南宋学子宋慈，自小着迷于断案释疑，在睡梦中解开一个骷髅之迷，醒来豪言，此生必得成就刑狱伟业。翌日，京榜题名的宋慈与同科好友孟良臣相邀酒肆，举杯畅饮。席间，孟良臣告诉义兄他已请命受任梅城知县。宋慈深知梅城县地处边远，人事艰险，前任知县上任仅半年就不明不白地遇难身亡，宋慈对好友此去甚感忧虑。梅城县已故知县竹梅亭之女竹英姑怀疑父亲死的蹊跷，来到京城找到曾在衙门当过捕头并有着“捕头王”之称的远房兄长商议，欲请当朝著名刑狱推官宋巩出马，查明父亲遇难真相。宋慈完婚之日，良辰已到，花轿临门，任嘉州推官的父亲却迟迟未归，只得先将新娘迎入府中。正当一对新人行三拜大礼之际，一辆马车冒雨而至，马车载回的竟是宋父遗体……

宋慈从父亲的遗容上发现父亲是死于中毒，就向老家院追问。老家院只得呈上宋父的遗书：原来，四十年刑狱从无错案的宋巩，却是因误断命案而服毒自杀以死谢罪的。父亲的遗书给儿子留下一道“终身不得涉足刑狱”的遗命。从小立志子承父业的宋慈从此心灰意冷，整日以酒浇愁。宋老推官的猝然作古，使英姑和捕头王到嘉州之行落了空，而梅城县却又传来新任知县孟良臣在赴任途中死于客栈起火的恶讯，捕头王和英姑以此力请宋慈赴梅城破案，宋慈却碍于父命而去留两难。好友孟良臣的猝然遇难，使宋慈更加焦灼不安。在母亲的开导下，宋慈顿然领悟父亲临终遗书的良苦用心：老推官是以自己的过失和生命的代价，告诫儿子一个“人命大如天”的至理。解开了心头的郁结，宋慈毅然出征，带着捕头王和英姑，义无反顾地赶赴梅城……

负伤醒来的“六月红”终于道出真相，梅城县两任知县谋杀案昭然若揭，宋慈向岳父请命收网。大堂上，卢怀德在宋慈无以辩驳的案情推理之下，却狂笑宋慈找不到谋杀孟知县的证据。谁料宋慈却用惊世骇俗的检验之法，将孟良臣被谋杀后又遭焚尸灭迹的证据从卧尸的地面上验了出来……宋慈初次出山，就建下奇功，令朝野震动，被破格擢升大理寺正六品主事……

太平知县吴淼水仅三天就破得一桩凶杀命案，凶犯曹墨供认因垂涎玉娘美色意欲夺爱而杀了其夫王四，并交出了杀人时所穿的血衣一件。一年后，宋提刑前往太平县视察狱事的路上，将一伙盗贼拿了个人赃俱获，给了鼓吹自己治县有方的吴知县一个难堪。在视察牢狱时，一位给待决死囚儿子喂食的白发老母令宋慈心动。宋慈突然问何故杀人，曹墨脱口而呼没有杀人！旋即又连连改口是他杀了王四。宋慈疑云在心；吴知县暗暗惊心。是夜，宋慈翻阅案卷，发现太平县疑案多多，愤然难抑。而吴知县却半夜悄悄来到死牢，对曹墨循循善诱，嘱其不得翻供，并许诺：只要坚持原先的供词，可免其一死。

宋提刑正让捕头王半夜去请吴知县问案，吴知县正好跨了进来，并呈上了曹墨一案的所有案卷，还尤其郑重地向宋提刑展示了那件作为物证的血衣。不想宋提刑细察血衣之后却愤然击案。宋慈对捕头王和英姑说，除非在三天之内查出真凶，否则将无法改变经刑部审核的原判，可案发一年，时过境迁，查找真凶谈何容易！县衙书吏唐某，怀疑玉娘与曹墨通奸杀夫而在暗中监视，果然发现了玉娘有不轨之举，就急急往宋大人下榻的官驿奔去。时间紧迫，没等天亮，宋慈就命吴知县陪他去一年前的案发现场。路上，吴知县向宋慈讲述当时的案发过程，宋慈听出了几处漏洞，却不动声色。到了江边，宋慈果然发现一大破绽：原案中所称的案发现场，其实决非是案发的第一现场！

正当宋慈找不到头绪之际，唐书吏却提供了一条线索：被害人王四之妻玉娘和凶手曹墨家过往甚密，且经唐书吏描绘的玉娘还是个淫荡之妇；宋慈又传王媒婆询问，而从王媒婆嘴里说出的玉娘，却又是一位恪守妇道的贤淑女子。同是一个玉娘，同是当初曹墨和玉娘在王婆瓜店的邂逅，从吴知县、唐书吏和王媒婆三人嘴里说出来却是截然不同，宋慈断定三人之中必定有人说谎。为求个眼见为实，宋慈带着英姑去找玉娘求证。刚到门前，正遇玉娘出门往城东而去，宋慈示意，和英姑暗中跟着。路过王婆瓜店时，宋慈又发现了本案的又一个破绽：曹墨绝不可能在案发日谋杀王四！

宋慈和英姑跟踪着玉娘，果然见玉娘进了曹府。宋慈进了曹家，见正堂大门紧闭，英姑上前推开门，只见堂上摆着两口棺木，一口是母亲为即将受刑的儿子预备的，另一口是老母亲自己的，宋慈见状动容。玉娘终于对宋慈细说了前因：吴知县曾认定这是一桩奸夫淫女通奸杀人案，公堂之上，严刑逼供，是夜，又将曹墨和玉娘同囚一处，曹墨为保玉娘清白无罪，独自顶下罪名。宋慈再向朱母问起那件血衣时，老人家当时就泪如泉涌……当晚，宋慈连夜将曹墨提出死牢问案，曹墨万念俱灰、拒不翻供。宋慈以曹母讲的一个故事，让曹墨一场痛哭……虽然能证明曹墨并非凶手，但找不出真凶，还是翻不了案，而三日刑期已去其半，宋慈焦心如焚。正在这时，捕头王无意中提到了来太平县路上查获的那帮盗贼，令宋慈双眼一亮！

吴知县对宋慈要提审那帮与本案毫无瓜葛的盗贼甚为不解，而宋慈则微笑着说所谓病急乱投医，碰碰运气而已。当晚，盗贼们被提上大堂。宋慈机智提问，果然获得重大线索：被害人王四的一个银袋子成了其中一个小蝥贼屁股上的补丁。待再提审那小贼，却说银袋子是他在逛窑子时从一个叫王四的嫖客身上偷的，而王四当日已经遇害，不可能出现在窑子里。刚找到的线索又断了。宋慈泡着脚，在心里推着案情，忽然双目一瞪。宋慈快马赶到当初来太平县路过的一条水中坝前——这是一条横卧水中的石坝，汗时作桥，汛时为坝，当初王四进山收取货银，这是必经之地。宋慈恍然大悟，一年前的所谓谋杀王四案昭然若揭，而此时离曹墨的行刑日期仅存几个时辰！

大堂之上，宋慈胸有成竹，一一指出了原案的破绽；吴知县大汗淋漓，竭力狡辩，最终还以血衣为证。而宋慈却说本案最大的破绽也正是这件血衣。继而以无可辩驳的逻辑推理，道出了这件血衣的来历：原是一位慈母不忍心儿子再受酷刑而亲手制造的一件假证。宋慈条分缕析，层层推理，最后结论是王四溺水而死。吴知县拼死力争，说宋大人所言不过是推断，并无证据。宋慈下命开棺验尸：人被杀死后抛尸水中，鼻息全无而沙土进不得颅内；而生前落水溺死者，水中挣扎，鼻息取气，必然吸入沙土——取出死者骷髅，以热水自脑门穴灌入，随即流出，果见过滤用的白布上有一小撮河中细沙……此案真相大白：王四致死本无凶手，而曹墨蒙冤却是知县恶意所为，依大宋律，知县吴淼水就地罢官。未几，却因西湖边一个小小的插曲，宋慈突然请命离京，执意要到外省任职，此举之迷，直至十六年后宋慈重返京城才得以解开……

李家祖上本是望族，到了李唐一代，却家道衰败，夫人小妾对整日靠变卖家产过日的丈夫时有怨言。大岳父七十寿辰，李唐和大娘子和氏同去贺寿，李唐取出一把匕首给小妾柳氏防身。柳氏胆小没敢接。和氏好言劝其将刀放在枕下壮胆。寿筵罢，和魁将女婿一顿训斥后慷慨资助三百两本钱，供女婿开酒店用。为绝女婿退路，逼其进取，翁婿签下契约：三个月内不能酒店开张，女婿得向岳父让出祖传的庄园。当夜，李唐心挂小妾而带着三百两银子连夜赶回；大娘子和氏却被岳父强留在娘家。夜半四更，李唐大醉而回，说已将小妾卖进了窑子，并出示了三百两卖身银。柳氏闻言泪如雨下，一脸恨色地从枕下抽出那把匕首……宋慈经不住夫人催促，一早起程同回京城去祝贺岳父荣升。马车尚未出城，却遇李唐被人刺杀身亡。