受伤的阿布兹被一架医用直升飞机接走，前往芝加哥进行救治。“背包”庆幸少了一个越狱者，“便条”补充说，少了两个人。此时遭到毒打的林肯被高里拖进一间单独的囚室并锁在铁门上。

迈克尔打听林肯的下落，波普告诉他，林肯被执行死刑前他们不可能再见面。迈克尔表示暂缓越狱计划，他要先救出林肯，遭到其他越狱者的强烈反对。

漆黑的囚室里林肯绝望地等待着命运的降临。尼克告诉维罗妮卡，林肯的案子也许会有转机，于是她建议将他们的发现公诸与众。 迈克尔用刀片割开纹身，从伤口里取出一枚黑色药丸。林肯收到迈克尔托牧师转交给他的念珠，里面藏有药丸和一张纸条“八点十分吃下去”。在警卫室干活时迈克尔故意砸坏水管，为越狱争取了更多时间。

林肯吞下药丸后在痛苦挣扎中失去意识，被送进医务室。同时迈克尔等人也开始行动，他第一个跳进洞中。黑尔准备向维罗妮克说出真相却被不速之客打断，躲在一边的她亲眼看见他死在坎勒曼的枪下。

迈克尔遇到意外的问题，他动手脚腐蚀过的那段管道被更换过了。迈克尔听见林肯的声音，开始疯狂地撬别管子，陷入绝望的他宣布他们逃不出去了，这时“背包”递上一把刀子“你能让我们出去”。

绝望的“背包”拔出刀子威逼迈克尔，一定要带他们逃出监狱，但是新更换的管子把他们与病房中的林肯相隔开来。

林肯向走进房间的萨拉解释自己想吐才下了床，随后进来的狱警把他铐在床上。贝里克赶往警卫室看到刚刚钻出地道、若无其事的迈克尔等人，他满腹狐疑却没有发现破绽，只得命令他们几人回牢房。

迈克尔在医务室见到了萨拉和另一个房间里的林肯，他希望萨拉能和父亲谈起此案，为林肯洗刷冤情，萨拉表示无能为力。尼克和维罗妮卡设法说服书记官安排法官听取他们的申诉。

放风时，维斯特莫兰一番话让迈克萌生新的念头，让电椅短路，就可以争取3周的时间。一边的特维纳偷听到了只言片语。迈克尔在苏克雷的掩护下，进入地道捉了一只老鼠，随后潜入另一条管道。特维纳向贝里克提到电椅，引起他的警觉，随后的检查中发现高压线路上有一只死老鼠，保险丝因此被烧毁。

法庭上因为缺乏实质性的证据，维罗妮卡和尼克的慷慨陈辞未能说服法官。迈克尔受命去见林肯刑前的最后一面，他十分震惊。萨拉去找尼克和维罗妮卡，拿到林肯一案的材料去找父亲、州长Tancredi，要他仔细看看。行刑的时间到了，慑于副总统的权势，州长打来电话，林肯不得赦免，最后一丝希望也破灭了。维罗妮卡和迈克尔在黄线后先后与林肯拥抱道别，眼睁睁地看着他被带往行刑室。

千钧一发之即，林肯的死刑被暂缓，原来发现了新的证据，凯斯勒法官决定暂停死刑。林肯很肯定地告诉迈克，他在观刑室看见了离家近30年的父亲。

副总统命令特工凯勒曼和萨曼莎查出谁走漏了情报，让林肯逃过一劫。凯斯勒法官顶住副总统的压力，坚持要对泰伦斯开棺验尸。迈克尔不愿坐等调查结果，准备继续越狱计划，与上次不同的是，改从与医务室共用一根管道的精神病人区逃走。

副总统在媒体上严厉抨击法官和维罗妮卡的验尸举动，同时，泰伦斯的棺木被掘出装上汽车。因为尸体高度腐烂，法医提取了牙模与泰伦斯以前的进行比对，结论为两者完全相同。

警卫室墙壁塌出一个大洞，迈克尔等人百般掩饰才瞒过了贝里克。林肯躺在单人囚室里，回忆起儿时与父亲看球赛的经历，猛然想起一个熟悉的名字。迈克尔在苏克雷的帮助下，搞到一身狱警的衣服，钻进地洞熟悉新的路线。通过蒸汽室时他被烫伤，衣服粘在身上，回到囚室只能烧掉了。医务室里，护士告诉萨拉，迈克伤口上的衣物纤维属于警服。迈克告诉苏克雷，精神病区部分的管道图被烫毁了。

林肯因欠下9万美元的债务无力偿还，而被迫成为雇佣杀手。在动手前他致电迈克尔想向他讨个主意，但对于哥哥的自甘堕落早就深感失望的迈克尔拒听了他的电话，林肯赶到指定地点发现欲下手对象已中枪气绝身亡，林肯最终被警方抓获。迈克尔对林肯事件的冷漠态度让维罗尼卡忍不住向他吐露实情，原来在母亲逝世后并没有所谓的保险金遗留下来，而迈克尔分到的赡养费正是林肯借来的。哥哥对自己的恩情让迈克尔对林肯有了重新认识，他开始相信林肯被人诬陷，并着手调查此事。迈克尔得知林肯即将被押往福克斯河监狱接受死刑，而他所在公司却正好拥有该监狱的结构蓝图，越狱计划开始在迈克尔脑海中出现雏形。

几乎在同一时间，苏克雷在街头邂逅心爱的女孩玛丽克鲁兹，为购买结婚戒指向玛丽克鲁兹求婚，苏克雷持枪打劫一家便利店被警方抓获锒铛入狱。莎拉虽然身为医生，但枯燥的生活让她厌倦不堪，长期靠注射毒品维持生存动力。直到一天她眼睁睁的看着一名伤者倒在面前，而自己却因毒瘾发作无能为力时，如挨当头一棒般被唤醒了，莎拉开始积极戒毒并立志要帮助劣势人群。彼时便条还是一名守卫前线的军官，因目睹军队对战俘惨无人道的虐待场面，决定揭发真相而被部队除名。为了生存他偷运私货最终成为阶下囚。那时的背包带着一脸和蔼温暖的笑容进入了一个家庭，如同任何普通男人般扮演着慈父和好丈夫的角色，直到有一天女主人苏拉在电视上发现这个脉脉温情的男人竟然是背负六条人命的通缉要犯，在铁栏后背包再次被邪恶附身，并咬牙切齿的表示将会让苏拉尝到背叛的恶果。

自烫伤事件后，迈克尔试图凭着记忆还原被烫掉的蓝图，但难度巨大。莎拉将迈克尔背部有狱警衣物纤维一事报告给瓦登，瓦登找迈克尔谈话，希望他能给自己一个合理解释，迈克尔闭口不答被关禁闭。为了监视迈克尔等人的动向，白兰克将米勒安插入储藏室工作，并告诉苏克雷等人储藏室的活以后会请专人打理，他们不久将撤离储藏室，这个消息让苏克雷等人慌乱不已。为了掩盖地洞的秘密，苏克雷冒险深夜从牢房爬出，将地洞用水泥填补起来，然后走出室外被狱警抓获。白兰克对苏克雷的诡异行为大感疑惑并对他严加审问，苏克雷按先前所计划好的声称是为了等狱外的朋友给自己送女友的内裤，所以在下午收工时趁乱留在了外面，白兰克将信将疑的把他关进了单独禁闭室。同时米勒向白兰克告密储藏室地板有异，当白兰克气急败坏的赶到现场时，看到的已是经过苏克雷修复如初后的景象了。

迈克尔被关紧闭后，突然一反常态的目光呆滞不声不响。苏克雷向狱警通报找来莎拉，莎拉诊断迈克尔因压力过大导致精神崩溃，而将他送入了精神病员区。不过当迈克尔一进入精神病员区立刻目光炯炯判若两人，原来迈克尔装病是为了接近对他的纹身特别留意的前室友汉瓦，以便借助他的记忆复原烫坏的蓝图部分。另一方面，维罗尼卡等人返回当初藏匿的小屋，发现奎因死在陷阱中，LJ将从他身上发现的线索偷偷的藏了起来

迈克尔努力启发“铁丝”，希望借助他的记忆复原被烫毁的部分管道图。“铁丝”慢慢想起以前的事，迈克尔教他用催吐法躲过了每天必服的镇静药。

迈克尔留在精神病区，苏克雷关在禁闭室，贝里克和高里决定“拍卖”他们的囚室捞取好处。一个犯人愿以200美元的价格搬入，高里答应24小时内找人修好漏水的马桶，“背包”听见他们的话，赶紧去找维斯特莫兰和“便条”商量对策，他们决定不惜一切代价买下入住权，贪婪的高里把价码提高到500元。

林肯得知儿子利杰被捕后，坚持要亲自劝说儿子听从维罗妮卡的安排，她答应替他申请。雄风不再的“便条”不但没弄到钱，反而遭到另一帮黑人的暴打，“背包”表示他可以通过赌搏赚钱。“铁丝”想起了地图，也想起迈克尔陷害他的事，迈克尔答应越狱时带他一起走。洗衣房的曼奇看见迈克尔背部的伤口，联想到苏克雷归还的警服。

在一家电器商店，一名男子叫尼克“萨维恩”，并提醒他不要忘了自己的职责，随时保持联系。坎勒曼告诉副总统，林肯的死刑计划遭到他父亲的出面干预，副总统决定瞒过公司，继续解决掉林肯。

“背包”和“便条”在牌桌上大获全胜，可是高里又把价格涨到700，得到维斯特莫兰的怀表后，他卑鄙地出尔反尔，“便条”等人七窍生烟却无可奈何，得知越狱计划的曼奇表示他有办法让迈克尔回到囚室。林肯获准去见利杰，波普告诫他不要节外生枝，林肯保证他不会惹事生非。

迈克尔告诉典狱长波普，背上的烫伤是高里勒索未果后留下的，波普将信将疑，亲自搜查高里的衣柜，找到了一卷钞票和怀表及烫坏的警服，高里终于恶有恶报，被赶出监狱。迈克尔重新回到阔别的囚室。

运送林肯的警车在半路上被一辆巨型卡车撞翻，车内的人生死未卜。