宋提刑正让捕头王半夜去请吴知县问案，吴知县正好跨了进来，并呈上了曹墨一案的所有案卷，还尤其郑重地向宋提刑展示了那件作为物证的血衣。不想宋提刑细察血衣之后却愤然击案。宋慈对捕头王和英姑说，除非在三天之内查出真凶，否则将无法改变经刑部审核的原判，可案发一年，时过境迁，查找真凶谈何容易！县衙书吏唐某，怀疑玉娘与曹墨通奸杀夫而在暗中监视，果然发现了玉娘有不轨之举，就急急往宋大人下榻的官驿奔去。时间紧迫，没等天亮，宋慈就命吴知县陪他去一年前的案发现场。路上，吴知县向宋慈讲述当时的案发过程，宋慈听出了几处漏洞，却不动声色。到了江边，宋慈果然发现一大破绽：原案中所称的案发现场，其实决非是案发的第一现场！

命案扑朔迷离，宋慈夜不成寐，夜月下，鬼使神地差来到库房，却见英姑埋头在库房角落里阅着尘封案卷。为解开那支玉簪之迷，宋慈赶到和家镇和员外府上，却意外发现严家厨娘竟是大脚。经追审，老厨娘却道出一桩怪事：案发夜，戏班男优曾穿着女装夜半潜出严府。捕头王赶到男优住处，却发现男优已悬梁气绝。经检验，宋慈识破男优是他杀。由此，一位道貌岸然的父亲处心积虑，杀婿祸女，欲霸庄园的案情浮出水面。进而一份陈年案卷又揭开了和魁三十年前谋杀和氏生父的悬置血案。然而在大堂之上，作为受害人的和氏却无法接受几十年认贼为父的事实。

唯一知情严家秘密的老厨娘上堂作证，和魁却利用亲情百般狡辩。为揭穿和魁谎言，宋慈当堂用滴骨辩亲法，验证了和魁父女并无血缘之亲。在无以辩驳的事实面前，和魁终于瘫痪于地。此案具结，和魁伏法。柳氏生下一男儿，续了李家之脉，大娘小妾悲喜交加，相拥而泣。邹记酒馆生意火爆，老板邹仁步入大堂向酒客致意，逢场作戏的一番套话，倒招来酒客们的冷嘲热讽，正想离去，却闻邻居的杨易和童非打起了嘴仗。杨、童两家素有小怨，童非对杨易言语讥嘲，令杨易无地自容，起身离去。杨易怒冲冲回到家中，一推门，屋里传来“啊”的一声惊叫——弟弟的突然闯入，竟把姐姐吓一大跳。

宋慈和英姑跟踪着玉娘，果然见玉娘进了曹府。宋慈进了曹家，见正堂大门紧闭，英姑上前推开门，只见堂上摆着两口棺木，一口是母亲为即将受刑的儿子预备的，另一口是老母亲自己的，宋慈见状动容。玉娘终于对宋慈细说了前因：吴知县曾认定这是一桩奸夫淫女通奸杀人案，公堂之上，严刑逼供，是夜，又将曹墨和玉娘同囚一处，曹墨为保玉娘清白无罪，独自顶下罪名。宋慈再向朱母问起那件血衣时，老人家当时就泪如泉涌……当晚，宋慈连夜将曹墨提出死牢问案，曹墨万念俱灰、拒不翻供。宋慈以曹母讲的一个故事，让曹墨一场痛哭……虽然能证明曹墨并非凶手，但找不出真凶，还是翻不了案，而三日刑期已去其半，宋慈焦心如焚。正在这时，捕头王无意中提到了来太平县路上查获的那帮盗贼，令宋慈双眼一亮！

杨易说，姐姐买过砒霜，是为毒老鼠的。宋又提起后院的小门，杨似有隐情。宋慈突然又追问一句，你是否见过鬼？杨易脸呈痛苦之状，宋慈便不再多问，而心里却对案情渐有眉目。宋慈将童非释放，却让他必须找到本案的一件证据。童非按宋提刑所嘱，在邹记酒馆门外守株待兔，终于找了那架常给邹记酒馆送酒的驴车。宋慈从驴车的车轮缝隙中取出些许粘泥，正和他取自城南井边的粘土相符，从而证明了宋慈的推断。是夜，宋慈到邹记酒馆拜访邹仁，伙计说主人在后花园，宋慈相随到后花园，却不见邹仁身影。伙计说主人明明在后花园钓鱼的，宋慈戏说你家主人兴许是被鱼钓了，说话时双眼紧盯着那扇与杨家相通的小门。邹仁果然在杨家商量着秘事。忽闻敲门声响起，邹仁欲从后门逃走，不料后门已被人上了闩。而前门开处，却见宋慈笑吟吟地出现在门口，杨月儿几乎昏倒……

邹仁与杨月儿作为“奸夫奸妇”被带上公堂。邹仁坦言与杨月儿有私情，却声称与谋杀丝毫无涉。宋慈依据种种证物，层层推理：事发当晚，邹仁毒死崔成，而后故意在酒客面前招摇，造成案发时不在现场的假象。巧缝杨易用百两银子当众吹牛，就将计就计，将送酒的车夫骗进酒店用酒灌醉，然后用驴车移尸城南枯井，意欲除了崔成，又栽赃杨易，从而夺得杨家房产来扩展他的酒馆。为证实推理，宋慈一一举出多项证据，使邹仁在如山的铁证面前彻底崩溃……杨月儿自知罪不可恕，绝望下，以额磕地，求宋大人让她再见胞弟一面。宋慈允其所求。姐弟见面，一番生离死别后，宋慈放任杨氏撞墙而死，保得妇人全尸而终。杨易深知宋大人之用心良苦，自是感恩不尽。而宋慈却在破了此案后，将自己不吃不喝关在书房整整三天。捕头王生怕大人有何不测，英姑却道出了大人的情怀……

大堂之上，宋慈胸有成竹，一一指出了原案的破绽；吴知县大汗淋漓，竭力狡辩，最终还以血衣为证。而宋慈却说本案最大的破绽也正是这件血衣。继而以无可辩驳的逻辑推理，道出了这件血衣的来历：原是一位慈母不忍心儿子再受酷刑而亲手制造的一件假证。宋慈条分缕析，层层推理，最后结论是王四溺水而死。吴知县拼死力争，说宋大人所言不过是推断，并无证据。宋慈下命开棺验尸：人被杀死后抛尸水中，鼻息全无而沙土进不得颅内；而生前落水溺死者，水中挣扎，鼻息取气，必然吸入沙土——取出死者骷髅，以热水自脑门穴灌入，随即流出，果见过滤用的白布上有一小撮河中细沙……此案真相大白：王四致死本无凶手，而曹墨蒙冤却是知县恶意所为，依大宋律，知县吴淼水就地罢官。未几，却因西湖边一个小小的插曲，宋慈突然请命离京，执意要到外省任职，此举之迷，直至十六年后宋慈重返京城才得以解开……

李家祖上本是望族，到了李唐一代，却家道衰败，夫人小妾对整日靠变卖家产过日的丈夫时有怨言。大岳父七十寿辰，李唐和大娘子和氏同去贺寿，李唐取出一把匕首给小妾柳氏防身。柳氏胆小没敢接。和氏好言劝其将刀放在枕下壮胆。寿筵罢，和魁将女婿一顿训斥后慷慨资助三百两本钱，供女婿开酒店用。为绝女婿退路，逼其进取，翁婿签下契约：三个月内不能酒店开张，女婿得向岳父让出祖传的庄园。当夜，李唐心挂小妾而带着三百两银子连夜赶回；大娘子和氏却被岳父强留在娘家。夜半四更，李唐大醉而回，说已将小妾卖进了窑子，并出示了三百两卖身银。柳氏闻言泪如雨下，一脸恨色地从枕下抽出那把匕首……宋慈经不住夫人催促，一早起程同回京城去祝贺岳父荣升。马车尚未出城，却遇李唐被人刺杀身亡。