球兽进化成亚古兽打败了它。时空再次扭曲，太一坚定地选择离开小光，去拯救数码世界。

太一见到迪高兽，他告诉太一这里已经过了一个多月。大家失散了，阿和去湖对面调查很久也没回来，突然小恶魔兽出现并用计使阿武生迪高兽的气，使阿武抛下迪高兽与小恶魔兽渡河。太一便带迪高兽过湖，找到阿武时小恶魔兽找来一些失忆蘑菇给大家吃。没烤好时，亚古兽去厕所，突然一个声音（其实是阿空）告诉他吃了那些蘑菇会丧失记忆。亚古兽回去揭穿了小恶魔兽，于是阿武与迪高兽和好，使迪高兽进化成巴达兽，最终打败了小恶魔兽。

太一与阿武来到餐厅，遇到在打工的阿和与阿丈，而且阿和不愿与大家离开。原来阿丈来到这里吃饭，没有美元被老板蛋蛋兽勒令打工补偿。阿和来到后，决定首先接回阿武，再来帮阿丈。然而小恶魔兽命令蛋蛋兽想办法拖住阿和，蛋蛋兽就威胁阿和留下帮忙，在不停地使阿丈做错事延长打工期。后来，事情暴露后，蛋蛋兽的手下鼻屎兽抓住阿武，阿丈为救阿武反被抓住。其他数码兽又不够蛋蛋兽打。阿和发出发自内心的友情的呼喊，使纹卡发光，加鲁鲁兽进化成兽人加鲁鲁兽，终于击败了蛋蛋兽。

四人分两边找同伴。同一时间，光子郎掉进了专卖脑的宇宙脑魔设置的空间，被拿去求知的心与纹卡。甲虫兽用尽全力去唤醒他，一步一步地退化，最终退化成幼年期1的泡沫兽，真诚的眼泪终于使光子郎记起以前的事。他们趁宇宙脑魔和小恶魔兽争吵时偷回求知的心与纹卡，然后与宇宙脑魔对战。比多兽不够打，光子郎的纹卡发出光辉，使其进化成超比多兽，终于击败了宇宙脑魔并逃出来了。出来后，遇到了阿和与阿武。