草薙号与大天使号飞上了宇宙。草薙号接舷完毕，船员们为了补给与整备，航向因战乱而化成废墟的L4殖民地。此时，拉克丝在殖民地以全体市民为对象做地下广播，秘密进行反抗活动。其影响力连萨拉议长也大感棘手，派出搜捕的宪兵也全都无功折返。另一方面在地球，地球军虽然夺取欧普的质量投射装置不成，却也抢回了维多利亚基地，成功拿下进出宇宙的途径。地球军在打败扎夫特MS部队后，想乘势收回宇宙，以新型MS部队为主力，用质量投射装置将物资发射上空，想要展开大规模侵略行动。阿兹莱尔总合手上三架钢弹的战斗记录，察觉到自由与正义钢弹使用的动力之秘密，企图得到这两架钢弹。此外，阿斯兰下定决心，为了解父亲的真意，离开了大天使号，独自飞返殖民地…。